АвторТема: Лучший ДНК тест на 2020 год  (Прочитано 1997 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nikolay_MАвтор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Лучший ДНК тест на 2020 год
« : 27 Октябрь 2020, 02:31:03 »
Доброго времени суток,

пытаюсь понять какой тест ДНК налучший на сегодняшний день,
начал с википедии - пишут (как я понял) что самый точный и современный метод секвенировани - PacBio Sequel

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B5%D1%82%D0%BE%D0%B4%D1%8B_%D1%81%D0%B5%D0%BA%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D1%8F_%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B3%D0%BE_%D0%BF%D0%BE%D0%BA%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F

Список провайдеров
https://www.pacb.com/products-and-services/service-providers/?fwp_csp_instruments=sequel-ii-system&fwp_sort=preserve

Один из провайдеров:
https://dna.uga.edu/pacbio-sequel-sequencing-2/?utm_source=Website&utm_medium=CSP-Referral&utm_campaign=title-link

Но вариантов анализа - очень много ( в разделе "Prices and Quotes")

Есть вариант проще (но дороже)
https://www.cityofhope.org/research/shared-resources/integrative-genomics-and-bioinformatics/integrative-genomics/integrative-genomics-core-equipment?utm_source=Website&utm_medium=CSP-Referral&utm_campaign=title-link

Популярные коммерческие предложения используют более древнее секвенирование  Illumina  (сразу с анализом), под торговыми марками
Y-DNA, Big Y , Y-700*
mtDNA, mtFull Sequence.
https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart

Правда не понятно как их сравнивать с PacBio - read length у одних в per SMRT cell / kb , у других в  bp:
-----
Comparison of PacBio sequencing platforms to two current industry standards
Platform   Read length   Run rime
PacBio RSII (per SMRT cell)   Average 10–16 kb   0.5–6 hours
PacBio Sequel (per SMRT cell)   Average 10–14 kb   0.5–10 hours
Illumina HiSeq 4000   2 × 150 bp   <1–3.5 days
Illumina MiSeq   2 × 300 bp   4–55 hours
-----

Тот же FTDNA пишет что BigY анализ неточный:
https://learn.familytreedna.com/y-dna-testing/big-y/big-y/
-----
Q: I ordered Big Y to get my result for a specific SNP or STR. Why didn't I get a result for that one SNP or STR?
A: Due to the exploratory nature of Big Y, we cannot guarantee results for specific, known SNPs and STRs because results will vary from sample to sample.
-----
А также: "*Raw data files are not included. The option to purchase your file will be available for an additional fee after your test is completed.", что выглядит непрофессионально.


Вопросы:

1
Действительно ли метод секвенировани PacBio 2 наилучший на сегодняшний день или лучше использовать старый  Illumina ?

2
Действительно ли лучше использовать не "все в одном" (FTDNA, 23andMe, еtс), а сервисы для исследователей, что бы не переплачивать и получить точный RAW, а анализ заказать отдельно ?

3
Что лучше всего выбрать как первый тест, что бы и не делать повторные апгрейты, но и не заказывать то что нельзя использовать на данный момент ? 

4
Стоит ли связываться с сервисами которые дают только уже выровненные по GRCh37/hg19 данные или пользоваться только теми кто дает BAM и VCF ?

5
Если экспортировать из BAM и VCF блок для GEDmatch (например), даст ли он тот же результат что и вариант GRCh37/hg19 от FTDNA  ?

6
Есть ли где-то таблица со всеми SNP для популярных тестов ?

7
Есть еще карманные аппараты вроде MinIon - стоит как пара тестов ($1k) и выдает 30GB
https://nanoporetech.com/products/minion

Даст ли он более точный результат чем FTDNA ? (И если да, то почему он непопулярный, ведь уже с трех тестов окупается ?)

С уважением,
Николай

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12955
  • Страна: az
  • Рейтинг +2965/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #1 : 27 Октябрь 2020, 07:08:47 »
Николай, всё зависит от Вашей цели.
Если цель - генеалогическая, то гоняться за суперполным геномом в лабораториях при полном отсутствии  какой бы то ни было логистической поддержки и сравнительной базы - это стиль D&G (дорого и глупо). Как по мне, то для простого обывателя полный геном полезен не более, чем собственный бронзовый бюст в огороде.

Если цель генеалогическая, то тестов FTDNA более чем достаточно, начиная от доступности и заканчивая проверенной десятилетиями логистикой и поддержкой.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12955
  • Страна: az
  • Рейтинг +2965/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #2 : 27 Октябрь 2020, 07:15:39 »
Что же по номинации "Лучший тест-2020", то
Y - BigY700
Mt - MtFull
Au - Family Finder
Всё это можно получить в пределах одной фирмы Family Tree DNA с максимальной совокупной сравнительной базой.

Как альтернатива - Dante Labs, но нескончаемый поток жалоб начиная с доставки и заканчивая шаманно-бубновыми танцами по интерпретации результата не дают мне оснований рекомендовать её новичку.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 211
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-1
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #3 : 27 Октябрь 2020, 10:22:28 »
Странная смесь относительно продвинутых терминов и вопросов свойственных новичкам.
Я со всем вышесказанным, за исключением Данте лабс. У них ни в коем случае сейчас не надо заказывать. Хорошая альтернатива Nebula.
Nebula+yfull или FTDNA BigY+ Yfull. В генеалогических целях особой альтернативы у них нет. В первом случае вам придется самому разбираться как извлечь аутосомы (не так сложно) но вот отсутствие базы это проблема. У вас будет только совпадения Yfull. Поэтому для новичков ftdna предпочтительнее. Их 111 маркеров хоть и не дают такую же точность как snp тесты но позволяют сравнивать с сотнями тысячи других людей. Это важно.
Если для вас вопрос здоровья на 1 месте. Nebula x100. 1000$.
Pacbio даёт надежду на светлое будущее, но сейчас это пока не ощутимо. Надеемся через несколько лет получим их обещанный полный геном из длинных ридов за 100$ с минимальными ошибками. Генеалогия не любит спешки, когда вы оперируете сотнями а то и тысячами лет, то можно и подождать ещё пару лет.
Подождите чёрную пятницу и закажите bigy.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 385
  • Рейтинг +258/-2
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #4 : 27 Октябрь 2020, 23:00:00 »
Доброго времени суток,

пытаюсь понять какой тест ДНК налучший на сегодняшний день,

2 Действительно ли лучше использовать не "все в одном" (FTDNA, 23andMe, еtс), а сервисы для исследователей, что бы не переплачивать и получить точный RAW, а анализ заказать отдельно ?

Зависит от цели. Для генеалогических поисков не так важны сырые данные - важна база результатов тестов. Попасть в базу можно или сделав тест, или перенеся результаты теста из другой компании. В 23andme результаты залить нельзя, надо делать тест у них. FTDNA принимает результаты от других компаний, но если вы засунете им результаты секвенирования (которые надо переработать в формат читаемый FTDNA), то они могут просто удалить ваш аккаунт. Единственное возможное место заливки - GEDmatch.

Пока нет сервисов, которые бы работали со всеми результатами секвенирования. Поэтому цели секвенирования у генеалога отличаются - это может быть сохранение данных для будущего, когда будут доступны подходящие сервисы или программы, и извлечение игрек-хромосомы и митохондрональной ДНК. Последнее можно использовать на YFull.

Среднестатистический генеалог не знает, что делать в с BAM-ом или FASTQ в 100 Гб. Надо четко представлять зачем это надо и что с этим можно сделать.

3 Что лучше всего выбрать как первый тест, что бы и не делать повторные апгрейты, но и не заказывать то что нельзя использовать на данный момент ?

По моему мнению такого универсального теста нет на данный момент. После экспериментов со всеми компаниями я остановился на таком варианте для себя:
1. Всем делаю FamilyFinder в FTDNA, подключаю к Geni и переношу на MyHeritage, если они у меня есть в дереве.
2. Всем мужчинам заказываю Y111 в FTDNA и делаю WGS (пока что в DanteLabs) и переношу на Yfull.
3. mtDNA (mtFull в FTDNA) делаю выборочно для женщин, если у них удалось отследить несколько поколений в интересующем меня приходе.

4 Стоит ли связываться с сервисами которые дают только уже выровненные по GRCh37/hg19 данные или пользоваться только теми кто дает BAM и VCF ?

В процессе выравнивания создается BAM-файл, далее создается VCF со снипами, отличающимися от референсного генома. Совершенно сырые данные могут выданы или в BAM (uBAM) файле или в файлах FASTQ. Если не боитесь выравнивать самостоятельно, то сырые данные предпочтительнее и надежнее при доработке референсного генома.

6 Есть ли где-то таблица со всеми SNP для популярных тестов ?

Нет, или да. Нет. В одном тесте 600-700 тысяч снипов. У всех компаний используется около 1 400 000 снипов (по моим расчетам). В такой таблице никто не захочет копаться.

7 Есть еще карманные аппараты вроде MinIon - стоит как пара тестов ($1k) и выдает 30GB
https://nanoporetech.com/products/minion

Даст ли он более точный результат чем FTDNA ? (И если да, то почему он непопулярный, ведь уже с трех тестов окупается ?)

Аппарат, конечно, интересный. Посмотрите на странице, на которую вы сами ссылаетесь:
 Low cost: Starter Packs from $4,500, including consumables
Т.е. кроме MinION еще нужны химикаты и оборудование, ну а выравнивание вы делаете сами. DanteLabs предлагала этот тест за весьма приемлемые деньги, но выравнивание они, вроде как, так и не сделали. Этот аппарат не работает так, что ты в него плюнул, а он тебе через час выдал всю твою ДНК.

По поводу 2 и 3.
Я сделал своим близким тесты во всех компаниях, чтобы понять, что это мне дает и где далее проводить тесты. Начинал просто с аутосомных, а для мужчин и с Y67. Самым интересным оказалась FTDNA, а Ancestry и 23andme мне дали очень мало. MyHeritage относительно интересно. Мне кажется, что надо начинать с того, что вы тестируете пару интересных человек в паре компаний (например, FTDNA и Ancestry), переносите на MyHeritage и, по желанию, на GEDmatch. Далее смотрите, что это вам дает.
Если тестируете старых родственников, то надо однозначно делать WGS и какой-либо аутосомный тест для начала. Возможность апгрейдов как раз плюс в FTDNA - можно заслать образец, а сапгрейдить когда будет возможность. Из-за доступности теста я бы порекомендовал для начала FamilyFinder, плюс Y37 для мужчин, а далее по обстоятельствам. Но для перфекциониста есть только один путь - тесты во всех компаниях плюс WGS.
« Последнее редактирование: 27 Октябрь 2020, 23:16:59 от NathanS »

Оффлайн Nikolay_MАвтор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #5 : 28 Октябрь 2020, 03:38:56 »
Спасибо за рекомендации.

С уважением,
Николай

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1187
  • Страна: ru
  • Рейтинг +370/-1
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #6 : 28 Октябрь 2020, 07:39:24 »
Что же по номинации "Лучший тест-2020", то
Y - BigY700
Mt - MtFull
Au - Family Finder
Всё это можно получить в пределах одной фирмы Family Tree DNA с максимальной совокупной сравнительной базой.

Как альтернатива - Dante Labs, но нескончаемый поток жалоб начиная с доставки и заканчивая шаманно-бубновыми танцами по интерпретации результата не дают мне оснований рекомендовать её новичку.
Фаррух прав-заказ в ФТДНК самый беспроблемный вариант для РФ. А также самая полная линейка тестов:
1.Y-тесты: 12-25-37-67-111 STR-маркеров; BigY700(SNP-тест).
2.Мито-тесты: Мито Фулл Сиквенс-самый максимальный Мито-тест.
3.Аутосомный тест: Family Finder. Стандартный тест не хуже и не лучше, чем у других фирм.

Плюс к каждому тесту "прилагается" сравнительная база, что ОЧЕНЬ важно.

Оффлайн Nikolay_MАвтор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #7 : 28 Октябрь 2020, 10:21:27 »
1
https://www.familytreedna.com/cart
Test(s) added to this kit:
Family Finder $79
mtFull Sequence $159
Y-DNA37 $113

Добавляем Y-DNA111 $249
Пишет: Y-DNA37 was removed from this kit because you added Y-DNA111 which includes Y-DNA37.

Добавляем: Big Y-700 $443
Пишет: Y-DNA111 was removed from this kit because you added Big Y-700 which includes Y-DNA111.

https://www.familytreedna.com/groups/r-z253/activity-feed
"Prior to 2018, we had to buy one of the STR tests (Y12, Y25, but mostly Y37, Y67 or Y111) before we qualified to buy Big Y. Now Big Y-700 includes the complete Y111..."

Получается, что если вы заказываете тесты последовательно, то вы теряете $362 (если за апгрейды скидки нет, но и тогда нужно сравнивать с coupons - в примере цена без купонов).

2
Остался открытым вопрос - можно результат Nebula x100 экспортировать в FTDNA или только в GEDmatch  / yfull ?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 211
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-1
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #8 : 28 Октябрь 2020, 11:16:50 »
Nebula аутосомы экспортировал без проблем в ftdna, myheritage, gedmatch, dna.land. Nebula x100 рекомендуется только для медицинских целей. В ином случае комбинация тестов nebula+ftdna предпочтительнее.

Оффлайн Nikolay_MАвтор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #9 : 28 Октябрь 2020, 16:24:17 »
1 У 23andme и FTDNA бедовая ситуация с privacy - сейчас life insurance компании и многие другие могут получить данные без ограничений.

Health insurance компании - раньше получали данные без ограничений, теперь их пытаются ограничить, но никто не даст гарантий что бил не вырастет в два раза через лет 10, из-за теста сделанного сегодня.

https://health.wusf.usf.edu/post/house-leader-focuses-use-genetic-information#stream/0
"If incoming House Speaker Chris Sprowls is successful, Florida will be the first state in the nation to prohibit life-insurance and long-term care insurance companies from using the information."

https://floridapolitics.com/archives/317470-chris-sprowls-dna-privacy-bill-passes-the-house-but-questions-remain-in-the-senate
"Palm Harbor Republican’s proposal would extend that ban to life, disability and long-term care insurers."

https://fortune.com/2018/07/25/glaxosmithkline-23andme-gsk/
"23andMe announced on Wednesday that GlaxoSmithKline purchased a $300 million stake in the company, allowing the pharmaceutical giant to use 23andMe's trove of genetic data"

https://www.newscientist.com/article/2226791-dna-site-gedmatch-sold-to-firm-helping-us-police-solve-crime/
"More than 1.2 million people have added the results of their DNA tests to GEDmatch, a site that helped US police identify..."

2
Можно ли данные Nebula загрузить и экспортировать в формат FTDNA/ybull/GEDmatch у себя на компьюторе, а не через их сервис ?

>Val_Metov
"nebula+ftdna предпочтительнее"

В Nebula 100x есть не все данные, которые есть в FTDNA mtDMA/BigY/AUTOSOMAL DNA ?


С уважением,
Николай

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 385
  • Рейтинг +258/-2
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #10 : 28 Октябрь 2020, 16:25:22 »
1
https://www.familytreedna.com/cart
Test(s) added to this kit:
Family Finder $79
mtFull Sequence $159
Y-DNA37 $113

Добавляем Y-DNA111 $249
Пишет: Y-DNA37 was removed from this kit because you added Y-DNA111 which includes Y-DNA37.

Добавляем: Big Y-700 $443
Пишет: Y-DNA111 was removed from this kit because you added Big Y-700 which includes Y-DNA111.

https://www.familytreedna.com/groups/r-z253/activity-feed
"Prior to 2018, we had to buy one of the STR tests (Y12, Y25, but mostly Y37, Y67 or Y111) before we qualified to buy Big Y. Now Big Y-700 includes the complete Y111..."

Получается, что если вы заказываете тесты последовательно, то вы теряете $362 (если за апгрейды скидки нет, но и тогда нужно сравнивать с coupons - в примере цена без купонов).

Да, если заказывать последовательно, то теряешь. Апрейды несколько дешевле.
FF+ BigY = 519$

FF + Y111 = 319$
Y111 -> BigY сейчас 239$.
Получается на 40$ дороже. Учтите, что BAM-файл надо выкупать у FTDNA - еще 100$ сверху.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 211
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-1
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #11 : 28 Октябрь 2020, 17:45:13 »
1 У 23andme и FTDNA бедовая ситуация с privacy - сейчас life insurance компании и многие другие могут получить данные без ограничений.

Health insurance компании - раньше получали данные без ограничений, теперь их пытаются ограничить, но никто не даст гарантий что бил не вырастет в два раза через лет 10, из-за теста сделанного сегодня.

https://health.wusf.usf.edu/post/house-leader-focuses-use-genetic-information#stream/0
"If incoming House Speaker Chris Sprowls is successful, Florida will be the first state in the nation to prohibit life-insurance and long-term care insurance companies from using the information."

https://floridapolitics.com/archives/317470-chris-sprowls-dna-privacy-bill-passes-the-house-but-questions-remain-in-the-senate
"Palm Harbor Republican’s proposal would extend that ban to life, disability and long-term care insurers."

https://fortune.com/2018/07/25/glaxosmithkline-23andme-gsk/
"23andMe announced on Wednesday that GlaxoSmithKline purchased a $300 million stake in the company, allowing the pharmaceutical giant to use 23andMe's trove of genetic data"

https://www.newscientist.com/article/2226791-dna-site-gedmatch-sold-to-firm-helping-us-police-solve-crime/
"More than 1.2 million people have added the results of their DNA tests to GEDmatch, a site that helped US police identify..."

2
Можно ли данные Nebula загрузить и экспортировать в формат FTDNA/ybull/GEDmatch у себя на компьюторе, а не через их сервис ?

>Val_Metov
"nebula+ftdna предпочтительнее"

В Nebula 100x есть не все данные, которые есть в FTDNA mtDMA/BigY/AUTOSOMAL DNA ?


С уважением,
Николай
FTDNA свои 111 маркеров делают по устаревшей но точной технологии. А вот снипы они формируют уже по новой технологии. Условно говоря BigY = "полный сиквенс Y хромосомы" + 111 маркеров.
Взяв bam файл, который выдают ftdna вы не сможете все те 111 маркеров найти. Часть найдете, часть нет. Но точно 111 нет.
WGS дает то, что делают ftdna c Y хромосомой но по всем хромосомам.
Это условное сравнение, на самом деле все сложнее.
В итоге сделав WGS вы получите все кроме 111 маркеров и вашего результата не будет в базе ftdna. Поэтому и рекомендуют сделать Y111 отдельно. Часть маркеров выдаст Yfull, но не все 111. Их количественно будет много, но они не те же самые что используются ftnda, т.е. использовать в сравнениях будет сложно.
Это все касается генеалогии. А вот с медицинской точки зрения все очевидно. WGS явно лучше.

На странице Yfull Вадим Урасин размещал таблицу, сравнение рузльтатов разных контор. У Nebula покрывается больший участок, но в среднем глубина хуже. На вопрос что важнее он ответил, что если глубина выше x15 (или x10 допустимо) то длина покрытия важнее. Чем больше длина тем больше вероятность обнарушения снипов новых. Может где-то напутал с точными цифрами, но примерно так.

Если генеалогия в приоритете, то лучший путь это сделать и то и другое. Один себе другой вашему родственнику с такой Y хромосомой. И тогда у вас будет фамильный снип. На FTNDA во многих семейных проектах эта норма. Но для этого нужно 2 результата в базе. Будь то это база ftdna или Yfull.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12955
  • Страна: az
  • Рейтинг +2965/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #12 : 28 Октябрь 2020, 18:07:41 »
Без сравнительной базы все эти игры с тестами лежат на той же полке, что и книги типа "Как управлять миром втайне от санитаров".
Делать полный секвенс вне ФТДНА и сразу заливаться на ИгрекФулл? Да, можно. Если Вы европейский R1b, прочёсанный вдоль и поперёк. Но и здесь Вы рискуете никогда не узнать о возможно более близких родственниках, которые банально не делали БигИгрек. По себе сужу.
 
Николай, начните свой путь хотя бы с 12 маркёров. А дальше будет видно, есть ли смысл плыть в ширину.
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2020, 18:20:55 от Farroukh »

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 211
  • Страна: ru
  • Рейтинг +94/-1
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #13 : 28 Октябрь 2020, 18:34:32 »
Без сравнительной базы все эти игры с тестами лежат на той же полке, что и книги типа "Как управлять миром втайне от санитаров".
Делать полный секвенс вне ФТДНА и сразу заливаться на ИгрекФулл? Да, можно. Если Вы европейский R1b, прочёсанный вдоль и поперёк. Но и здесь Вы рискуете никогда не узнать о возможно более близких родственниках, которые банально не делали БигИгрек. По себе сужу.
 
Николай, начните свой путь хотя бы с 12 маркёров. А дальше будет видно, есть ли смысл плыть в ширину.
Вы правы, но есть инструмент который намного лучше стандартного от ftdna поиска совпадений работает.
https://phylogeographer.com/str-match-finder.html
Пробовал туда сразу 150 тыс. строк копировать. Всего R1 которые смог собрать. Обработка заняла 15 минут. А дальше все довольно быстро. Пишешь нужный кит и смотришь результаты.
С J намного проще. 25 тыс.+ строк скопировал. Минуту занимает, и нужный кит. Пробовал сравнивать кит с Yfull. Которого нет в базе. Тоже работает. Пожалуй это лучший инструмент для поиска круга совпаденцев.
Тут и разбираться особо не нужно. Нужна база. Я сам вручную собирал. Раз в месяц обновляю. Скриптами питоновскими легче собрать, но я так не умею.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 385
  • Рейтинг +258/-2
Re: Лучший ДНК тест на 2020 год
« Ответ #14 : 28 Октябрь 2020, 23:18:39 »
1 У 23andme и FTDNA бедовая ситуация с privacy - сейчас life insurance компании и многие другие могут получить данные без ограничений.

Health insurance компании - раньше получали данные без ограничений, теперь их пытаются ограничить, но никто не даст гарантий что бил не вырастет в два раза через лет 10, из-за теста сделанного сегодня.

https://health.wusf.usf.edu/post/house-leader-focuses-use-genetic-information#stream/0
"If incoming House Speaker Chris Sprowls is successful, Florida will be the first state in the nation to prohibit life-insurance and long-term care insurance companies from using the information."

https://floridapolitics.com/archives/317470-chris-sprowls-dna-privacy-bill-passes-the-house-but-questions-remain-in-the-senate
"Palm Harbor Republican’s proposal would extend that ban to life, disability and long-term care insurers."

https://fortune.com/2018/07/25/glaxosmithkline-23andme-gsk/
"23andMe announced on Wednesday that GlaxoSmithKline purchased a $300 million stake in the company, allowing the pharmaceutical giant to use 23andMe's trove of genetic data"

https://www.newscientist.com/article/2226791-dna-site-gedmatch-sold-to-firm-helping-us-police-solve-crime/
"More than 1.2 million people have added the results of their DNA tests to GEDmatch, a site that helped US police identify..."

Я понимаю, что вопрос о неприкосновенности частной жизни сложный. Вопрос о медицинской страховке очень специфичен для США, и не актуален в Европе и России. Во всяком случае пока.

1. Если вы хотите сделать ДНК-тест, то это означает, что вам как-то придется поделится вашей личной жизнью. Представте, что ваши родители могли отказаться от вашей сестры или вашего брата и он/она попали в детской дом, а сейчас ищут семью. Или может не ваши родители, а двоюродная тетя или дядя? Ко мне обращались уже 4 таких человека, только одного я смог направить на город и страну, где можно поискать. Или окажется, что ваш дед вообще вам не дед... Найдутся пятиюродные братья и сестры, которые очень захотят с вами пообщаться? Так или иначе, но ДНК-тест исключает полную privacy.
В 23andme надо активно согласиться с поиском родственников, иначе только результаты по здоровью. Ancestry, FTDNA и MyHeritage изначально сделаны для генеалогического поиска.

2. Вы оставляете ДНК везде - на расческе, на дверной ручке, на стаканчике с кофе. Спецслужбы получат вашу ДНК, если им это надо будет. Из нашумевшего случая Дианджело:

Цитировать
On April 18, a DNA sample was surreptitiously collected from the door handle of DeAngelo's car, and later another sample was collected from a tissue found in DeAngelo's curbside garbage can.

https://en.wikipedia.org/wiki/Joseph_James_DeAngelo

Если совсем страшно, то просто не делайте тест.

3. Мне конечно не нравится, что спецлужбы и полиция запускаются в эти базы данных и это осложняет тестирование родственников у которых есть вопросы по этому поводу. С другой стороны надо выключить комп и выбросить телефон, закрыть счет в банке и прекратить писать е-мэйлы, если работа спецслуб так напрягает. В FTDNA надо теперь соглашаться на доступ полиции для сравнения с вашим тестом - кто соглашается, а кто отказывается. Остается надеятся, что выбор пользователей уважают.

4. Да, 23andme передает/продает данные фармацевтическим компаниям. Опять же остается надеятся, что все идет в органичовааных регулируемых формах. Скорее всего 23andme передает статистику по определенным мутациям, а фармацевтические компании уже выбирают в каком направлении им вкладываться. 23andme было бы совершенно невыгодно продать полную базу тестов вместо того, чтобы доить компании за статистику по конкретным мутациям. Тут я не опасаюсь - пусть работают с лекарствами.

5. GEDmatch совершенно сторонний ресурс и загрузка результатов туда полностью добровольная. Лично я удалил все тесты с этого ресурса и категорически не рекоммендую туда что-либо загружать. Тот случай с Дианджело прошел потому, что основатель просто решил, что дело хорошее и запустил туда ФБР. После новостей мне стало ясно, что ящик Пандоры открыли. С точки зрения закона объяснили, что загрузка своих данных туда является открытием своих результатов в общий публичных доступ. С этим я тоже не согласен - нам недоступны индивидуальные результаты пользователей, а цель - генеалогический поиск. Для меня публичный/общий доступ - это моя последовательность мито-ДНК, которую я заслал в Genbank и которая доступна всем (вы тоже можете ее найти и поработать с ней), она полностью открыта.

По здоровью
Ни один тест не выявил у меня предрасположенности к раку, который мне прооперировали.
Протестировал родственника (WGS) для игрек-хромосомы - абсолютно ни одной предрасположенности к какому-либо заболеванию. Вот у него бы билл не вырос, а уменьшился бы раз в 10.

Вот вы попросите друга заказать вам тест - карточка не ваша, имя не ваше, но вы делаете тест. В FTDNA очень легко поменять имя в любой момент, можно поставить инициалы (у меня есть совпаденец К А) или написать Дональд Дак (тоже совпаденец). Мейл делаете себе одноразовый, чтобы даже не логиниться туда.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100