G25 от Давидски (Eurogenes)

[Sadad113]

Сегодня координаты G25 за €6 на DNAGenics.com.
Вчера скидка была меньше, может, завтра станет больше:)

 А Вы там заказывали?, я что-то оплатил а по их инструкции не выдает мне координаты в нужной вкладке.

Заказал, жду, они там пишут:

We create a set of scaled and unscaled* G25 coordinates for your entire genome and for each individual chromosome

Вероятно, это занимает время, не знаю какое.

 Да написал им в поддержку, прислали на электронную почту и сказали что в профиле тоже должно появиться.

[Sadad113]

Ответил там же) Актуальную сборку можно скачать здесь.
http://www.balto-slavica.org/forum/index.php?app=downloads&showfile=79

Здравствуйте, у меня почему-то не скачивается Ваша сборка на балтославике, хоть я там и зарегистрирован, может можно где-то еще этот файл скачать?, после нажатия на клавишу скачать ничего не происходит.

[Georg]

Ответил там же) Актуальную сборку можно скачать здесь.
http://www.balto-slavica.org/forum/index.php?app=downloads&showfile=79

Здравствуйте, у меня почему-то не скачивается Ваша сборка на балтославике, хоть я там и зарегистрирован, может можно где-то еще этот файл скачать?, после нажатия на клавишу скачать ничего не происходит.

попробуйте на мобильном Сохранить как...   Оно скачает файл, как будто не зная его размер и расширение, но потом нормально сохранит

[Sadad113]

Ответил там же) Актуальную сборку можно скачать здесь.
http://www.balto-slavica.org/forum/index.php?app=downloads&showfile=79

Здравствуйте, у меня почему-то не скачивается Ваша сборка на балтославике, хоть я там и зарегистрирован, может можно где-то еще этот файл скачать?, после нажатия на клавишу скачать ничего не происходит.

попробуйте на мобильном Сохранить как...   Оно скачает файл, как будто не зная его размер и расширение, но потом нормально сохранит

Спасибо большое, попробую

[grazie]

grazie, учитывая смешанное происхождение, Вам нужно вкладкой SINGLE пользоваться.  Только уменьшите количество популяций, чтобы каши не было (REDUCE – 4 POPULATIONS)

Попробовал со scaled координатами из dnagenics, в source - modern scaled averages:
(пд удалены)
Во вкладке Distance я снова гагауз и проч.
Ну, черт знает:) украинцы поближе, конечно, будут, но пока воспринимаю как игрушку за €6 эти ваши калькуляторы.

[Sadad113]

Здравствуйте, а где вообще посмотреть из каких работ эти образцы представленные для сравнения берутся, например древние?

По древним образцам из сборки Tora Sama получилось вот это:

Distance to:   BEPHCG_scaled
0.02694065   RUS_VolgaOka_MA2:GOS001
0.02694065   RUS_VolgaOka_MA2:GOS001
0.02709629   RUS_VolgaOka_H:KBL002
0.02709629   RUS_VolgaOka_H:KBL002
0.02753217   CZE_LBA_Knoviz:I16089
0.02753217   CZE_LBA_Knoviz:I16089
0.02812335   RUS_Sunghir_MA:Sunghir6
0.02812335   RUS_Sunghir_MA:Sunghir6
0.02980385   VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK19
0.02980385   VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK19
0.03137547   RUS_VolgaOka_MA2:GOS002
0.03137547   RUS_VolgaOka_MA2:GOS002
0.03147329   VK2020_SWE_Skara_VA:VK397
0.03147329   VK2020_SWE_Skara_VA:VK397
0.03147676   RUS_VolgaOka_H:KED003
0.03147676   RUS_VolgaOka_H:KED003
0.03164817   VK2020_SWE_Gotland_VA:VK473
0.03164817   VK2020_SWE_Gotland_VA:VK473
0.03207491   CZE_Early_Slav:RISE569
0.03207491   CZE_Early_Slav:RISE569
0.03264033   HUN_Avar_Szolad:Av1
0.03264033   HUN_Avar_Szolad:Av1
0.03292165   RUS_VolgaOka_H:SHE009
0.03292165   RUS_VolgaOka_H:SHE009
0.03322582   SWE_Viking_Age_Sigtuna:vik_urm160

По современным из его же сборки

Distance to:   BEPHCG_scaled
0.01833127   Russian_RyazanRyazhsk
0.01962884   Russian_Voronezh_North
0.02014711   Russian_Samara
0.02016975   Ukrainian_Dnipro
0.02026361   Russian_RyazanMikhailov
0.02108316   Russian_Ryazan
0.02112048   Russian_Tambov
0.02145692   Ukrainian_middleDnipro
0.02197920   Polish_Pomerania
0.02278105   Russian_Vladimir
0.02280696   German_East_Prussia_Masuria
0.02297692   Russian_Orel
0.02314990   Russian_RyazanSpassk
0.02355069   Russian_Kursk
0.02393448   Polish
0.02397813   Polish_Upper_Silesia
0.02421325   Ukrainian_Donetsk
0.02444291   Ukrainian_Rivne
0.02445665   Russian_NizhnyNovgorod
0.02448283   Russian_Voronezh_Rep
0.02511285   Cossack_Ukrainian
0.02542010   Ukrainian_Zhytomyr
0.02555976   Russian_Tver
0.02567135   Russian_Moscow
0.02579856   Russian_RyazanKadom

По тем, что я скачал от Andvari

Distance to:   BEPHCG_scaled
0.01833127   Рязань_Ряжск
0.01959388   Воронеж_рус
0.02016975   Днепр
0.02026361   Рязань_Михайловский
0.02078066   Черкассы
0.02112048   Тамбов
0.02280696   Немцы_East_Prussia_Masuria
0.02297692   Орел
0.02314990   Рязань_Спасский
0.02355069   Курск
0.02397813   поляки_В_Силезия
0.02421407   Донецк
0.02444291   Ровно
0.02445665   Нижний_Новгород
0.02448283   Воронеж_слоб
0.02542010   Житомир
0.02579856   Рязань_Кадом
0.02600099   Полтава
0.02601378   Тверь_Кашинский
0.02603933   Великопольша
0.02639271   Тверь2
0.02660288   Сумы
0.02673955   Белорусы_запад
0.02719647   Белгород
0.02733320   Брянск

А также для чего нужна вкладка сингл и есть ли какой-то краткий гайд по базовым компонентам?

[grimsvotn]

 Родная сестра деда по матери  - потомок коренных однодворцев и служилых людей Данковского уезда (порядка 25 открытых родов предков деда - все оттуда с конца 16 в.)

Любопытно что "литвы" в средневековом калькуляторе - ноль.

[grimsvotn]

Если пригодится - вот ее координаты (для липецкой или какой другой южнорусской выборки):

ValentinaBruno,0.125205,0.120848,0.071276,0.059109,0.029852,0.024542,0.0094,0.009692,-0.002863,-0.019864,0.000325,-0.007643,0.013677,0.016928,-0.009093,-0.0179,-0.006389,-0.002027,0.005782,-0.008129,-0.00262,-0.005441,0.005793,-0.003494,0.007185

[grimsvotn]

Все четыре моих предка и я:

[Penny]

Здравствуйте! Подскажите, кто сравнивал свои результаты координат по genoplot и реальные, насколько совпадают результаты?

[grimsvotn]

Сделал усредненную выборку по всем своим родичам, а также включив себя и отца (и исключив). Через https://dna-tools.xyz/

Вот такая химера получилась:





]

[grimsvotn]

Древние:

[grimsvotn]

Современные популяции. С добавлением отцовых координат в усредненную выборку ее сносит немного в сторону Беларуси.

[grimsvotn]

Позволю себе ещё немного, но уже точно в последний раз, поспамить в теме.

Получил оригинальные координаты для матери (теперь вся семья точно в сборе ).

50% - Липецкая область, 50% - Подмосковье
Про отца уже писал, южная Брянщина

 И вот получается:

[Penny]

Не подскажите, что у вас за база древних и новых, где взять?