GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа

[Farroukh]

программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?

Такая программа в теории возможна, если все участники выборки имеют аутосомный, полный мито- и игрек-секвенсы. Тогда можно было бы осмысленно систематизировать родство по конкретным линиям, уточнять возраст (с использованием как сМ, так и Y-STR/Y-SNP) и выявлять разноуровневые схождения, особенно если это жители одного села, где условный дед одновременно приходится пятиюродным братом бабушке и т. п.

Написание такого софта - весьма трудоёмкое и неблагодарное занятие. Кто знает, может в будущем будет специальный АИ, который и облегчит людям построение генеалогических древ.

[Mc-simov]

Чем больше тестов делаю, тем более отчётливо понимаю, что классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Всегда нужно держать в голове, что сантиморган - это величина в первую очередь вероятностная. У меня в трёх поколениях моей семьи есть несколько примеров, когда небольшие куски в плюс-минус 25сМ вообще без изменения передались. А сколько до этого поколений они так передавались?

Плюс, до тех пор, пока сервисы аутосомных интерпретаций не умеют показывать на какой именно хромосоме из пары висит обнаруженный сегмент и не является ли он составным - поиск родства далее пяти поколений превращается в совершенно ненаучный.

Чаще всего как бывает? Есть у человека совпадение 15сМ с односельчанином. Начинается поиск общего предка, который конечно же находится. И вот эти 15сМ приписываются ему. А по факту - прилететь могло вообще откуда угодно.

[Навля]

программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?

Такая программа в теории возможна, если все участники выборки имеют аутосомный, полный мито- и игрек-секвенсы. Тогда можно было бы осмысленно систематизировать родство по конкретным линиям, уточнять возраст (с использованием как сМ, так и Y-STR/Y-SNP) и выявлять разноуровневые схождения, особенно если это жители одного села, где условный дед одновременно приходится пятиюродным братом бабушке и т. п.

Написание такого софта - весьма трудоёмкое и неблагодарное занятие. Кто знает, может в будущем будет специальный АИ, который и облегчит людям построение генеалогических древ.

На базе искусственного интеллекта сейчас создают софт даже для знакомств между собой... https://www.mk.ru/social/2024/01/31/odna-iz-5239-programmist-nashel-sebe-nevestu-s-pomoshhyu-iskusstvennogo-intellekta.html?ysclid=lttp68u3af162756750
Наверняка и создать для ДНК генеалогии можно легко что то....
Нашелся бы программист талантливый любитель ДНК генеалогии)

[Навля]

Чем больше тестов делаю, тем более отчётливо понимаю, что классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.
Всегда нужно держать в голове, что сантиморган - это величина в первую очередь вероятностная. У меня в трёх поколениях моей семьи есть несколько примеров, когда небольшие куски в плюс-минус 25сМ вообще без изменения передались. А сколько до этого поколений они так передавались?

Плюс, до тех пор, пока сервисы аутосомных интерпретаций не умеют показывать на какой именно хромосоме из пары висит обнаруженный сегмент и не является ли он составным - поиск родства далее пяти поколений превращается в совершенно ненаучный.

Чаще всего как бывает? Есть у человека совпадение 15сМ с односельчанином. Начинается поиск общего предка, который конечно же находится. И вот эти 15сМ приписываются ему. А по факту - прилететь могло вообще откуда угодно.

Вот и нужен супермозг для обработки и сопоставления всех этих совпадений.... с учетом всех факторов.
Есть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...

[Mc-simov]

Eсть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...

Совпадение по Х у отца с сыном может быть только в одном случае - если отец и мать ребёнка родственники по Х.

[Farroukh]

классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.

Для практической применимости таких таблиц необходимы полные мито, иксы и полные игреки (по сути, нужны полногеномные тесты для всех участников). Это не панацея, но снизит задачу с уровня гаданий до уровня осмысленных прогнозов. Вся надежда на искусственный интеллект

[Навля]

Eсть тест где между отцом и сыном есть совпадение по Х...
Чем больше тестов для сопоставления между собой, тем больше кипит мозг и просто руки опускаются ...

Совпадение по Х у отца с сыном может быть только в одном случае - если отец и мать ребёнка родственники по Х.

Это понятно... вроде путем догадок составил древо с потенциальным общим предком - прапрабабкой, но матери нет в живых, в идеале было бы её сделать тест (отцу 90 лет).

[Навля]

классическая табличка с соотношением величины сМ и степени родства гарантированно работает только в пределах 3-4 поколений.

Для практической применимости таких таблиц необходимы полные мито, иксы и полные игреки (по сути, нужны полногеномные тесты для всех участников). Это не панацея, но снизит задачу с уровня гаданий до уровня осмысленных прогнозов. Вся надежда на искусственный интеллект

Так будет явно сложнее, а может и нет... хотя вот есть мтДНК которое совпадает у 5-х человек, но по ФТДНА шаг в мтЛНК от 0 до 3-х !!!, аутосомы в районе 100 сМ ...+/-
мтДНК естественно показывает общего предка 12000 лет назад...
В общем явно без супермозга не разобраться.... заложить туда основные принципы передачи ДНК и пусть обрабатывает.

[Tanasquel]

Доброго всем!
Подскажите... есть 40 аутосомных результатов, все друг другу родня с показателями от 100 сМ и совпадениями по Х
..... есть какая либо программа, если даже не в Гедматч, которая могла бы составить древо (типа генеалогического) и расставить по местам родства 40 тестов, в идеале с расчетом времени жизни общего предка?

по Y есть, когда же по аутосомам изобретут ((((

Довольно большое количество. Это выборка или просто родословные ветви ?