Big-Y и YFull. Что дальше?

[Mieczy]

Сравнил результат в live и в классическом режиме (тут видимо еще до моего появления в YFull). Подскажите, пожалуйста, а почему при обработке моего кита у Онучиных пропало 6 снипов (при этом у меня они не появились) и появилось 3 новых?

Вы как раз и забрали у них 6 снипов, которые ушли в субклад N-Y182305. Это ваши общие снипы с Онучиными. своего рода указание на общего предка. Вы же попадаете в субклад со звездочкой. Когда у вас будет "пара", то будет отделена новая ветвь. Свои приватные снипы вы можете увидеть в разделе Novel SNPs / Приватные SNP. Если ваши приватные снипы будут совпадать с кем-то, то они будут показываться на вашей ветке. Ждите или ищите "пару".

Спасибо! С этим разобрался.

А три новых снипа у Онучиных откуда? В классическом отображении их нет, в live есть:
FT165368(H)
FT171068
FT167900

https://yfull.com/live/tree/N-Z35049/
https://yfull.com/tree/N-Z35049/

[Mieczy]

На FTDNA в Big Y Block Tree прошло обновление и выделилась новая ветвь (в ней 2 экземпляра, вероятно совместная с Онучиными). Название ветви N-FT169158 (такой же снип есть и на Y-Full).


Scaled Innovation нормальный сайт? Там у N-FT169158   стоит время до общего предка рассчитано ~390 лет. Это корректная дата? И что означает в столбце "95% CL" значение "120%"?

[Val_Metov]

Scaled Innovation удобен по многим вопросам но для оценки возраста не годится, только поверхностно. Надо ждать когда yfull обновится

[Mieczy]

Спасибо за ответ! А Y-Full примерно 1 раз в месяц обновляется?
Оценка возраста тоже примерно такой срок занимает?

Что на Scalled Innovation можно кроме карты и "SNP Timelines" посмотреть?

[Val_Metov]

Спасибо за ответ! А Y-Full примерно 1 раз в месяц обновляется?
Оценка возраста тоже примерно такой срок занимает?

Что на Scalled Innovation можно кроме карты и "SNP Timelines" посмотреть?

Yfull как повезет, от 1 до 3х месяцев. Но в любом случае альтернативы им нет.

SDN там есть инструменты администратора, можно адреса веток генерировать итд. Большая часть функционала актуальна для администраторов проектов, особенно национальных, когда разные Гг изучаешь. Для локальных целей это все не так актуально.
Гаплодрево ftdna порой тупит, медленно работает а SDN намного живее.
Можно ещё поэкспериментировать с этим инструментом https://youtu.be/niIZYyNZGqU

[Val_Metov]

Ну не знаю, у меня для всех трёх образцов более-менее возраста совпали не только по конечному, но и по восходящим снипам. Даже подумалось, что ребята попросту визуализируют данные с YFull.
Карта неплохая, но данные явно тянет из образцов. Т.е., точки на ней - усреднённые координаты, указанные носителями снипов/их кураторами.

На YFull оценка возрастов идёт синхронно с перерисовкой дерева - базируется на тех же данных и расчётах.

+- чаще всего норм, но бывают серьезные косяки. Часто пользуюсь, но возраст всегда перепроверяю на Yfull

[Val_Metov]

И кстати на SDN отображаются многие ДДНК которых нет на Yfull, не прошли по качеству.
Еще там удобный инструмент по созданию Дендограм.

[Mieczy]

Подскажите еще, пожалуйста, а сколько занимает анализ .BAM на Full Genomes? Кто-то загружал?

30 июля загрузил им и до сих пор статус: "Status: Мы получили ваш образец ДНК и готовимся доставить его в лабораторию."

[Mieczy]

Можно ещё поэкспериментировать с этим инструментом https://youtu.be/niIZYyNZGqU

Это нужно брать из группового проекта свой STR?

[Val_Metov]

Да. Маркеры и SNP оттуда. Генеалогические данные самому внести. Хорошо работает когда много близких совпадений известных.

[Mieczy]

Хочу проверить родство по Y с однофамильцами (они родом из соседнего района (65 км от хутора предков)). Родство минимум на уровне 3прадеда (т.е. в лучшем случае братьями могут быть прапрадеды). По аутосомному тесту с ними нет совпадений (с их стороны аутосомный тест сдавал племянник с другой Y-хромосомой), но из-за дальнего родства может уже "вымылся" нужный ДНК.

Теперь хочу проверить по Y. Прочитал, что самый дешевый способ это в YSEQ купить однофамильцам сравнение по одному какому-нибудь своему SNP за 18$.  А если будет положительный тест, то взять уже Big-Y или иной нормальный Y-тест.

Вижу, что на YSEQ уже доступен для проверки L1418. Он общий и для туляков, и для архангельцев, и для меня. Стоит выбрать его для проверки или взять какой-то уникальный свой, например один из: FGC96187/Y182305/FT169158 * FGC96176/Y172978 * Y172989?

[Val_Metov]

Имеющийся уже в базе snp делают быстро. 3-5 дней, обычно. Если закажете новый snp тест затянется, но результат будет точнее. Я бы заказал новый snp.

[Semargl]

Ну не знаю, у меня для всех трёх образцов более-менее возраста совпали не только по конечному, но и по восходящим снипам. Даже подумалось, что ребята попросту визуализируют данные с YFull.
Карта неплохая, но данные явно тянет из образцов. Т.е., точки на ней - усреднённые координаты, указанные носителями снипов/их кураторами.

На YFull оценка возрастов идёт синхронно с перерисовкой дерева - базируется на тех же данных и расчётах.

+- чаще всего норм, но бывают серьезные косяки. Часто пользуюсь, но возраст всегда перепроверяю на Yfull

С их сайта

The tool now uses dates from YFull: about a quarter of the SNPs in the Y Tree have corresponding dated SNPs in YFull which suffice for interpolation to cover the entire tree.

[Mieczy]

С их сайта

The tool now uses dates from YFull: about a quarter of the SNPs in the Y Tree have corresponding dated SNPs in YFull which suffice for interpolation to cover the entire tree.

К сожалению, мои SNP в эту четверть не особо попали.

[NathanS]

Хочу проверить родство по Y с однофамильцами (они родом из соседнего района (65 км от хутора предков)).
Вижу, что на YSEQ уже доступен для проверки L1418. Он общий и для туляков, и для архангельцев, и для меня. Стоит выбрать его для проверки или взять какой-то уникальный свой, например один из: FGC96187/Y182305/FT169158 * FGC96176/Y172978 * Y172989?

Я не стал бы гадать на однофамильцах, хотя вами описанное предполагаемое родство весьма интересно.
Все же я предложил бы определиться с семейной ветвью протестировав какого-то относительно дальнего, но документально подтвержденного родственника. Это бы дало набор снипов уникальных для уже известной ветви.
После этого можно было бы отскринить несколько однофамильцев по паре-тройке выявленных снипов и/или может Y-DNA37 и после этого закать или BigY700, или полный сиквенс типа Небулы или Данте.