Компании, предлагающие потребительские ДНК-тесты
4 крупных компании – AncestryDNA, 23andme, MyHeritage, FTDNA.
- 20% совпаденцев – ложные совпаденцы из-за ограничений в чиповой технологии.
- Упоминется полногеномное секвенирование в Dante Laboratories, Full Genomes Corporation, Nebula Genomics, YSEQ. FTDNA не принимает данные WGS, но теоретически пользователи могут использовать схожий формат данных с каким-либо чипом и загрузить свои данные. Пока нет баз данных для работы с полногеномными данными.
Ancestry
- 20 миллионов профилей
- Использует OmniExpress с 637 000 снипов (версия 2, 2016).
- Не использует Х-хромосому для сравнений
- Y и мито тесты прекратились в 2014 году.
- Хотя доступ служб к ДНК-данным ограничен, генеалогические записи и семейные деревья широко используются в криминалогическом генеалогическом поиске.
- В некоторых случаях, направленное тестирование делают сперва в Ancestry, а затем данные загружают в базы, доступные службам.
23andme
- 12 миллионов профилей (январь 2021)
- 80%участвуют в исследованиях
- GSA чип, ранее четыре версии OmniExpress.
- Единственная компания, которая полностью использует Х-хромосому в поиске совпаденцев
- Пользователи сообщают о своих болезнях и чертах, что помогает в криминалистическом фенотипировании.
- Не предоставляет никакого доступа службам, утверждают, что будут любой ценой боротся за отказ службам в доступе к данным.
- На май 2020 года было получено 7 запросов, все от служб США, и во всех случаях в доступе было отказано.
MyHeritage
- 4,5 миллиона профилей
- Принимает данные 23and, AncestryDNA, FTDNA, LivingDNA
- чип GSA с 2019, ранее OmniExpress
- Тест по здоровью с июня 2019, чип GSA модифицирован
- Данные по Х-хромосоме доступны, но не используются.
- База MyHeritage невольно позволила разрешить случай Йозефа ДиАнджело. Условия договора были после этого изменены и компания запрещает службам использовать их ДНК-услуги.
- Несмотря на запрет, незаконный доступ служб к данным всеже возможен т.к. компания принимает сторонние данные.
- Новый алгоритм поиска совпаденцев, сравнимый с Ancestry – короткие фазированные сегменты удлиненные нефазироваными данными.
FTDNA
- 1,4 миллиона профилей
- Изначально Y- и мито тесты. Аутосомные тесты с 2010.
- Чип GSA с весны 2019, ранее OmniExpress с 2011, а еще ранее чип Affymetrix Axiom
- Минимальное совпадение должно быть 9 сМ и 500 SNP.
- Большинство коротких сегментов – или ложные совпадения из-за отсутствия фазирования данных или не представляют генеалогического интереса.
- Х-хромосома не включается в длину разделенных сМ и совпадение по Х-хромосоме отмечается только в случае аутосомного совпадения. Рассчитывается до 1сМ. Высокий уровень ложных совпадений, так как на чипах мало снипов в Х-хромосоме. Большая разница в Х-совпаденцах у мужчин и женщин.
- Принимает данные от других компаний. С марта 2018 сотрудничают с BC Platforms и решают совместимость данных от разных чипов и историческую совместимость данных. Детали неизвестны.
- Прием данных других компаний неизбежно привел к незаконному использованию базы данных службами. В январе 2019 ФБР проникло в базу данных FTDNA и компании пришлось согласиться на сотрудничество с ФБР.
- с марта 2019 пользователи могут согласиться с использованием их ДНК службами для поиска совпаденцев.
- в декабре 2020 стало ясно, что FTDNA сделала тест в деле Йозефа ДиАнджело и позовлила залить его в свою базу данных в ходе скрытой операции. ФБР закрыла доступ ко всем деталям этой работы.
- тесты, загружаемые службами, не видны остальным пользователям. Службы получают более ограниченный список совпаденцев по сравнению с обычными пользователями.