Точно не скажу как, но примерно так -"определение возраста палеообразцов генетическим исследованием".
В статьях обычно параллельно приводят возраст определённый генетическим и радиоуглеродными методами,
иногда только генетическим методом.
Характеристика сохранения древней ДНК в образцах человеческих костей и зубов из Латвии с медной патинойАннотация
Известно, что бронза и другие медьсодержащие сплавы обладают антибактериальными свойствами, что может частично объяснять наблюдение лучшей сохранности костей, зубов и других органических материалов в непосредственной близости от бронзовых артефактов в археологических контекстах. Выбор образцов костей и зубов для анализа древней ДНК (aDNA) часто может быть ограничен из-за методов раскопок, которые использовались в прошлом, когда только выбранные кости извлекались из захоронения для хранения, и плохой сохранности остеологического материала в целом. Целью данного исследования было сравнение метагеномных профилей и сохранения эндогенной ДНК между остеологическими образцами с медной патиной и без нее, полученными из разных захоронений на кладбище Леясбитени (VII-X вв. н. э.). Данные секвенирования, полученные из патинированных образцов, показали гораздо более низкие проценты прочтений выравнивания генома человека, чем для непатинированных образцов. Большинство проанализированных образцов не имели достаточного количества прочтений для аутентификации aDNA или не демонстрировали характерных паттернов повреждения aDNA на концах последовательностей. Метагеномный анализ показал, что один из образцов (интенсивно патинированная и высокопористая фаланга руки) также имел повышенную долю прочтений секвенирования, совпадающих со Sphingomonas — родом грамотрицательных, хемогетеротрофных, строго аэробных бактерий с биодеградирующими способностями, включая металлоорганические соединения. В целом, несмотря на кажущуюся хорошую сохранность костей и зубов, расположенных в непосредственной близости от металлов и сплавов с антибактериальными свойствами, данные секвенирования указывают на плохую сохранность эндогенной ДНК человека и возможность изменений в метагеномных профилях в пользу более устойчивых к металлам бактерий. Для определения конкретных причин более низкого процента эндогенной ДНК в патинированных образцах необходимы дальнейшие исследования.
Улучшенное обнаружение метилирования в древней ДНКАннотация
Реконструкция уровней метилирования премортальной ДНК в древней ДНК (aDNA) привела к прорывным исследованиям, таким как прогнозирование анатомических особенностей денисовцев, а также статуса кастрации древних лошадей. Эти исследования основывались на вычислительном выводе уровней метилирования из сигналов повреждения в естественно дезаминированных цитозинах. Из-за статистических ограничений этот вывод требует секвенирования с высоким покрытием и, таким образом, не только дорог, но и ограничен образцами с исключительной сохранностью ДНК. Вместо этого метод прямого измерения уровней метилирования в aDNA, как это существует в современных образцах ДНК, открыл бы дверь к более тщательной и экономически эффективной возможности изучения метилирования в aDNA. Мы протестировали два метода прямого измерения метилирования, разработанных для современной ДНК, на основе бисульфитной или ферментативной обработки метилированием. Мы обнаружили, что оба метода сохраняют достаточный выход ДНК, позволяющий измерить метилирование. Обработка бисульфитом в сочетании с одноцепочечной подготовкой библиотеки показывает наименьшее снижение выходов ДНК по сравнению с отсутствием обработки метилированием, а также наименьшие смещения во время конверсии метилирования. Кроме того, мы показываем, что применение обработки бисульфитом к образцу с ~0,4-кратным покрытием обеспечивает сигнал метилирования, сопоставимый с вычислительно выведенным. Мы представляем метод прямого измерения метилирования в ДНК, который является экономически эффективным и может быть использован для широкого спектра древних образцов.
Древняя ДНК (аДНК) была извлечена из 20 зубных камней индустриального века с использованием нового протокола извлечения аДНК Название исследования: Метагеномные последовательности зубного камня индустриальной эпохи.
Университет Британской Колумбии;UBC Канада. 01.09.2024.
Были подготовлены 20 образцов зубного камня индустриального века (в Центре изучения древней ДНК и белков Университета Британской Колумбии, Канада) для метагеномного секвенирования и другого биоинформатического анализа с использованием нового протокола извлечения ДНК, который затем был интегрирован в более крупный набор данных о древнем зубном камне.
Тема: Что могут сказать по анализу ДНК ученые и криминалисты? (Прочитано 1476 раз)