АвторТема: YSEQ WGS400  (Прочитано 2897 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +50/-0
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #45 : 03 Сентябрь 2021, 20:07:55 »
К сожалению критически не хватает времени, но я обещал разобраться в ситуации с семплом уважаемого shink. YSEQ ID 21066 (YF88409)
Очень кратко. Но постараюсь через месяц к этой теме вернуться.
...
С образцом 21066 вероятно просто случился сбой в YSEQ. Возможно надо его ресеквенировать и/или отослать новый образец.
Semargl, спасибо "индивидуальный подход" и за подробный разбор моего случая. В ближайшее время напишу Томасу Крану письмо с просьбой рассмотреть со своей стороны результаты  секвенирования образца YSEQ ID 21066 и дать оценку его качества.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +596/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #46 : 13 Сентябрь 2021, 09:26:04 »
Отправляю сегодня уже 4й образец WGS400. Пока еще ни один не готов, но надеюсь проблем не будет. Очень удобно иметь под рукой неограниченное количество щеток. Приехал человек в гости. Сначала смеялся, а в конце купил полный геном прямо на месте). Я на всякий случай 3-4 щетки отправляю обрезанные.
Создал на сайте YSEQ сотню аккаунтов, номер прописал в таблицу. Распечатал на самоклеящейся бумаге
https://www.ozon.ru/product/etiketka-samokleyashchayasya-38h21-2-mm-65-etiketok-belaya-70-g-m2-50-listov-brauberg-178954747/?sh=y0sOLVif
Наклеил на крафт-пакет https://www.ozon.ru/product/dezupak-kraft-pakety-50h170-korichnevye-100-sht-254041140/?sh=0w6Bd0Zn
и внутрь щетки в исходной упаковке
Получается красивенько и не будет чехарды с номерами.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +596/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #47 : 13 Сентябрь 2021, 11:46:45 »
Желаю успехов, может попросите у Крана franchise? Или может он не только на франчайзинг со щётками пойдёт, а на филиал лабы с более продвинутым "железом"?
Была такая идея. В местным вузом можно было скооперироваться итд. Но себестоимость пока выходит дороже чем у Томаса. Но идея такая есть.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +50/-0
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #48 : 17 Октябрь 2021, 13:30:38 »
Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.

Оффлайн Petosiris

  • Сообщений: 558
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-1
  • Y-ДНК: N-VL70
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #49 : 17 Октябрь 2021, 14:05:18 »
Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.
Так стоит делать WGS400 или это еще сыро и не доработано и лучше не рисковать и сделать FTDNA Y700 + FF + mDNA ?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +596/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #50 : 17 Октябрь 2021, 19:53:07 »
Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.
Так стоит делать WGS400 или это еще сыро и не доработано и лучше не рисковать и сделать FTDNA Y700 + FF + mDNA ?
Или еще Nebula. 3 за месяц получил результат от Nebula. Очень хорошее качество везде.
YSEQ у нас в работе 3 образца. Первый скоро должен быть готов. Я доверяю их репутации, но Nebula Все же заметно дешевле.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +50/-0
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #51 : 31 Октябрь 2021, 14:43:50 »
Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8258
  • Страна: gt
  • Рейтинг +827/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #52 : 31 Октябрь 2021, 19:37:18 »
Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip

Оффлайн shink

  • Сообщений: 137
  • Страна: ru
  • Рейтинг +50/-0
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #53 : 31 Октябрь 2021, 21:55:43 »
Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip
У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #54 : 31 Октябрь 2021, 23:19:44 »
Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip
У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.
а там есть hg37?

Оффлайн SakenАвтор темы

  • Сообщений: 418
  • Страна: kz
  • Рейтинг +241/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #55 : 01 Ноябрь 2021, 05:06:35 »
В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip
У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.
а там есть hg37?

Hg37 и Hg19 по составу (адресам) по сути одно и тоже. Разница в структуре данных в файле.
У Вас в файле название хромосом отображено как ниже?
"GRCh37 names them `chr1`, `chr2`,,`chr3`, etc, while hg19 just has `1`, `2`, `3`."

Не пробывали bam с WGS 400 через WGS Extract прогнать? Он как раз всегда для микрочипов аутосомных рекоммендует использовать hg37/hg19 для лучшего результата.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +596/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #56 : 10 Декабрь 2021, 00:14:24 »
Томас Кран сообщил, что качество тестов улучшается с новыми батчами. Реагенты новые пробуют. Проблема в том, что значительная  часть фрагментов ДНК уже длиной менее 400 bp. Все преимущества не получается использовать. Решают.
Но будущее за нанопорами. В идеале полное секвенирование только Y через нанопоры. А если ещё и кровь свежую использовать, то вообще шик.

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 571
  • Страна: ru
  • Рейтинг +487/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #57 : 05 Январь 2022, 10:20:46 »
Знакомый залил свой WGS400 в YFull.  Статистика удручающая:



Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар
« Последнее редактирование: 22 Апрель 2022, 15:42:38 от G-Man »

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5659
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3571/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #58 : 05 Январь 2022, 11:57:37 »
Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар
Небольшое уточнение. Покрытие comBED считается если есть 3 чтения или выше. То есть comBED может быть покрыт весь, но с очень низким покрытием в глубину. Как видим, медианное покрытие 3...
Возможно стоит обратиться к Томасу?

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 571
  • Страна: ru
  • Рейтинг +487/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #59 : 05 Январь 2022, 17:15:56 »
Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар
Небольшое уточнение. Покрытие comBED считается если есть 3 чтения или выше. То есть comBED может быть покрыт весь, но с очень низким покрытием в глубину. Как видим, медианное покрытие 3...
Возможно стоит обратиться к Томасу?

На два письма в декабре не ответили.  Попробуем еще раз

YSEQ39569
« Последнее редактирование: 22 Апрель 2022, 15:43:10 от G-Man »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.