АвторТема: Перевод сантиморганид в родство  (Прочитано 1518 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн GregorАвтор темы

  • Сообщений: 64
  • Страна: am
  • Рейтинг +22/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Перевод сантиморганид в родство
« : 29 Ноябрь 2019, 23:57:51 »
Уважаемые коллеги! Помогите сопоставить данные ФТДНА с реальным родством. Итак есть двоюродные сестры. На ФТДНА появился их совпаденец. У одной он значится как 2th-4th cousin. 65 shared 21 longest, у другой 5th-remote, 81 shared, 9 longest. Фамилия его (редкая) совпадает с фамилией отца одной сестры и с девичьей фамилией матери другой сестры. Эти их родители естественно родные брат и сестра. Кем совпаденец скорее всего приходится сестрам? Письмо конечно уже написано, но ответа пока нет.

Оффлайн Celena

  • Сообщений: 1
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК - Т-М70
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #1 : 19 Ноябрь 2020, 13:01:19 »
Лихо закрутили. Это же получилось, что дедушка двоюродных сестер имеет родство с совпаденцем. Тут может быть какой-нибудь родственник со стороны, например, брата/отца дедушки (по мужской линии, раз фамилия осталась). Но времени прошло много, надеюсь вам ответил совпаденец.

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 558
  • Страна: il
  • Рейтинг +100/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #2 : 19 Ноябрь 2020, 13:43:06 »
5th-remote выглядит реально. От 9 до 21 сМ - это очень мало для самого большого блока. У меня с двоюродным дядей 90 сМ.

Оффлайн Turan

  • Сообщений: 275
  • Страна: al
  • Рейтинг +12/-0
  • Y-ДНК: G2a1
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #3 : 19 Ноябрь 2020, 23:10:19 »
5th-remote выглядит реально. От 9 до 21 сМ - это очень мало для самого большого блока. У меня с двоюродным дядей 90 сМ.
58-60 см это какой уровень родства?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 818
  • Страна: 00
  • Рейтинг +625/-2
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #4 : 19 Ноябрь 2020, 23:17:16 »
58-60 см это какой уровень родства?
Смотрите здесь http://forum.molgen.org/index.php/topic,10118.0.html
Или смотрите здесь https://dnapainter.com/tools/sharedcmv4
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2020, 23:57:14 от NathanS »

Оффлайн Bald

  • Сообщений: 62
  • Страна: ru
  • Рейтинг +17/-0
  • Y-ДНК: R1a1-Z280-YP310
  • мтДНК: H1c4
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #5 : 18 Сентябрь 2021, 01:04:47 »
Если кому вдруг пригодится для калибровки:
Троюродные братья по прямой мужской линии: 346 shared / 91 longest
Внук (сын дочери) одного из этих братьев с другим братом, квази-четвероюродное родство: 108 shared / 43 longest. 

Кстати, рекомбинация при наследовании по женской линии идет почти вдвое интенсивнее, чем по мужской, поэтому и максимальные длины сегментов убывать будут интенсивнее.
« Последнее редактирование: 18 Сентябрь 2021, 01:16:17 от Bald »

Оффлайн 19986

  • Сообщений: 157
  • Страна: us
  • Рейтинг +121/-1
  • Y-ДНК: I1 > M253 > L22 > S19986/Y3603 > S9318* (Нижегородская обл.)
  • мтДНК: J1c2* (Ивановская обл.)
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #6 : 18 Сентябрь 2021, 06:06:19 »
Кстати, рекомбинация при наследовании по женской линии идет почти вдвое интенсивнее, чем по мужской, поэтому и максимальные длины сегментов убывать будут интенсивнее.
Это так, но рекомбинация уже даёт очень случайные размеры сегментов. К тому же надо учесть, что этот эффект всё-таки заметно сглажен - потому что даже если ДНК отца в два (точнее, в 1,7) раза реже рекомбинировало, всё равно оно примерно наполовину состоит из ДНК его матери, которое рекомбинировало чаще. Так же ДНК отца отца (деда по мужской линии) - наполовину ДНК его матери (прабабушки). С практической точки зрения для домашней генеалогии это можно игнорировать.

PS: Нашёл иллюстрацию. Распределение общего ДНК между двумя двоюродными детьми в зависимости от того, родились они от двух братьев (синяя линия) или двух сестёр (красная). Видно, что из-за более редкой рекомбинации в случаев братьев больший разброс, но в целом можно игнорировать, потому что распределения уже широкие и без этого.

« Последнее редактирование: 18 Сентябрь 2021, 06:17:47 от 19986 »

Оффлайн Bald

  • Сообщений: 62
  • Страна: ru
  • Рейтинг +17/-0
  • Y-ДНК: R1a1-Z280-YP310
  • мтДНК: H1c4
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #7 : 18 Сентябрь 2021, 12:27:41 »
PS: Нашёл иллюстрацию.

Здоровская иллюстрация, вот только она немного про другое - про дисперсию shared dna.
А речь шла про другую метрику - longest segment.
Немного утрируем. Я составляю хромосому из переломанных вчетверо частей двух хромосом, а вы - из переломанных вдвое.
У вас 4 варианта со средним отклонением 0.25 (4/16)
У меня 16 вариантов, 6 из которых центральные, 8 с отклонением 0.25, 2 с отклонением 0.5, итого мое среднее отклонение - 3/16.
Разница не очень большая, всего 1/16.
Но разница в длине максимального сегмента будет вдвое, что весьма значительно.
« Последнее редактирование: 18 Сентябрь 2021, 14:28:31 от Bald »

Оффлайн Bald

  • Сообщений: 62
  • Страна: ru
  • Рейтинг +17/-0
  • Y-ДНК: R1a1-Z280-YP310
  • мтДНК: H1c4
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #8 : 18 Сентябрь 2021, 15:36:16 »
К предыдущему посту.
Нет, конечно не вдвое.
Средняя длина максимального сегмента в случае "ломания пополам" будет 1/2
В случае "ломания вчетверо" - 27/64, на 8% меньше.
Пожалуй, соглашусь, что хотя и убывает быстрее предыдущего значения, но все же на генеалогической глубине дает небольшую разницу.

Оффлайн 19986

  • Сообщений: 157
  • Страна: us
  • Рейтинг +121/-1
  • Y-ДНК: I1 > M253 > L22 > S19986/Y3603 > S9318* (Нижегородская обл.)
  • мтДНК: J1c2* (Ивановская обл.)
Re: Перевод сантиморганид в родство
« Ответ #9 : 18 Сентябрь 2021, 22:11:07 »
А речь шла про другую метрику - longest segment.
...
Но разница в длине максимального сегмента будет вдвое, что весьма значительно.

Пожалуй, соглашусь, что хотя и убывает быстрее предыдущего значения, но все же на генеалогической глубине дает небольшую разницу.

Вы правы, что некоторая разница будет, с этим я не спорю. Я говорю, что с практической точки зрения проще это игнорировать. Под практической т.з. я подразумеваю ситуацию - зная длину общих сегментов и примерный уровень родства, определить, по мужской или женской линии идёт родственная связь.

Если говорить о длинах общих сегментов (и длине наибольшего общего сегмента) для кузенов, когда родство идёт от двух братьев или от двух сестёр (или смешанно - через брата и сестру), то картина будет такая (на основе 200 симуляций для каждого случая):




Видно, что да, в случае сестёр длина сегментов в целом меньше, а в случае братьев - в целом больше. Но картина очень размытая из-за случайной природы кроссовера хромосом. Если взять аномально длинные сегменты (90 сМ и больше - в Вашем случае 91 сМ сегмент аномально большой, тем более для троюродных братьев), то там будет сильный перекос в сторону сценария "2 брата" (55%), но 2 сестры и смешанный сценарий всё равно дают нам 45%, так что даже тут примерно 50 на 50.
« Последнее редактирование: 18 Сентябрь 2021, 22:23:47 от 19986 »

Онлайн kardes

  • Сообщений: 971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-11
  • Y-ДНК: G2a1

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.