Гаплогруппа J1d

[Bald]

Пришли результаты по мито моих детей.
И как то они меня озадачили.
Ни одного совпадения ни на Full, ни на HVR1+HVR2, и даже на HVR1 всего три сироты.
Самое, подходящее, что определил предиктор, это вот это:

J1d

Marker path from rCRS to haplogroup J1d (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 14766T ⇨ R0 ⇨ 73G 11719A ⇨ R ⇨ 4216C ⇨ R2'JT ⇨ 11251G 15452A 16126C ⇨ JT ⇨ 295T 489C 10398G 12612G 13708A 16069T ⇨ J ⇨ 462T 3010A ⇨ J1 ⇨ 16193T ⇨ J1(C16193T) ⇨ 152C 7789A 7963G ⇨ J1d ⇨ (315.1C) 11353C 13368A 15735T 15924G 15937- (16519C)

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(25): 73G 152C 263G 295T 462T 489C 750G 1438G 2706G 3010A 4216C 4769G 7028T 7789A 7963G 8860G 10398G 11251G 11719A 12612G 13708A 14766T 15326G 15452A 16069T
Mismatches(2): 16126T 16193C
Extras(5): (315.1C) 11353C 13368A 15735T 15924G 15937- (16519C)

Вопрос: правильно ли я понимаю, что судя по большому количеству extras и mismatches это и не J1d, а что-то неведомое? Или просто какая-то отдельная неописанная ветвь внутри этой группы?
Ну и более общий вопрос: а что за митогруппа J1d, есть ли что почитать по ней?
Судя по YFull, большинство представителей с Ближнего Востока (и даже Африки), а европейцев не очень много.

[maxmalk]

Или просто какая-то отдельная неописанная ветвь внутри этой группы?

This.

Есть уйгурский результат (KU683050), у которого T11353C и A15924G
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/j1d_genbank_sequences.htm

На Yfull его ветка названа J1d9*
https://www.yfull.com/mtree/J1d9/

Т.е. mismatch 16193C определяет ветку J1d9 (там ещё несколько уйгуров и древний памирец), и далее у Вас с уйгуром ещё 2 общих мутации.
TMRCA не радует - 7400 лет для всей ветки. С Вашим общим уйгуром будет наверное 2-4 тысячи лет.

[Bald]

Есть уйгурский результат (KU683050), у которого T11353C и A15924G
...
Т.е. mismatch 16193C определяет ветку J1d9 (там ещё несколько уйгуров и древний памирец), и далее у Вас с уйгуром ещё 2 общих мутации.
TMRCA не радует - 7400 лет для всей ветки. С Вашим общим уйгуром будет наверное 2-4 тысячи лет.

Огромное спасибо за ответ!
Правильно ли я вас понял, что:

1. Mismatches 16126T 16193C - это обратные мутации.
2. Одна из этих обратных мутаций (16193C) говорит о том, что мой результат -- это J1d9.
3, Внутри J1d9 мы с уйгуром образуем еще неописанную подветвь, условно, "J1b9b", характерными мутациями которой можно считать T11353C и A15924G.
4. От корня этой условной подветви у моей семьи еще 3 обычных мутации (15735T 15924G 15937-) и 1 обратная (16126T), итого 4. А у уйгура - целых 5 (6515C  9123C 11899N 16126C                       
 16409C).

?

TMRCA 2000-4000 лет не так уж и плохо для mtDNA и тем более, такого "одинокого" случая, как я понимаю.
Но как то 4-5 мутаций, и большинство из них в CR тянут на больший TMRCA, или я ошибаюсь?

Судя по тому, что боковые ветви тоже их того региона (Памир-Синьцзян), линия происходит оттуда.
К сожалению, о женской линии мало что известно дальше прабабушки жены, но она русская, из крестьян Тамбовской губернии (Козловский уезд).

PS: А как у YFull понять, что sample c Генбанка?
PPS: N - это вариант записи делеции?

[maxmalk]

Да, именно так.

TMRCA действительно может быть повыше, ближе к 4000 лет или даже больше. Yfull, кажется, имеет свойство занижать датировки мито, так что может и корневая ветка имеет не 7400, а повыше. В среднем считается примерно 2000 лет на мутацию.

N - это не прочитанный снип вроде бы.

Линия J1d9 действительно выглядит среднеазиатской, изначально дотюркское и доиндоевропейское население. Из этого региона, по понятным причинам, тестируется мало народу, хотя китайские учёные хорошо поработали по Уйгурии.
Вышестоящая линия J1d - Передняя Азия, тяготеет к Ирану и Ассирии (африканские случаи - очевидно выплески времён Арабского халифата).

На yfull, если Вы туда зальёте этот результат, выдадут списки совпаденцев, где будут ссылки на научные работы. Но по Генбанку видно, что уйгуры взяты из работы Zheng 2018 (если не ошибаюсь, что-то чисто медицинское?).
Древний памирец - из работы Narasimhan 2019 - The formation of human populations in South and Central Asia. https://science.sciencemag.org/content/365/6457/eaat7487.editor-summary

[Bald]

N - это не прочитанный снип вроде бы.
...
Линия J1d9 действительно выглядит среднеазиатской, изначально дотюркское и доиндоевропейское население. Из этого региона, по понятным причинам, тестируется мало народу, хотя китайские учёные хорошо поработали по Уйгурии.

Ну, тогда по мутациям счет 4:4, но 4 снипа + 2 от корня J1d - все равно очень много как то для текущего возраста.
Почему жители Таджикистана и других стран этого региона тестируются мало, понятно.
Менее понятно, почему нет других "черточек" в этом следе, среди народов Поволжья, Урала, Северного Кавказа, например.

Вышестоящая линия J1d - Передняя Азия, тяготеет к Ирану и Ассирии (африканские случаи - очевидно выплески времён Арабского халифата).

И основной путь попадания в Европу - Средиземноморский регион, и уже в более-менее историческое время, насколько я могу судить по доминированию итальянцев, рассеянных по различным подветвям и перемешанных с жителями Ближнего Востока. Сарацины?

Кавказский путь тоже присутствует, но похоже, что продвижение им на север ограничивается популяциями Северного Кавказа (осетины, карачаевцы).

P.S. Добавил результат на YFull. Пока J1d9*.

[Bald]

Наш образец на YFull официально переехал в новую подветвь https://www.yfull.com/mtree/J1d9b/. Кто бы мог подумать, что ближайший родственник по митолинии моей абсолютно среднерусской семьи - это безымянный уйгур, да и с тем разрыв 5000 лет до общего предка (да и то занижен, как мне кажется)!
Остальные уйгуры ушли в параллельную ветвь https://www.yfull.com/mtree/J1d9a/