АвторТема: YSEQ WGS400  (Прочитано 2603 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SakenАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 717
  • Страна: aq
  • Рейтинг +129/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #1 : 16 Февраль 2021, 18:30:34 »
Как я понял продукт исключительного качества -94 -95% снипов считает точно и где-то 5% м большой вероятностью.  В итоге свыше 99%считок.плюс аутосомы и мтднк

Оффлайн SakenАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #2 : 16 Февраль 2021, 18:55:01 »
Народ на FB пишет что тест относится к Single-Read Sequence. Поэтому его цена видимо дешевле чем тесты WGS от самой YSeq.

Тесты WGS от таких компаний как Nebula, Dante Labs, FGC и итд. относятся к Paired-End Sequencing.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #3 : 16 Февраль 2021, 22:40:29 »
Там пока не понятно, что за секвенатор такой. Вроде не Ion Torrent.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #4 : 22 Март 2021, 16:46:56 »
Пришла тут мне в голову одна спорная идея, в связи с чем хотелось бы узнать побольше мнений.

FTDNA имеет только одно существенное преимущество перед другими игроками. Размер базы совпаденцев. (1)
Yseq начал продавать хороший продукт за хорошие деньги (WGS 400). (2)
Yseq единственная компания которая дает возможность (не дорого) заказать точечные SNP тесты. (3)
Конечная цель ДНК исследований – древо Yfull. (4)

Если убрать базу, FTDNA во всем хуже. А что нам мешает это сделать? Ничего. Лично мне удалось собрать около 285 тыс. гаплотипов. Эту базу удобно использовать совместно с Str-Match-Finder https://phylogeographer.com/str-match-finder.html
Стандартный интерфейс FTDNA не показывает совпаденцев которые могут быть вам близки но чисто арифметически не прошли порог по ГД. Str-Match-Finder намного более гибкий инструмент.
Плюс в Str-Match-Finder можно загрузить все результаты которые есть в Yseq (их там всего 2-3 тысячи) и сравнивать с вашей базой.
Так зачем тогда нам нужен FTDNA? Для того чтобы вести их таблицу? А что мешает это делать самим?

Минимальный тест FTDNA Y12 стоит 60-70$. За примерно те же деньги в Yseq можно получить 18 маркеров. Например тот же YCAII часто выручает.
Полногеномный тест YSEQ стоимостью 400$ включает маркеры (почти всех Y111 + много других), лучшее покрытие Y хромосомы, аутосомы и митохондриальную ДНК.
Для себя принял решение перейти в Yseq. Вот тут и возникла спорная мысль.
Почти все, кого я тестирую относятся к Черкесам (в основном Кабардинцы). Примерно у половины Черкесов выявляется Гг G-L1264 с возрастом 4100 лет +-. Очень редко когда удается выявить более глубокий субклад но основе y37 и даже y67\y111 маркеров. Только секвенирование всей Y хромосомы помогает. И тут вопрос. Почему бы не воспользоваться статистикой. Если у +- половины L1264, то не лучше ли как средство доставки образцов в лабу использовать снип тест на L1264, стоимостью 18$.
Предположим, купили 100 тестов. Расходы 1800$ (+ доставка\отправка)
У 50 L1264 в плюсе. Углубление результата посредством маркеров мало что даст. Можно попробовать просниповать более глубокие ветки, точечно.
В 50 случаях у нас не будет Гг и маркеров. Покупаем y18. 50*60=3000$. Везде, где будут маркеры похожие на L1264 мы уже будем знать, что снип отрицательный.
Итого расходы 1800+3000 = 4800$. Т.е. меньше 50$ за единицу, при этом у нас есть больше информации по маркерам по тем кто не L1264.

Есть нюанс с невежеством. Тезис Гг != L1264 значит не адыг возникает в умах многих. Лозунг проверь ты L1264 или нет за 1500 руб. желтоватый, но может сподвигнуть к более массовому тестированию.
В иных популяциях, где нет выраженного доминирования какого-то конкретного снипа такой подход, конечно, бессмысленный. В долгосрочной перспективе процент L1264 будет вероятно держаться в районе 50%.

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +873/-31
  • Y-ДНК: r1b
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #5 : 22 Март 2021, 18:48:42 »
Пришла тут мне в голову одна спорная идея, в связи с чем хотелось бы узнать побольше мнений.
Такой схемкой +/- (свой/чужой) Ещё пять лет назад уважаемый Fire начал пользоваться в ос.проекте, т.к. для осетинских G2  ввиду их специфичности тоже есть возможность относительно легко и дёшево использовать массовый охват, но особого развития это не нашло, т.к. клиентов хоть за дёшево, хоть за бесплатно надо уговаривать, а общий результат получится такой же, какой был получен ранее при научной выборке.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #6 : 24 Март 2021, 12:05:57 »
Что-то не особо мне они пока отвечают.
Я хотел заказать сразу 100 наборов для забора. У них там на сайте 3$ написано, но если сотню взять надеюсь на снижение. И с нормальной доставкой отправить.
А может быть есть еще более дешевый способ отправки?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #7 : 24 Март 2021, 12:24:09 »
Что-то не особо мне они пока отвечают.
Я хотел заказать сразу 100 наборов для забора. У них там на сайте 3$ написано, но если сотню взять надеюсь на снижение. И с нормальной доставкой отправить.
А может быть есть еще более дешевый способ отправки?
Можно попробовать написать Томасу или Астрид в  FB.
Как вариант, мне кажется что можно с ними договориться о своих наборах для тестирования, купленных на месте. Цена вероятно будет дешевле за счет пересылки, но не знаю дешевле они у нас или нет.

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +873/-31
  • Y-ДНК: r1b
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #8 : 24 Март 2021, 13:38:50 »
Что-то не особо мне они пока отвечают.
Я хотел заказать сразу 100 наборов для забора. У них там на сайте 3$ написано, но если сотню взять надеюсь на снижение. И с нормальной доставкой отправить.
А может быть есть еще более дешевый способ отправки?
https://forum.molgen.org/index.php/topic,6323.msg511722.html#msg511722
Можно использовать любые свои стерильные ватные палочки, но после забора образца высушить и отправить в обычном бумажном конверте, в пластике испортится. Если палочки с футлярами, то после сушки обрезать и отправить также в бумажном конверте ватку.
Заказ можно оформить предварительно без указания точного снипа или маркёра, чтобы все 100 заказов были под своими отдельными номерами сэмплов, а потом на каждый можно дополнительно дозаказывать нужный продукт (снип/маркёр).

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6317
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #9 : 24 Март 2021, 14:07:54 »
YSEQ в качестве отдельной услуги может разработать тест под конкретный снип или STR-маркёр. Или даже пользовательскую панель.
Так что всё очень гибко и можно действительно эти задачи решать после отправки образцов.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #10 : 24 Март 2021, 17:24:22 »
может пригодится:   года два назад отправил (купленную в Москве) высушенную палочку в конверте, при этом при получении YSEQ в личном кабинете (в отдельном заказе) появились строчки:
Products  1 x Free Sample Kit   Total $0.00
Delivered samples (YSEQ ID ********) have been received at YSEQ.
и в самом заказе скидка по купону! на Products   (Extended HVR) 1 x mtDNA 15930-707   Total $60.00
с Discount Coupon IDONTNEEDAKIT applied: -$6.00 
                                                                            = $54







Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 992
  • Страна: ru
  • Рейтинг +343/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L1025
  • мтДНК: W6a4
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #11 : 24 Март 2021, 18:28:34 »
может пригодится:   года два назад отправил (купленную в Москве) высушенную палочку в конверте, при этом при получении YSEQ в личном кабинете (в отдельном заказе) появились строчки:
Products  1 x Free Sample Kit   Total $0.00
Delivered samples (YSEQ ID ********) have been received at YSEQ.
и в самом заказе скидка по купону! на Products   (Extended HVR) 1 x mtDNA 15930-707   Total $60.00
с Discount Coupon IDONTNEEDAKIT applied: -$6.00 
                                                                            = $54

Coupon IDONTNEEDAKIT это для апгрейда существующего заказа, скида 6$ если не надо высылать тестовый набор.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #12 : 25 Март 2021, 11:41:12 »
может пригодится:   года два назад отправил (купленную в Москве) высушенную палочку в конверте, при этом при получении YSEQ в личном кабинете (в отдельном заказе) появились строчки:
Products  1 x Free Sample Kit   Total $0.00
Delivered samples (YSEQ ID ********) have been received at YSEQ.
и в самом заказе скидка по купону! на Products   (Extended HVR) 1 x mtDNA 15930-707   Total $60.00
с Discount Coupon IDONTNEEDAKIT applied: -$6.00 
                                                                            = $54

Coupon IDONTNEEDAKIT это для апгрейда существующего заказа, скида 6$ если не надо высылать тестовый набор.

может я невнятно написал, но это был первый заказ и образец был отправлен со своей палочкой

Оффлайн zea78

  • SevskGen.ru
  • Сообщений: 1542
  • Страна: ru
  • Рейтинг +750/-3
  • будем искать
  • Y-ДНК: R1a-YP418*
  • мтДНК: U8a1a1b1*
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #13 : 02 Апрель 2021, 10:19:50 »
Уважаемые форумцы, подскажите. В YSeq есть что то подобное FF от FTDNA? Есть там экземпляр, который хотелось бы протестировать на аутосомы
« Последнее редактирование: 02 Апрель 2021, 13:15:00 от zea78 »

Оффлайн Вадим Созинов

  • Сообщений: 91
  • Страна: ru
  • Рейтинг +37/-0
  • Y-ДНК: YP449
  • мтДНК: U2e1h1*
Re: YSEQ WGS400
« Ответ #14 : 12 Апрель 2021, 20:59:31 »
В обычных конвертах уже отправляю в течении нескольких лет, обычные ватные палочки (что для ушей :)). Сильно не парюсь, тестируемый держит палочку, я отстригаю над конвертом, или бывает, срочно нужно протестировать, а времени сушить нет, тогда сразу после рта палочка отстригается и падает в обычный новый пакет, дома досушиваю, и затем аккуратно в конверт. И так уже несколько десятков человек. Ни один пока тест не забраковали.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.