Я не думаю, что аисконверт поможет , тут нужны филогенетические методы.
я и не претендую на повторение "белой магии" Вадима.
Не сравнение, но представьте следующий сценарий.
Юзер копи-пастит (извините, Овод

чьи-то FGS с генбанка со всеми отступами, пропусками - в текстовый файл. Может, кладёт кучу таких файлов в директорию.
Программа, в свою очередь, имеет мап весов (аналогичный сентиморгановскому мапу), в котором содержится Вадимовская магия^Wзнание и тупо считает. Если методика расчёта меняется, Вадим меняет мап, сообщая где какие коэффициенты на что поменять. Сначала она, конечно, чистит файл (то чего я добивался вручную). На выходе - расстояние предполагаемого родства или скорее таблица с доверительными интервалами.
И Вадима дёргать не надо.