GenBank

[semen0753]

Ну вот, как и обещали, 18 февраля опубликовали KY573997, гаплогруппа T2B4A. Есть ли такое дерево, и можно ли туда попасть?

[wozaixuexi]

Сделаю одну заметку, возможно кому-то данные сведения смогут пригодиться.
Изначально я сделал ошибку при отправлении сведений для Айана Логана, мною была указана некорректная информация.

Руководствуясь соответсвующей инструкцией http://wiki.molgen.org/doku.php?id=en:ftdna-genbank мною были скопированы три поля со страницы Results из вкладки 'RSRS Values' https://www.familytreedna.com/my/mtdna-results.aspx

Через некоторое время пришел ответ от ув. Ian Logan: " PLEASE GIVE THIS LIST ONE FINAL CHECK. THIS IS MOST IMPORTANT !! (use CRS mutations, not RSRS mutations) "

После этого я обратил внимание, что в инструкции указаны поля CRS, однако, на данный момент на странице с результатами существует две отдельные вкладки 'RSRS Values' и 'rCRS Values'. Однако, по умолчанию отображается именно вкладка 'RSRS Values'.

Причем значения на обоих вкладках 'RSRS Values' и 'rCRS Values' принципиально не совпадают, например:

HVR1 DIFFERENCES FROM RSRS
C16069T T16126C A16129G T16187C C16189T C16193T T16223C G16230A T16278C A16300G A16309G C16311T C16519T

HVR2 DIFFERENCES FROM RSRS
C146T A247G C295T 309.1C 315.1C C462T T489C 522.1A 522.2C

CODING REGION DIFFERENCES FROM RSRS
T593C G709A A769G A825t G1007A A1018G A2758G C2885T G3010A T3594C G4104A T4216C T4312C G6366c G7119A G7146A T7256C A7521G G7789A A7963G T8468C T8655C G8701A C9540T T10664C A10688G C10810T C10873T C10915T A11251G A11914G A12612G T12705C G13105A G13276A T13392C T13506C T13650C G13708A C15452a

HVR1 DIFFERENCES FROM rCRS
16069T 16126C 16193T 16300G 16309G

HVR2 DIFFERENCES FROM rCRS
73G 152C 195C 263G 295T 309.1C 315.1C 462T 489C

CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS
593C 709A 750G 1007A 1438G 2706G 3010A 4216C 4769G 6366C 7028T 7119A 7789A 7963G 8860G 10398G 11251G 11719A 12612G 13392C 13708A 14766T 15326G 15452A

Поэтому склонен считать, что мною изначально была отправлена некорректная информация. Причем, прямых упоминаний об этом в данной темя я, к сожалению, не нашел.

Поэтому будьте внимательны при отправке своей информации в дальнейшем.

[Lesla]

Руководствуясь соответсвующей инструкцией http://wiki.molgen.org/doku.php?id=en:ftdna-genbank мною были скопированы три поля со страницы Results из вкладки 'RSRS Values' https://www.familytreedna.com/my/mtdna-results.aspx

Возможно инструкция устарела. Если у Вас будет новый, более верный алгоритм действий - набросайте свою инструкцию и разместите здесь, пожалуйста.

[ankr21]

Я примерно год назад руководствовался следующей инструкцией:
http://www.ianlogan.co.uk/submission.htm

Сгенерировала из FASTA файл с расширением .sqn и отправил его gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov для Susan Schafer. А дальше отвечал на её письма и давал свое согласие на размещение данных в открытых ресурсах.

[ankr21]

В итоге, получил ответ от ув. Айана.

Hello dear Ian,
I read your previous letter and I realized I had sent you an incorrect information previously.
In my first letter instead of CRS values the RSRS ones were listed.
In this letter you see right now, the values are CRS correct, although in the previous one the values were RSRS wrong.
I had attached a picture of my mtDNA results page to make it certain.


Hello
Thank you  - but fortunately you had sent the FASTA file so it was quite clear what your CRS mutations should be.
I attach a fresh copy of mutations.txt  just to show that all is OK.
So feel happy to send your sqn file to GenBank.
Best wishes
Ian

На самом деле, изначально в письме следовало указывать CRS записи.
Однако, по прикрепленному FASTA файлу он смог понять, что указанные мною записи были не верны.

Поделитесь успехами, пожалуйста. Ответ из GenBank пришёл?

[wozaixuexi]

Моя запись успешно добавлена в Генбанк KY765533

Мне присвоена гаплогруппа J1d1a1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY765533

Хотелось бы нарисовать мою ветвь на данном филогенетическом дереве http://forum.molgen.org/index.php/topic,64.msg56839.html#msg56839

Очень интересно посмотреть время расхождения моей мито-гаплогруппы с кавказскими J1d.

Ранее я написал ув. I2a1a, но не получил ответ на данный момент.

[ankr21]

Моя запись успешно добавлена в Генбанк KY765533

Поздравляю. А у меня что то затянули. Только через 3 недели ответ пришёл с момента обращения. Но процес уже запущен. Надеюсь скоро присвоят номер и занесут в базу.

По поводу дерева. В на сайте Генбанк есть интересная опция - Blasta. Можете сами построить дерево и проанализировать ближайшие к вам образцы (откуда образец, сколько и какие мутации вас разделяют и т.д)

[SubbotaAnton]

Мою запись MF278748 добавили в ГенБанк.

Большая просьба разместить мою веточку на древе.

Спасибо!

[ankr21]

Мою запись MF278748 добавили в ГенБанк.

Большая просьба разместить мою веточку на древе.

Спасибо!

К сожалению, дерево http://www.phylotree.org/tree/index.htm не обновляется с февраля 2016 года.

[SubbotaAnton]

К сожалению, дерево http://www.phylotree.org/tree/index.htm не обновляется с февраля 2016 года.

А есть ли какие аналоги?

[Evgeny Kolchugin]

К сожалению, дерево http://www.phylotree.org/tree/index.htm не обновляется с февраля 2016 года.

Месяц назад, в проекте 'T2 mtDNA' мне сообщили следующее:
PhyloTree is likely to be updated later this year, so hopefully many will donate their results beforehand so that the new build will include as many new branches as possible.
I suggest you consider donating you results to GenBank, so that new subclades will eventually be born. You can follow the instructions on a page administrated by Ian Logan (http://www.ianlogan.co.uk/submission.htm).

[Evgeny Kolchugin]

You can follow the instructions on a page administrated by Ian Logan (http://www.ianlogan.co.uk/submission.htm).

Для клиентов ФТДНА, лучше пользоваться не инструкцией на главной странице, а сразу перейти по ссылке 'FTDNA D-I-Y submission making program'.

Но и там инструкция излишне усложнена, а работы на пять минут, поэтому вкратце:

1. Скачиваете результаты FullSequence mtDNA (FASTA file) через личный кабинет на свой компьютер.
2. Переименовываете файл, меняя расширение с .fasta на .txt
3. Перейдя по ссылке 'FTDNA D-I-Y submission making program', заполняете предлагаемую форму, кроме двух последних полей.
4. Переносите содержимое .txt файла ПОЛНОСТЬЮ и БЕЗ ИЗМЕНЕНИЙ с помощью клавиш CTRL-A (выделение текста), CTRL-С (копирование текста) и CTRL-V (вставка текста) в верхнее большое поле под строчкой "Next paste your FASTA sequence into this box and press" .
5. Нажимаете кнопку "Submit"
6. Весь текст, появившийся в нижнем большом поле формы также переносите ПОЛНОСТЬЮ и БЕЗ ИЗМЕНЕНИЙ с помощью клавиш CTRL-A, CTRL-С и CTRL-V в новый .txt файл (можете использовать и исходный .txt файл, предварительно ТЩАТЕЛЬНО убрав весь старый текст).
7. Сохраняете новый файл с расширением .sqn. Если файл сохранится с расширением sqn.txt, удаляете .txt
8. Отсылаете файл по адресу gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov

В строке темы письма указываете 'GenBank Submission - xxx.sqn', где xxx.sqn - имя вашего файла

Текст письма:

Susan Schafer

      I attach my submission file for GenBank, named 'xxx.sqn'.

      It is for my mitochondrial DNA sequence and the sequence has not been published in any other database.

      My FTDNA Kit number is 'xxxxx', and I accept it will appear on my GenBank page.

      Thank you

      (and your full name)

Через пару дней вам придёт запрос на подтверждение того, что вы имеете право распоряжаться этими данными.
После подтверждения вы получите новое письмо, подтвержающее присвоение вам учетного номера в ГенБанке (GenBank accession number), а затем письмо с финальной версией ваших данных для внесения в базу ГенБанка и ожидаемой датой внесения.

Для тех, кто беспокоится о конфиденциальности, ваше имя не будет показано в финальной версии данных, опубликованных в ГенБанке. Остальные данные, указанные вами при заполнение формы, а также номер в FTDNA будут включены.

[Znalazca]

Подкскажите, если хочу загрузить FASTA бабки, то что лучше делать с именем? Указать свое либо как указано на сайте FTDNA (имя бабки)? И могут ли быть вопросы, если email с одного имени, а подписано другим?

[ankr21]

Подкскажите, если хочу загрузить FASTA бабки, то что лучше делать с именем? Указать свое либо как указано на сайте FTDNA (имя бабки)? И могут ли быть вопросы, если email с одного имени, а подписано другим?

А зачем грузить в GenBank? Грузите в YFull. Больше пользы.

[FELIX]

Подкскажите, если хочу загрузить FASTA бабки, то что лучше делать с именем? Указать свое либо как указано на сайте FTDNA (имя бабки)? И могут ли быть вопросы, если email с одного имени, а подписано другим?

А зачем грузить в GenBank? Грузите в YFull. Больше пользы.

Одно другому не мешает. Но в Yfull, действительно, дерево живое (с) !