Скорости возникновения SNP-мутаций

[Farroukh]

В продолжение этой беседы.

Статистически значимые SNP-мутации - вроде бы вещь редкая, где-то раз в 5000-10000 лет. Задавался ли кто из учёных выяснением примерных скоростей появления SNP-мутаций?

Если прикинуть, например, что гаплогруппа J2 появилась 20 тыс. лет назад, то у всех современных J2 должно быть несколько SNP-мутаций, иначе говоря, все якобы J2* на самом деле J2m8n1 и т. п.

Перейдём в более приземлённую плоскость. Сколько нисходящих SNP-мутациий надо искать у нынешних R1a1*, N1c*, I2a2b*, I1* (Аббат по своим субкладам - вообще тёмный лес), R1b1b2*, E1b1b1a2*, E1b1b1c1*?

Сколько буковок-цифирек нам по хорошему можно бы иметь после *? Думаю, не менее двух символов после звёздочки не хватает.

Но это всё пока мои игры ума. Каковы ваши мнения, господа?

[Asmat headhunter]

SNP-мутации - вроде бы вещь редкая, где-то раз в 5000-10000 лет. Задавался ли кто из учёных выяснением примерных скоростей появления SNP-мутаций?

Может быть, сами догадаетесь, что у каждого индивида должен быть уникальный снип, кроме снипов его предков? Иначе откуда гаплогруппы взяты? С уникальных снипов же.

[Farroukh]

у каждого индивида должен быть уникальный снип, кроме снипов его предков? Иначе откуда гаплогруппы взяты?

Понятно, что по снипам можно дифференцировать не хуже, чем по гаплотипам. Речь о SNP более общего уровня.

[Asmat headhunter]

Речь о SNP более общего уровня.

Здесь только условный предел. Я вот не знаю, каким должен быть минимальный возраст снипа, чтобы считать его гаплогруппой. 

[I2a1a]

Речь о SNP более общего уровня.

Здесь только условный предел. Я вот не знаю, каким должен быть минимальный возраст снипа, чтобы считать его гаплогруппой. 

В пределах 1000 лет уже достаточно, чтобы этот снип приобрел популяционный вес. Например, снип M222 в потомстве северного ирландского клана Уи Нейлл (предок жил в 8-9 веке н.э.).

[Nimissin]

SNP-мутации - вроде бы вещь редкая, где-то раз в 5000-10000 лет. Задавался ли кто из учёных выяснением примерных скоростей появления SNP-мутаций?

Уважаемый Farroukh, скорость SNP мутаций в Y хромосоме около 2 10^(-8) на поколение на один нуклеотид. С учетом того, что в Y хромосоме 60 млн. нуклеотидов, в каждой паре отец-сын в среднем образуется один снип.

[Grigoriev]

Несколько отвлеченно...

Было бы, вообще, очень интересно написать статью в RJGG про СНИПы... Про то как их находили (и кто?), как соотносили/разносили по Древу и пр.

http://forum.molgen.org/index.php/topic,474.msg37489.html#msg37489

[Farroukh]

Разумеется, сниповать можно вплоть до каждого конкретного человека. Весь вопрос в том, чтобы при тестировании выявляли снипы , унаследованные не позднее хотя бы последних 500 лет.

Понимаю, что утопия, но кто знает, возможно через несколько лет такое будет возможно?

[Аббат Бузони]

Разумеется, сниповать можно вплоть до каждого конкретного человека.

Сомнительно.

[Nimissin]

Вполне возможно, что через несколько лет можно будет заказывать тест на все 3 Gb.

[Asmat headhunter]

Сомнительно.

Почему? При возможном переходе на ДНК-паспорта будут учитывать каждую мутацию, никто никуда не спрячется. )

[Аббат Бузони]

Сомнительно.

Почему? При возможном переходе на ДНК-паспорта будут учитывать каждую мутацию, никто никуда не спрячется. )

Вы вообще о чем? Для идентификации есть масса методов подешевле. 

[Mich Glitch]

Вполне возможно, что через несколько лет можно будет заказывать тест на все 3 Gb.

Это не возможно - это очевидно. 
5-10 лет, максимум.
Уже сейчас особо ретивые могут протестироваться за 10-30 тысяч.
Через указанные 5-10 лет стоимость опустится ниже нынешних 1000 долларов. Что приведёт к прирастанию базы, минимум. по нескольким тысячам сэмплов в год.

[Mich Glitch]

По САБЖ.
Конечно же вопрос о скоростях мутаций приходил не в одну голову.
В чём основная проблема?
Какова длительность сниповой цепочки для самого многобуквенного субклада?
Если же говорить о различиях на родственных субкладах, то тут речь идёт об отличиях в 3-5 снипах максимум.
Иными словами, речь не идёт о статистической обработки средней скорости. Интересует именно конкретная скорость по конкретному снипу.

Ну, а общая оценка уже очень давно сделана.

Порядок цифр следующий: autosomal, X, and Y SNPs 1·10^?8.

[I2a1a]

По САБЖ.
Конечно же вопрос о скоростях мутаций приходил не в одну голову.
В чём основная проблема?
Какова длительность сниповой цепочки для самого многобуквенного субклада?
Если же говорить о различиях на родственных субкладах, то тут речь идёт об отличиях в 3-5 снипах максимум.
Иными словами, речь не идёт о статистической обработки средней скорости. Интересует именно конкретная скорость по конкретному снипу.

Ну, а общая оценка уже очень давно сделана.

Порядок цифр следующий: autosomal, X, and Y SNPs 1·10^?8.

Где-то я видел такие работы, где выводились такие скорости при прогонке BLAST'ом ближайших геномных сиквенсов приматов и человека.