Усреднённые возрасты и доверительные интервалы

[Yaroslav]

Дерево, похоже, выпило эликсир молодости 

Только что высказал свои мысли об этом:

Пример подопечных уважаемого Mich Glitch Воронцовых-Вельяминовых:

Значит с Бадей неясно. ВБОП с тремя Воронцовыми-Вельяминовыми ~600 лет (1000<->275 лет). Всё, я так понимаю, произошло ещё до ближайшего общего предка протестированных Воронцовых-Вельяминовых, жившего ~425 лет назад (750-125 лет назад) и который, благодаря знатности рода, скорее всего известен документально.

Все трое В.-В. (плюс четвёртый с НДБО) документально идут от общего предка 1736 г.р. (Это в тему оценок ВБОПов.)

Этот пример стал самым показательным аргументом в том, что на ВБОПЫ всё-таки нужно смотреть периодично, абстрагируясь от цифр, и тем более игнорируя усреднённые.

То есть, если доверительным интервалом для ВБОПа ZS3067 указан 1200<->325 ybp, значит можно сказать только, что ближайший общий предок жил в период Средневековья, без какой-либо большей конкретики.

[Рамазан]

Дерево, похоже, выпило эликсир молодости 

В моей терминальной ветви ZS3067 просто сузился доверительный интервал с 1500<->475 лет до 1200<->325 лет.

Я всё больше убеждаюсь, что усреднённые возрасты нужно игнорировать (в моём случае усреднённый возраст изменился с 900 до 650 лет), и вообще абстрагироваться от конкретных цифр.

Только что высказал свои мысли об этом:

Пример подопечных уважаемого Mich Glitch Воронцовых-Вельяминовых:

Значит с Бадей неясно. ВБОП с тремя Воронцовыми-Вельяминовыми ~600 лет (1000<->275 лет). Всё, я так понимаю, произошло ещё до ближайшего общего предка протестированных Воронцовых-Вельяминовых, жившего ~425 лет назад (750-125 лет назад) и который, благодаря знатности рода, скорее всего известен документально.

Все трое В.-В. (плюс четвёртый с НДБО) документально идут от общего предка 1736 г.р. (Это в тему оценок ВБОПов.)

Этот пример стал самым показательным аргументом в том, что на ВБОПЫ всё-таки нужно смотреть периодично, абстрагируясь от цифр, и тем более игнорируя усреднённые.

То есть, если доверительным интервалом для ВБОПа ZS3067 указан 1200<->325 ybp, значит можно сказать только, что ближайший общий предок жил в период Средневековья, без какой-либо большей конкретики.

Ярослав, если ВБОП не имеет особого смысла, в чем тогда польза от ресурса?

[Yaroslav]

Ярослав, если ВБОП не имеет особого смысла, в чем тогда польза от ресурса?

Почему не имеет смысла? Показывается период (доверительный интервал), в рамках которого жил ближайший общий предок. Но, к сожалению, подсчитанный по снипам период не настолько узкий, как например при подсчёте с помощью ¹⁴C. Хотя, постепенно и потихоньку сужающийся по мере появления новых образцов.

Дело в том, что подсчитанный по снипам ВБОП не точечный, как это часто воспринимается людьми, а интервальный. А то бывает доходит до чуть ли не до этого: "Мой ВБОП с ним 2200 лет, а значит наш ближайший общий предок не мог жить во время восстания Спартака 74-71 гг. до н.э.".)))

Ну, и не говорю уже о том, что, относительно пользы от ресурса, помимо возрастов, само по себе дерево YFull является филогенитически самым точным деревом на сегодняшний день.

[kardes]

Реперными точками для доказательства правильной священной коровы оценки TMRCA могут быть наличие дднк аутентичного древнего образца с выверенной генеалогией и максимальное ген.исследование снп-мутаций у современных потомков. Может даже уже есть такие коровы точки?
пысы. Бела без потомков?

[Yaroslav]

Реперными точками для доказательства правильной священной коровы оценки TMRCA могут быть наличие дднк аутентичного древнего образца с выверенной генеалогией и максимальное ген.исследование снп-мутаций у современных потомков. Может даже уже есть такие коровы точки?
пысы. Бела без потомков?

Сегодня как раз один хороший человек затронул эту тему в группе YFull в фейсбуке.

Здесь то ли новый SNP-возраст вылетел за рамки ¹⁴C-возраста, то ли уже и ранее был вне этих рамок, я не отслеживал данный субклад.

Доверительный интервал ВБОПа R-Y75187 - 2300<->1150 ybp.

[Yaroslav]

может в дальнейшем всё таки отрегулируется R-ARP5
https://yfull.com/tree/R-SUR51/

Бела III (754 ybp) как раз попадает в интервал 1550<->225 ybp. Я думаю, вряд ли когда-нибудь усреднённые SNP-возрасты (650 ybp в данном случае) будут с точностью совпадать с реальными (754 ybp в данном случае), мы слишком многого требуем от ДНК. С Белой III сейчас вообще разница, которой, как я считаю, можно пренебречь: ~100 лет.

[TK]

Странным кажется, что сейчас возраст меняется, хотя дерево ещё не перестроилось. Формулы-то, если заглянуть, относятся к старой версии ветвей. Не исключено, что когда дерево поменяется возраст снова может быть (должен) пересчитан.

[Farharaji]

Мне кажется Yfull изменили расчеты возрастов. Произошло вот что -раньше они скорее всего делали среднее арифметическое между всеми участниками субклада равноценно, то есть независимо от того кто в какой нижестоящей подветки, просто брали сумму всех и делили на всех, делая среднее арифметическое.(если это не так поправте меня! Я просто уже точно не помню, но вроде так)
Но сейчас не так...Загляните в инфу своих субкладов. Они берут среднеарифметические НИЖЕСТОЯЩИХ ВЕТОК и суммируют ВЕТКИ друг с другом, а не УЧАСТНИКОВ. Казалось бы это должно лишь удревнить и это логично, ибо Уайфулл итак на мой взгляд страдает излишним омоложением...если бы не тот факт, что они берут среднеарифметичекие именно показатили нижестоящих веток, то есть не доводят результаты до вышестоящих, то есть почему то не задействуют сам снип СУБКЛАДА общего в расчете. Поясню на примере своего субклада S23139 и его 2х веток на Yfull  S23139* и моей FT22607. У  FT 22607 два участника и наши результаты таковы, мой CORRECTED NUMBER OF SNPS 8,01 а второго, баварца 16.27. Это суммируется и выдается как 2410+1217\2=1813. И теперь уже эти 1813 сравнивают с единтвенным результатом S23139 там 15,25 и 2269 показатели. И делается просто 2269+1813\2 =2038. В чем тут подвох помимо тоо что не тупо 3 реза вместе среднее арифметическое? в том что берутся результаты мои и баварца только уровня FT22607! То есть сам снип S23139 не берется. То есть раньше у меня считался S23139  CORRECTED NUMBER OF SNPS 9,02 или как то так. У баварца было бы не 16,27 а около 17,3.  И если считать как раньше, то просто 9,02*144.41=1302,58. А гипотетичекие 17,3*144.41=2498,8. Теперь суммируем эти резы и резы единственного S23139* равноценно и получается 1302,58+2498,8+2262/3 = 2021,12667. Ну собственно, в моем случае результат даже удревнился по новым показателям, но в целом это приводит к умоложению, потому что выдираются по 1 снипу!В общем, я не математик но вижу как-то так. Зачем так делать? ну то есть то что считать не общее среднее а по веткам, это может и правильно. Но зачем выдерать обший снип с результатов? то есть автоматом все умоложать на 1 снип, а у Yfull это 144.41 не знаю, когда итак резы выглядят слишком молодыми и уже видно даже по древним ДНК несоответствие. Ну может я где-то и не правильно обяснил, повторю, я не математик, но примерное изменение где-то в таком русле. Кстати я совершенно правильно предположил что с резом баварца общая S22116 постареет  2700 до 2800.Только раньше это писалось как tMRCA, а сейчас по сути Уайфулл поменял tMRCA с формированием. Ну вначале мне показалось возмутительным, а потом я понял а с чео вообще S22116 должно бьыло ВБОП считаться 2700-2800, когда даже классические очень осторожные представления формирования нижестоящего S11139 гдето в районе 2550-2600 лет назад. То есть по сути, раньше tMRCA стояло где-то на полпути между субкладами, а теперь Уафулл впритык ставит, ну как-то так. На мой взляд слишком большой крен в пользу омоложения, но возможно Уайфулл что-то сделает потом еще, что устареет. Возможно все-таки как-то дДНК учитывать, хотя пока не понятно как

[Farharaji]

Насчет средних цифр и интервалов. Ну все таки мы не ученые, обывателям нужны средние цифры. Они к тому же сразу высвечиваются, а не по наведению курсора мышки, в общем обывательски нужны средние цифры на мой взгляд. А сейчас истинные данные ближе к самым ранним интервалам ИМХО. Так. интервалы tMRCA S23139 помолодели c 3000-1400 до 2700-1400. Убраны самые дальние 300лет в итоге. Возможно правильно, но с тем же успехом можно было убирать и самые ближние 300а то и все 500лет ИМХО. Ну то есть истинный tMRCA "на глазок" S23139 лежит ну если не на 2700 конечно, то уж на около 2400 где-то назад. А у Уфулл теперь дается лишь как formed 2500, хотя  по мне очевидно что этот  снип сформировавщись 2700-2600лет назад уже гдето около 2350-2400 лет назад разлетелся... tMRCA же в 2000 лет от Yfull просто смех. И вроде бы уже 3 участника с S23139 есть а не два, как раньше. Но так как теперь по веткам, то веток по сути всего 2, а даже полторы -FT22607 и S23139*. А я скептически отношусь к среднему арифметич. от 2х результатов. Результатов должно быть от 3 а лучше от 4, и два крайних реза анулириуется как это в судействе в фигурном катании и прыжках с трамплина например

[Farharaji]

  И если считать как раньше, то просто 9,02*144.41=1302,58. А гипотетичекие 17,3*144.41=2498,8. Теперь суммируем эти резы и резы единственного S23139* равноценно и получается 1302,58+2498,8+2262/3 = 2021,12667. Ну собственно, в моем случае результат даже удревнился по новым показателям, но в целом это приводит к умоложению, потому что выдираются по 1 снипу!

а скорее и не удревнился а умолодился ведь нужно снип прибавить и к результату S23139* если как раньше, тогда 1303+2499+2406/3=2069,333. Таким образом раньше было коректнее, хотя даже 2069, что обобщается до 2100 лет слишком молодо выглядят, но тут уже у меня просто слишком молодые результаты и нужно еще больше результатов для лучшей средней...как-то так
ПС Ой еще одна у меня ошибка. Я же забыл по 60лет прибавить. Тогда 1363+2559+2406/3= 2109,333. Вот так было бы при ранешнем сравнении и было бы чуток корректнее

[Yaroslav]

Ну все таки мы не ученые, обывателям нужны средние цифры.

Не нужно быть семи пядей во лбу профессором для интервального восприятия возрастной оценки [во, загнул!)))]

В случае с S23139, например, это значит, что ближайший общий предок двух немецких образцов YF73412, YF78775 и Вашего YF71444 жил в интервале 2700<->1400 лет назад (период от железного века до античности). Указанные усреднённые 2000 лет назад - в игнор.

Какой смысл в усреднёнках, если по факту они не совпадают с документальными возрастами? А точнее не будет, по крайней мере на современном этапе развития данной научной сферы. Дезоксирибонуклеиновая кислота - это всё-таки не бабушка Ванга.

[Farharaji]

 Усреднение в 2000 лет конечно в игнор! Нужно просто..другое усреднение

[Yaroslav]

Усреднение в 2000 лет конечно в игнор! Нужно просто..другое усреднение

Всех в игнор!)))

ИГНОР ВСЕМ УСРЕДНЁНКАМ!!!

[Valery]

клиентов bigY это не касается, но если на ветке есть иные образцы, то пересечение их регионов с сабжевым для расчета возраста BED оставляет желать лучшего. Это влияет на расчет даже сильнее, чем шероховатости методологии Адамова. А если BED не совпадают, значит и таргеты, библиотеки. Там другой набор артефактов секвенирования. Повторяю, если у вас на ветке и желательно уровнем выше все bigY - то можете что я пишу тут игнорировать.

[Valery]

Возраст YFull калиброван на определенном BEDе и образцах Anzik и не будет считаться нормально при некотором уровне несовпадения BEDов. Я регулярно сталкиваюсь с этой проблемой - наша библиотека не совпадает с FTDNAшной, у нас свой bigY )) Приходится его калибровать самостоятельно, на аргынах.