Мутации и интервалы

[Oxon]

Чем больше между двумя людьми мутаций, тем туманнее интервал, получается так.  Причем может быть как завышен вблизи современности, так и занижен в тьмутараканние времена. 

[Srkz]

Чем больше между двумя людьми мутаций, тем туманнее интервал, получается так.  Причем может быть как завышен вблизи современности, так и занижен в тьмутараканние времена.

Головы на отсечение не дам, но интуиция подсказывает, что должно быть так: чем больше мутаций, тем больше и максимальный интервал. Но и тем чаще реальная датировка должна быть близко к его серединке. На малом числе мутаций интервал ниже, но и разброс внутри него выше. А как считают сами YFull, я не знаю

[Oxon]

В общих чертах должно быть так.  А в пределах конкретной цепочки может пойти хоррибли ронг.   И это может быть моя цепочка 

Короче, да. 

[Valery]

Чем больше между двумя людьми мутаций, тем туманнее интервал, получается так.  Причем может быть как завышен вблизи современности, так и занижен в тьмутараканние времена.

Головы на отсечение не дам, но интуиция подсказывает, что должно быть так: чем больше мутаций, тем больше и максимальный интервал. Но и тем чаще реальная датировка должна быть близко к его серединке. На малом числе мутаций интервал ниже, но и разброс внутри него выше. А как считают сами YFull, я не знаю

начнем с того, с чего все начинается: с адекватной чистки бама от псевдоснипов вблизи областей инделов/стр. Особенно это актуально для серий приватных мутаций. Лучше YFull этого не умеет никто, и свой метод они не публикуют. Он включает как интеллектуальную часть, так и БД, то есть многолетние наблюдения за поведением каждой подозрительной позиции на хромосоме. Я точно делаю это хуже, чем они, несмотря на применение множественного перевыравнивания всех областей инделов. Лишь в редчайших случаях я нахожу снип, который они пропускают (мы сотрудничаем много лет, вообще-то). Конечно, вклад конкретной ошибки приватного "снипа" в возраст невелик, если только это не системный сдвиг всей выборки (Я работаю с гетерогенными данными, не только с ильюминой, но и с cg, а это особая песня). Другой вариант сдвига - пропущенные либо фантомные снипы мотивов родительских ветвей, то есть "глубокие" снипы. Но они чистятся лучше тк есть взаимный контроль в версиях дерева от разных авторов. Пример: в образце A мутация отфильтрована ввиду малого покрытия, в образце B засчитана, в итоге клада (A,B) получает меньший возраст, однако автор "подсматривает" чужое дерево и в следующей ревизии коллит позицию вручную. Разумеется, каждая подобная ошибка занижает возраст сразу всей клады, пока не наступит определенность в мотиве ветви. Фантомные же, как обычно, возникают в областях стр либо при гомоплазии и завышают возраст покуда не будут вычищены. Ну и наконец, вопросы калибровки: каждый авторский метод коллинга на каждой платформе должен калиброваться отдельно. Для древней днк все эти трудности надо еще возвести в квадрат ))

[Srkz]

Я больше про то, что сами новые снипы возникают неравномерно по времени. А в профессионализме YFull по их отлову и опознанию сомнений нет

[Valery]

Я больше про то, что сами новые снипы возникают неравномерно по времени

учитывая колоссальную длину NRY - возникают достаточно часто, куда более на эту неравномерность влияет несовпадение регионов по покрытию у разных образцов. Это и дает большую часть дисперсии. Другая проблема - сама популяционная история, которая плодит длиные ветки мутаций в одной части дерева и почти сбалансированные бифуркации в другой. С учетом артефактов анализа это может что-то сдвигать. Но предположение, что при наличествующей длине Y там есть реально большая дисперсия длин ветвей (то есть разные гг мутируют с разной скоростью) - слишком сильное. Обычно релаксацию (=допущение нескоррелированности скоростей по ветвям) применяют чтобы компенсировать артефакты, а не как теоретическую веру в то что люди мутируют с разной скоростью. Ну можно от балды искать ситуации - длинные поколения в одной ветви и короткие в другой, да. Но в масштабе тысячелетий это сглаживается.

[Valery]

при изучении родственников (до 7-8 колена)  я не встречал реально большой дисперсии пока. Допускаю, что у кого-то данных больше и есть иные наблюдения.

[Asmat headhunter]

псевдоснипов

а ведь если есть псевдоснипы, то могут быть и псевдогаплогруппы, подумать страшно.

[Valery]

во всей красе дисперсия проявляется в мт. Запросто можно найти живых динозавров, по гаплотипу полной мт тождественных предку, жившему одновременно с натуфийцами (Михаила Глитча это утверждение раньше доводило до белого каления, тк коту под хвост методичка от FT - но я не сумел убедить его в свое время, да особо и не пытался, перейдя на эмоции, о чем только сожалею). Теоретический вопрос - как это происходит, более ли родственны друг другу такие динозавры, или более права парсимония, считающая их базальными вариантами не родственными ни друг другу ни прочим (мутантам). Ответ может "дать" байес: при релаксации скоростей динозавры станут независимы, а при строгом клоке - станут кладой )) Но ответ ли это? ))) Примерно такой же как "сами задайте k и узнаете сколько рас на земле" )))

[Valery]

а ведь если есть псевдоснипы, то могут быть и псевдогаплогруппы, подумать страшно.

а есть ли псевдоязыки? вот например подонковскую орфографию некоторые грамотеи мнят "другим языком", хотя это самый что ни на есть чистый устный русский

[Asmat headhunter]

а есть ли псевдоязыки?

литературные в какой-то степени конлангами могут быть. ведь нормальные языки - диалекты, ничем не нормированные, мутируют себе свободно.

[Srkz]

Другая проблема - сама популяционная история, которая плодит длиные ветки мутаций в одной части дерева и почти сбалансированные бифуркации в другой. С учетом артефактов анализа это может что-то сдвигать. Ну можно от балды искать ситуации - длинные поколения в одной ветви и короткие в другой, да. Но в масштабе тысячелетий это сглаживается.

Ну вот и возникла мысль, что у большинства это будет сглаживаться, но станут накапливаться и отдельные ветки с необычным сдвигом в ту или иную сторону. Хотя, это всего лишь мысли вслух. По поводу дисперсии - в моей ветви такой разброс по снипам. Регион покрытия достаточно близкий, плюс делают поправку:

[Oxon]

Популяционная история, то есть колебания численности внутри одной гаплогруппы?  То есть, мы говорим о времени, когда этносы еще не включали в себя набор гаплогрупп а были допустим все I в конкретном регионе и одной климатической и исторической зоне?  Иначе колебания внутри разных групп синхронные были бы?   

[Valery]

на глаз вижу умеренную дисперсию

[Srkz]

на глаз вижу умеренную дисперсию

Никто и не говорил, что она ужасная Правда, какой-то странный образец с пятью снипами затесался.

Популяционная история, то есть колебания численности внутри одной гаплогруппы?

Я думаю, это когда у одного брата произошло три мутации и родился один сын, а у другого ни одной мутации. и пять сыновей. Вот и пошла от первого искажённая ветка.