YSEQ WGS400

[Val_Metov]

Отправляю сегодня уже 4й образец WGS400. Пока еще ни один не готов, но надеюсь проблем не будет. Очень удобно иметь под рукой неограниченное количество щеток. Приехал человек в гости. Сначала смеялся, а в конце купил полный геном прямо на месте). Я на всякий случай 3-4 щетки отправляю обрезанные.
Создал на сайте YSEQ сотню аккаунтов, номер прописал в таблицу. Распечатал на самоклеящейся бумаге
https://www.ozon.ru/product/etiketka-samokleyashchayasya-38h21-2-mm-65-etiketok-belaya-70-g-m2-50-listov-brauberg-178954747/?sh=y0sOLVif
Наклеил на крафт-пакет https://www.ozon.ru/product/dezupak-kraft-pakety-50h170-korichnevye-100-sht-254041140/?sh=0w6Bd0Zn
и внутрь щетки в исходной упаковке
Получается красивенько и не будет чехарды с номерами.

[Val_Metov]

Желаю успехов, может попросите у Крана franchise? Или может он не только на франчайзинг со щётками пойдёт, а на филиал лабы с более продвинутым "железом"?

Была такая идея. В местным вузом можно было скооперироваться итд. Но себестоимость пока выходит дороже чем у Томаса. Но идея такая есть.

[shink]

Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.

[Petosiris]

Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.

Так стоит делать WGS400 или это еще сыро и не доработано и лучше не рисковать и сделать FTDNA Y700 + FF + mDNA ?

[Val_Metov]

Хочу рассказать про продолжение истории с YSEQ ID 21066. По моей рекламации YSEQ оперативно бесплатно переделал тест. После этого покрытие WGS400 в области ComBED стало 7304173 (при достатоточном в Yfull для расчета возраста количестве 5927015). Усредн. глубина покрытия: 5X. В общем стало значительно лучше.
Хочу также поблагадарить команду Yfull, и персонально Semargl, за то что исправленный YSeq тест был так же бесплатно повторно интерпретирован. Новый номер - YF90502.
Всем спасибо. Поступки Томаса и коллег в Yfull заслуживают большого уважения.
Жду расчета возраста и загрузки новой версии дереваYfull. Должна выделиться новая ветка.

Так стоит делать WGS400 или это еще сыро и не доработано и лучше не рисковать и сделать FTDNA Y700 + FF + mDNA ?

Или еще Nebula. 3 за месяц получил результат от Nebula. Очень хорошее качество везде.
YSEQ у нас в работе 3 образца. Первый скоро должен быть готов. Я доверяю их репутации, но Nebula Все же заметно дешевле.

[shink]

Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

[Yurgan]

Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip

[shink]

Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip

У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.

[bulatv2]

Можно ли из полученных данных по аутосомам WGS400 взять какой-то файл   для загрузки в GedMatch? Или нужно его подготовить? Если да, то как.

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip

У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.

а там есть hg37?

[Saken]

В gedmatch загружается без проблем файл, который YSEQ формирует отдельно и бесплатно, как приложение к другим результатам WGS400. Называется примерно так -  номер_23andMe_all_hg19.zip

У меня после загрузки этого файла в Gedmatch статус кита становится "DNA table wrong structure". Пробовал дважды. Номер последнего созданного кита EE6041707.

а там есть hg37?

Hg37 и Hg19 по составу (адресам) по сути одно и тоже. Разница в структуре данных в файле.
У Вас в файле название хромосом отображено как ниже?
"GRCh37 names them `chr1`, `chr2`,,`chr3`, etc, while hg19 just has `1`, `2`, `3`."

Не пробывали bam с WGS 400 через WGS Extract прогнать? Он как раз всегда для микрочипов аутосомных рекоммендует использовать hg37/hg19 для лучшего результата.

[Val_Metov]

Томас Кран сообщил, что качество тестов улучшается с новыми батчами. Реагенты новые пробуют. Проблема в том, что значительная  часть фрагментов ДНК уже длиной менее 400 bp. Все преимущества не получается использовать. Решают.
Но будущее за нанопорами. В идеале полное секвенирование только Y через нанопоры. А если ещё и кровь свежую использовать, то вообще шик.

[G-Man]

Знакомый залил свой WGS400 в YFull.  Статистика удручающая:



Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар

[Semargl]

Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар

Небольшое уточнение. Покрытие comBED считается если есть 3 чтения или выше. То есть comBED может быть покрыт весь, но с очень низким покрытием в глубину. Как видим, медианное покрытие 3...
Возможно стоит обратиться к Томасу?

[G-Man]

Покрытие comBED — 3,87 млн базовых пар.  Это в два раза меньше, чем у BigY прошлого поколения.  До минимального требования YFull не хватает более 2 млн пар

Небольшое уточнение. Покрытие comBED считается если есть 3 чтения или выше. То есть comBED может быть покрыт весь, но с очень низким покрытием в глубину. Как видим, медианное покрытие 3...
Возможно стоит обратиться к Томасу?

На два письма в декабре не ответили.  Попробуем еще раз

YSEQ39569

[Val_Metov]

Такой же результат и у нас. (Еще 2х ждем). Пожалуй этот продукт пока рекомендовать действительно сложно. Томас говорил что в новых батчах качество улучшилось. Реагенты поменяли. Дело точно не в качестве материала. Посмотрим как будет меняться качество.