АвторТема: Big-Y и YFull. Что дальше?  (Прочитано 4776 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MieczyАвтор темы

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-Z35049 > N-FGC38827 > N-Y275222
  • мтДНК: X2b4c
Big-Y и YFull. Что дальше?
« : 26 Июль 2021, 16:59:53 »
Добрый день! Сдал Big-Y на FTDNA.
Совпадений по Y на FTDNA нет. Судя по групповым проектам N-FGC38827 нечастая мутация (лишь один другой представитель с Архангельской губернии (мой предок с Нижегородской губернии и есть лишь устная память про какие-то очень давние корни из Пскова (не позднее Раскола)).

Результат на FTDNA:
N-M231 > N-L735 > N-F1206 > N-L729 > N-F1360 > N-F4309 > N-CTS6380 > N-B523 > N-Y3196 > N-L1419 > N-VL97 > N-FGC38830 > N-Z35051 > N-Z35049 > N-FGC38827

Результат на YFull (загружал .vcf):
N-Z35049

Подскажите, пожалуйста, по ряду вопросов:
1. Что делать дальше? Нужно брать SNP-паки? Какие?
2. Что такое Private Variants в Big-Y Block Tree? Указано, что есть 17 Private Variants in 3 Big-Y participants.
3. В проектах что означают цифры в Y-DNA Colorized Chart?
https://drive.google.com/file/d/1nYdyEAo6N1D9YHxqLihH7xcSiIS-GMRe/view?usp=sharing
4. Вижу на YFull есть две мутации, где TMRCA меньше тысячи лет. Это с ними у меня общий предок был тогда? Или это у "представителей" этой мутации тогда жил общий предок?
https://www.yfull.com/chart/tree/N-Z35049/
5. Есть смысл покупать .BAM для YFull? Это даст что-то новое?
6. По этой линии есть максимум троюродный и четвероюродные братья. Есть смысл делать им Big-Y, даст ли это что-то новое?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #1 : 26 Июль 2021, 17:58:22 »
N-FGC38827 был обнаружен Full Genomes Corp в 2015 году. https://www.genetichomeland.com/welcome/dnamarkerindex.asp?snp=FGC38827&chromosome=Y
Вероятно есть представители субклада, которые сделали Y-Elite, но не загрузили результаты на Yfull.

Ваш субклад еще должен поменяться в FTDNA, т.к. там видимо еще и финн, которого тоже нет в Yfull.

1. SNP-паки вам теперь точно не нужны. Все какие есть снипы у вас определены и имеются в BAM файле.
2. Private variant - отличия от референсного генома, которые пока ни у кого более не выявлены. Т.е. если протестируется еще кто-то и найдутся общие снипы, то они перестанут быть приватными и образуется новая ветвь.
4. Вы как-то разделите N-Y172991, так как N-FGC38827 пока записан там синонимом. Там менее 1000 лет так как тестированы достаточно близкие родственники. Вы отделите ветку и попадете где-то между 2500 лет и 225 лет.
6. Это вам даст свою семейную ветку и отделит от "Архангельской" ветки. Будет пересчитано время общего предка и станет насколько вы далеки или близки к этой ветке, и какой возраст ваше семейной ветки или насколько вообще древняя у вас ветвь.
« Последнее редактирование: 26 Июль 2021, 18:41:54 от NathanS »

Оффлайн MieczyАвтор темы

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-Z35049 > N-FGC38827 > N-Y275222
  • мтДНК: X2b4c
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #2 : 26 Июль 2021, 20:52:43 »
4. Вы как-то разделите N-Y172991, так как N-FGC38827 пока записан там синонимом. Там менее 1000 лет так как тестированы достаточно близкие родственники. Вы отделите ветку и попадете где-то между 2500 лет и 225 лет.
6. Это вам даст свою семейную ветку и отделит от "Архангельской" ветки. Будет пересчитано время общего предка и станет насколько вы далеки или близки к этой ветке, и какой возраст ваше семейной ветки или насколько вообще древняя у вас ветвь.

А тесты родных и двоюродных братьев такой же результат не дадут?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #3 : 26 Июль 2021, 21:07:44 »
А тесты родных и двоюродных братьев такой же результат не дадут?

Мне BigY не помог отделить четвероюродных. Дуамю результат будет схожий, если делать BigY. Если хотите вообще все разделить, то я бы делал WGS для родного брата и четвероюродного, но гарантировать результата нельзя. Если просто хотите отделения ветви, то не принципиально будет это родной брат, двоюродный или четвероюродный. Еще тоже вопрос финансовых возможностей на такие эксперименты.

Оффлайн MieczyАвтор темы

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-Z35049 > N-FGC38827 > N-Y275222
  • мтДНК: X2b4c
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #4 : 26 Июль 2021, 21:09:28 »
А тесты родных и двоюродных братьев такой же результат не дадут?

Мне BigY не помог отделить четвероюродных. Дуамю результат будет схожий, если делать BigY. Если хотите вообще все разделить, то я бы делал WGS для родного брата и четвероюродного, но гарантировать результата нельзя. Если просто хотите отделения ветви, то не принципиально будет это родной брат, двоюродный или четвероюродный. Еще тоже вопрос финансовых возможностей на такие эксперименты.

Хватит даже WGS Basic за 99$?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #5 : 26 Июль 2021, 21:16:07 »
Хватит даже WGS Basic за 99$?

Первый раз слышу. Где это WGS за 99$ делают? Что за страница? Просветите, пожалуйста.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #6 : 26 Июль 2021, 21:24:31 »
это имеется ввиду обычный аутосомный тест

Не, вероятно это Nebula.


 


Нет, его не хватит. Там покрытие только 0.4х, а Yfull требует минимум 15х. Т.е. только вариант Deep за 299$. Не знаю, но может работает еще MYTRUEANCESTRY10 код для скидки на 10%.

Онлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1175
  • Страна: ru
  • Рейтинг +861/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #7 : 26 Июль 2021, 22:08:43 »
4. Вы как-то разделите N-Y172991, так как N-FGC38827 пока записан там синонимом. Там менее 1000 лет так как тестированы достаточно близкие родственники. Вы отделите ветку и попадете где-то между 2500 лет и 225 лет.
6. Это вам даст свою семейную ветку и отделит от "Архангельской" ветки. Будет пересчитано время общего предка и станет насколько вы далеки или близки к этой ветке, и какой возраст ваше семейной ветки или насколько вообще древняя у вас ветвь.

А тесты родных и двоюродных братьев такой же результат не дадут?

Протестируйте самого дальнего известного предка. Чем дальше тем лучше.
Изучите маркерные совпадения с теми у кого тесты на Y37. Если таких мало, то и Y12 можно. Свяжитесь с ними и предложите пополам апгрейд. Или можно на ваш снип их проверить в Yseq за 18$. Ну и запаситесь терпением.

Оффлайн MieczyАвтор темы

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-Z35049 > N-FGC38827 > N-Y275222
  • мтДНК: X2b4c
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #8 : 27 Июль 2021, 09:21:20 »
Если хотите вообще все разделить, то я бы делал WGS для родного брата и четвероюродного, но гарантировать результата нельзя. Если просто хотите отделения ветви, то не принципиально будет это родной брат, двоюродный или четвероюродный.

1. В чем разница между WGS и Big-Y, кроме цены (Deep Dive дешевле)? Разные компании - разные технологии?
2. В чем разница между "вообще все разделить" и "отделения ветви"? При "вообще все разделить" будет разделение даже с четвероюродным братом?

Оффлайн MieczyАвтор темы

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-Z35049 > N-FGC38827 > N-Y275222
  • мтДНК: X2b4c
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #9 : 27 Июль 2021, 09:24:20 »
Протестируйте самого дальнего известного предка. Чем дальше тем лучше.
Имеете ввиду других потомков самого дальнего предка? Живых предков уже нет.

Изучите маркерные совпадения с теми у кого тесты на Y37. Если таких мало, то и Y12 можно. Свяжитесь с ними и предложите пополам апгрейд.
Совпадений на FTDNA по Y вообще нет.

Или можно на ваш снип их проверить в Yseq за 18$. Ну и запаситесь терпением.
Я нашел финна, у которого также N-FGC38827, но в совпадениях его нет. С ним есть смысл проверять на Yseq?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #10 : 27 Июль 2021, 10:55:46 »
Или можно на ваш снип их проверить в Yseq за 18$. Ну и запаситесь терпением.
Я нашел финна, у которого также N-FGC38827, но в совпадениях его нет. С ним есть смысл проверять на Yseq?

У него тоже BigY сделан, как я понимаю.
Нет, в YSEQ ничего проверять не надо. Так как у вас нет совпаденцев по Y, то все они довольно далекие.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #11 : 27 Июль 2021, 11:03:09 »
Если хотите вообще все разделить, то я бы делал WGS для родного брата и четвероюродного, но гарантировать результата нельзя. Если просто хотите отделения ветви, то не принципиально будет это родной брат, двоюродный или четвероюродный.

1. В чем разница между WGS и Big-Y, кроме цены (Deep Dive дешевле)? Разные компании - разные технологии?
2. В чем разница между "вообще все разделить" и "отделения ветви"? При "вообще все разделить" будет разделение даже с четвероюродным братом?

1. Deep Dive - это совершенно другая история. WGS - секвенирования полного генома, а BigY направленное секвенирование только Y-хромосомы. По результатам, BigY видит около 80% того, что можно прочитать в Y-хромосоме, а WGS около 99,5%.
2. Я имел ввиду хотите ли вы отделить свою мужскую линию/ветвь от линии/ветви четвероюродного брата. Будет разделение или нет я знать не могу. Как я вам написал, из моего опыта BigY не смог отделить ветвь четвероюродного брата. У кого-то может быть другой опыт.

Онлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1175
  • Страна: ru
  • Рейтинг +861/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #12 : 27 Июль 2021, 12:54:26 »

Изучите маркерные совпадения с теми у кого тесты на Y37. Если таких мало, то и Y12 можно. Свяжитесь с ними и предложите пополам апгрейд.
Совпадений на FTDNA по Y вообще нет.

Мог по базе своей посмотреть. Какой у вас номер кита и в каком вы проекте?

Оффлайн Ustimov

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-2
  • Y-ДНК: I2a1а2b-Y52790-DinN
  • мтДНК: V1a1
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #13 : 27 Июль 2021, 13:21:35 »
2. Я имел ввиду хотите ли вы отделить свою мужскую линию/ветвь от линии/ветви четвероюродного брата. Будет разделение или нет я знать не могу. Как я вам написал, из моего опыта BigY не смог отделить ветвь четвероюродного брата. У кого-то может быть другой опыт.
Это по 700 маркерам или по 111 не отделили?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1186
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1101/-2
Re: Big-Y и YFull. Что дальше?
« Ответ #14 : 27 Июль 2021, 13:51:00 »
2. Я имел ввиду хотите ли вы отделить свою мужскую линию/ветвь от линии/ветви четвероюродного брата. Будет разделение или нет я знать не могу. Как я вам написал, из моего опыта BigY не смог отделить ветвь четвероюродного брата. У кого-то может быть другой опыт.
Это по 700 маркерам или по 111 не отделили?
Y37 GD=0, Y67 GD=1, Y111 GD=4, GD=8 из 539 ,но не отделен SNP...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.