АвторТема: Dodecad Ancestry Project  (Прочитано 142528 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #675 : 24 Март 2014, 16:51:34 »
сама програма "оракула четырех предков" там есть (в том числе, вместе с расчетом по двум популяциям), вот прямая ссылка на скачивание.
там "работы" буквально минуты на 3 =) или просто скопируйте в блокнот то, что запостил я, сохраните, запустите Admix4_097, он Вам предложит открыть исходный .txt (в нашем случае для k27), который Вы будете использовать, потом задайте значения по компонентам, нажмите "Go!" и в файле Output будут Ваши результаты.
ЗЫ я не знаю, работали ли Вы раньше с Оракулом "вручную", поэтому описал  все шаги)
та программа что вы дали у меня не открывается(( winzip не имеется, может она у вас есть в WinRAR? 
Я работаю в R, текстовый файл уже сделала, как его теперь занести в R?
кстати у вашего оракула всего 27 популяций а то что я ищу содержит 250))
теперь понятно почему последний настолко маленькие дистанции имеет
« Последнее редактирование: 24 Март 2014, 16:58:18 от ladybel »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2074
  • Страна: 00
  • Рейтинг +552/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #676 : 24 Март 2014, 17:00:21 »
та программа что вы дали у меня не открывается(( это какое расширение?
Я работаю в R, текстовый файл уже сделала, как его теперь занести в R?
Файл самой программы, что в архиве, Admix4_097.ехе.
Поработать с оракулом через R я не пробывал)) там, по идее, нужно самому код написать, хотя, не уверен)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2074
  • Страна: 00
  • Рейтинг +552/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #677 : 24 Март 2014, 17:04:19 »
кстати у вашего оракула всего 27 популяций а то что я ищу содержит 250))
теперь понятно почему последний настолко маленькие дистанции имеет
кликните в excel снизу на "Verenich", там за 400 популяций будет=)
27 - это количество предковых компонентов

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #678 : 24 Март 2014, 17:33:26 »
потом задайте значения по компонентам, нажмите "Go!" и в файле Output будут Ваши результаты.


не работает хотя я все ввела
а как мне без R получить мои значения по компонентам в К27? На ссылке в самой первой теме, где калькулятор Вадима Веренича Бета К27, нет расширения .par
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
« Последнее редактирование: 24 Март 2014, 17:42:13 от ladybel »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2074
  • Страна: 00
  • Рейтинг +552/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #679 : 24 Март 2014, 17:51:28 »
не работает хотя я все ввела
а как мне без R получить мои значения по компонентам в К27? На ссылке в самой первой теме, где калькулятор Вадима Веренича Бета К27, нет расширения .par
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
не работает, а что пишет? я проверил то, что запостил выше для k27, все считает.
по компонентам, в отсутствии gedmatch, только через R, но я говорил о программе "Оракул", да и той теме не только об R - разбирается и собственно Оракул четырех предков, коим я и пользовался:
Цитировать
Кстати, долгожданный графический интерфейс готов. Сделал его отдельной программой. При запуске нужно выбрать используемый калькулятор (путем указания файла с данными популяций) и потом ввести значения для конкретного человека.
После нажатия на кнопку "Go!" будет сгенерирован input.txt и запустится внешняя программа расчетов.
Можно одновременно запускать несколько для разных данных одного калькулятора (так как input.txt читается только в момент начала расчетов). Естественно, выходные файлы указывать разными. Смотреть их все так же -блокнотом.

ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #680 : 24 Март 2014, 17:55:47 »


ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)
а где я возму эти значения?? Мне бы их сначала посчитать, но я умею только через R

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2074
  • Страна: 00
  • Рейтинг +552/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #681 : 24 Март 2014, 18:01:26 »


ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)
а где я возму эти значения?? Мне бы их сначала посчитать, но я умею только через R
Я так понял, что значения для предковых компонентов Вы уже посчитали в R)
не работает хотя я все ввела
вот то, что вводили (для Nilotic-Omotic, Ancestral-South-Indian, North-European-Baltic, Uralic, Australo-Melanesian,East-Siberean etc.) мне и скиньте=)

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #682 : 24 Март 2014, 18:12:53 »



Я так понял, что значения для предковых компонентов Вы уже посчитали в R)
вот то, что вводили (для Nilotic-Omotic, Ancestral-South-Indian, North-European-Baltic, Uralic, Australo-Melanesian,East-Siberean etc.) мне и скиньте=)
То что я посчитала в R были результаты Dodecad World9, а для него нет оракула, а только текст файл что я составила по вашему методу, но программа не работает, она просто останавливается;
потом, я решила проверить по МЛДП К27, но тут у меня самого калькулятора нет. Потому и спрашиваю, где взять файл .par для R

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8577
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4921/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #683 : 24 Март 2014, 18:16:33 »
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
Файл test.par должен быть в архиве по ссылке, я проверил. Исходный оракул действительно не добавлял, так как он будет выдавать заведомо неверный результат.

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #684 : 24 Март 2014, 18:26:31 »
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
Файл test.par должен быть в архиве по ссылке, я проверил. Исходный оракул действительно не добавлял, так как он будет выдавать заведомо неверный результат.
я нашла этот файл, не знала что он относится к К27, но все, равно -
system('DIYDodecadWin test.par') выдает
At line 113 of file DIYDodecad.f90 file: "test.txt"
Traceback: not available, compile with -ftrace=frame or -ftrace=full
Fortran runtime error: The system cannot find the file specified.


Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2074
  • Страна: 00
  • Рейтинг +552/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #685 : 24 Март 2014, 23:01:18 »
я нашла этот файл, не знала что он относится к К27, но все, равно -
system('DIYDodecadWin test.par') выдает
At line 113 of file DIYDodecad.f90 file: "test.txt"
Traceback: not available, compile with -ftrace=frame or -ftrace=full
Fortran runtime error: The system cannot find the file specified.
когда запускал на Висте, у меня с этим кальком была та же ошибка, что и у Вас, сейчас попробывал на Windows 7, все работает - попробуйте запустить на другой системе (проблема может быть не только в самой ОС).

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #686 : 26 Март 2014, 01:54:31 »
когда запускал на Висте, у меня с этим кальком была та же ошибка, что и у Вас, сейчас попробывал на Windows 7, все работает - попробуйте запустить на другой системе (проблема может быть не только в самой ОС).
если смогу сделать в другой операционной системе, я вышлю вам данные по К27, хотя там было так мало наций, думала что если 27 компонент то и наций должно быть больше, а то стоило город городить ))
может есть вариант где все возможные нации собраны? Простите, но в вашем варианте даже грузин нет, не говоря уже о более экзотических нациях. А вот МакДональд мне их выдает, и не только их.
И что же с оракулом для Додекада? Так и не нашла ничего. Мне этот тест понравился больше всего..Когда я, пользуясь сделанной мной таблицей пытаюсь ввести данные в программу, то она просто зависает ((

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1456
  • Страна: hu
  • Рейтинг +269/-7
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #687 : 20 Март 2017, 15:48:59 »
А на питоне есть что-то подобное?
Хочу на хостинг прикрутить.... ;D ;D ;D ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.