Гаплогруппа E1b1b1-М35 исторически связана с хамитскими народами (кушиты, египтяне, берберы, ханаанеи), стоявшими у истоков древнейших агрокультур и государств (Древний Египет, царство Куш, Нумидия, Ханаан, Сабейское и Химьяритское царства).
Родоначальник гаплогруппы E1b1b1 (M35) жил примерно 15-20 тысяч лет назад на Африканском Роге (возможно, в Северной Эфиопии) или на Среднем Востоке (возможно, в Йемене).
В течение нескольких тысячелетий хамиты жили на своей исторической родине и занимались охотой и собирательством.
По расовой принадлежности хамиты относились к Кушитской большой ветви Западного расового ствола и говорили на хамито-семитском (афразийском) праязыке.
Согласно теории Дьяконова-Бендера, именно в Эфиопии хамито-семитский праязык выделился из ностратического языка примерно 14000 лет. Позднее, когда хамиты переселились на Ближний Восток, они передали свой язык представителям гаплогруппы J1 – семитам, предкам современных арабов и евреев.
Примерно 13 тысяч лет назад климат на Земле стал меняться, и не в лучшую сторону. Закончилась эпоха тепла и высокой влажности. Наступил длительный период холодного и сухого климата.
Вероятно, именно эти изменения климата способствовали тому, что хамитские племена Восточной Африки, принадлежащие преимущественно гаплогруппе E1b1b1-M35, начали своё движение из Эфиопии на север, в районы более благоприятные для жизни: в Нубию, Египет и на Ближний Восток. А в неолите род E1b1b1 распространился в район Средиземноморья и в Южную Африку.
Расселение хамитов способствовало обособлению их отдельных групп. Появились отдельные народы, имеющие свой язык и культуру: египтяне, берберы, ливийцы, кушиты, эфиопы, химьяриты, ханаанеи и южно-африканские скотоводы. У хамитских мужчин этих новых народов в Y-хромосоме появлялись новые SNP-мутации, которые они передавали своим потомкам.
Таким образом, в роду E1b1b1-М35 появились гаплогруппы:
1. E1b1b1а (М78). Древние египтяне и их потомки, в том числе в Европе (микенцы, македны, эпироты). Отчасти, ливийцы и нубийцы.
2. E1b1b1b (М81). Берберы. Потомки мавров в Европе.
3. E1b1b1с (М123). Аравийцы. Потомки йеменцев (химьяритов, сабеев) или ханаанеев.
4. E1b1b1d (M281). Южные эфиопы (оромо).
5. E1b1b1e (V6). Северные эфиопы (амхара)
6. E1b1b1f (P72). Танзанийцы или эфиопы.
7. E1b1b1g (M293). Танзанийцы (датог, сандаве) и намибийцы (кхое).