АвторТема: Усреднённые возрасты и доверительные интервалы  (Прочитано 5638 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Кроме того, здесь не обсуждается один важный штрих (может было выше где, пропустил). "Видоизмененный" Ро - втч значит что если возраст снипов-потомков ветки окажется больше возраста родителя (включающего в себя данную ветвь и как минимум еще одну), то он будет исправлен неким способом, фактически опущен за уши к родительскому. Это - уже за рамками "только возраста нисходящих снипов", это корректировка сверху. А подобное бывает нередко.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Поэтому так детально обсуждать возраст имеет смысл только видя перед глазами подробный алгоритм.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
ха )) бедные китайцы, кто о них замолвит слово.
Они сейчас заняли место, каковое раньше, в христианские времена, отводили бесам: считалось, будто бес может (как бывший ангел) перевернуть крылом землю, но не способен к творчеству.
Да никуда не делось магическое сознание, просто видоизменилось.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Но.. Ю-Джин, как ни крути, клон Уай-Фул  ;D
Пора Уай-Фулу сделать переключатель языка на путунхуа, чтобы упростить работу китайцам

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Да и название Уай-Фул пора китаизировать. В путунхуа вроде нет финали -л? Может надо просто Уай-Фу?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8551
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4897/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
если возраст снипов-потомков ветки окажется больше возраста родителя (включающего в себя данную ветвь и как минимум еще одну), то он будет исправлен неким способом, фактически опущен за уши к родительскому. Это - уже за рамками "только возраста нисходящих снипов", это корректировка сверху. А подобное бывает нередко.
У меня в голове эти случаи оказались в разделе "ручная (хотя в данном случае явно автоматическая :D ) корректировка полученных значений" :) , за рамками обсуждения самого алгоритма.
Смысл в том, что есть реальный, пусть не полный с классификационной точки зрения, образец с достоверной независимой датировкой.  Вроде того гребца галеры, что по дереву (внезапно) годится в родственники-современники Рюрику, а по исторической ситуации не очень.
Да нормально годится, в вычисленный временной интервал же попал, если правильно помню. Это то, о чём и писал Ярослав - точная датировка может нас сбивать, правильнее смотреть интервалы. Думаю, такие геномы тоже можно использовать для "ручной корректировки" их границ, когда хорошо прочитаны все снипы узла и датировка образца не вызывает сомнений. Наверное, так и сделают в будущем, если это не потребует слишком много ручной работы.

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 1936
  • Страна: gb
  • Рейтинг +479/-4
А нужен ли вообще возраст, полученный прикидками от современных образцов в глубину? Может, можно как-то по-другому обозначать - отмечать только возраст древних, а для остальных найти способ наглядно показать количество общих и индивидуальных узлов, или что-то в этом роде. 

Возраст делает классификацию маркетингово более привлекательной, но это палка о двух концах.  Интересно было бы посмотреть, как выглядит классификация форензиков.

 

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Интересно было бы посмотреть, как выглядит классификация форензиков.

в смысле?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Может, можно как-то по-другому обозначать - отмечать только возраст древних, а для остальных найти способ наглядно показать количество общих и индивидуальных узлов, или что-то в этом роде. 

Не прокатит тк даже такая простая штука как Ро может делать связь количества мутаций с возрастом нетривиальной. Тем более байес, который моделирует события вместе с возрастами. Возраст - часть картины, не всегда выводимая просто из количества мутаций на ветвях. Там есть там дополнительные, независимые, идеи, и эти идеи хочется потреблять ))

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
не только маркетингово, по-человечески тоже ))

мутация - факт, но внутренний для биологии. А возраст - это интерфейс с общечеловеческими понятиями. Сравните с преимуществом правдоподобия над стоимостью: правдоподобие говорит о событиях на вероятностном языке, который общенаучно понятен, а метрики - напротив, субъективны. Возраст еще более картинная вещь, чем вероятность, и тем более выигрывает перед мутациями.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
У меня в голове эти случаи оказались в разделе "ручная (хотя в данном случае явно автоматическая :D ) корректировка полученных значений" :) , за рамками обсуждения самого алгоритма.

это важный вид нелокальности, однако

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Ну то есть истинный tMRCA "на глазок" S23139 лежит ну если не на 2700 конечно, то уж на около 2400 где-то назад. А у Уфулл теперь дается лишь как formed 2500, хотя  по мне очевидно что этот  снип сформировавщись 2700-2600лет назад уже гдето около 2350-2400 лет назад разлетелся... tMRCA же в 2000 лет от Yfull просто смех. И вроде бы уже 3 участника с S23139 есть а не два, как раньше. Но так как теперь по веткам, то веток по сути всего 2, а даже полторы -FT22607 и S23139*. А я скептически отношусь к среднему арифметич. от 2х результатов. Результатов должно быть от 3 а лучше от 4, и два крайних реза анулириуется как это в судействе в фигурном катании и прыжках с трамплина например :)
Ну чтож. Новое дерево yfull выставило tMRCA даже в 2500 лет! То есть даже я не ожидал прям такого удревнения, склоняясь больше к 2400. Таким образом там где 3 и более результата, там вполне средние действуют и им можно верить!
А вот мой терминальный выставлен как 1950лет назад -вот тут конечно смешно все еще, там 2300-2400 короче должно быть где-то. Но тут главная беда в том что 2 результата лишь и средняя на 2 результатах -ерунда и правда. Так как истинное расположение может быть совершенно удалено от одного из результатов в пользу явно другого. То есть Ярослав прав что не стоит учитывать усредненный результат, но именно когда всего 2 реза есть, то есть как правило в Терминальных снипах. А все что выше вполне нормально средняя показывает. А результаты tMRCA в терминальных снипах, образованных лишь по 2 результатам лучше и правда показывать БЕЗ среднего значения, а просто ИНТЕРВАЛ

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 667
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-2
  • Y-ДНК: R-YP4444
Прочитал, вроде и бы логично все, но непонятно. На собственном примере, у меня родственник образует ветку с другим образцом с возрастом по yfull по моему 185 ybp. Это что информация ни о чем и в действительности все уходит в мрачные века Средневековья?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17288
  • Страна: az
  • Рейтинг +6027/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Из личного несексуального опыта. ВБОП менее 700 лет - условность, реальные и расчётные датировки могут гулять на расстояния плюс-минус трамвайная остановка.

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-Y110693
  • Сообщений: 912
  • Страна: 00
  • Рейтинг +409/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Пример идеального определения возраста от ftdna



у двух "поляков" в FTD6830 - документальный общий предок 1800 гр. От него у них у одного 4 поколения, у другого 5. У каждого по парочке приватных снипов.

YFull еще не рассчитал, но думаю будет тоже самое
https://www.yfull.com/tree/Q-FT160504/

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.