a=b b=c a=c Транзитивность в ДНК

[Saiga]

Сделал тест, загрузил на GEDmatch. Там обнаружил, что мои совпаденцы (матчи) в основном сгруппированы одним общим сегментом с одинаковыми координатами в 22-й хромосоме. (для сведения MRCA=5). Я сначала обрадовался, подумал, что это триангулированный сегмент и у нас у всех был один общий предок. Но когда стал проверять всех этих совпаденцев "каждый с каждым", то оказалось, что они между собой не родственники. Как такое может быть, ведь сегмент-то общий?
Разве закон транзитивности в ДНК не работает и, если А=В В=С, то А≠С? 

[Farroukh]

Между вами больше 8 поколений и общий сегмент является древним блоком малой длины.

[Saiga]

Почему Вы решили, что более 8 поколений? Я же написал MRCA=5. Это значит, что до общего предка 5 поколений. У меня общий наибольший сегмент с такими людьми совсем не маленький 13сМ, причем на одном и той же отрезке в одном и том же хромосоме. И так с каждым человеком. А вот между собой у этих людей общих сегментов нет. Чем это можно объяснить? Ведь это же триангулированный сегмент?
Этот вопрос я уже задал gedmatch, но сейчас их сайт  закрыт на техническое обслуживание и доступа нет.

[Farroukh]

Значит, что-то из сообщённого Вами не соответствует действительности. Скорее всего, Ваше биологическое родство с ними идёт не по одному общему предку, а трём разным.

[Saiga]

Спасибо за ответы Farroukh.
Насколько я понимаю, если бы родство шло не от одного общего предка, а от разных, то общие сегменты имели бы разную локацию (пусть даже и в одной хромосоме). А если все общие сегменты находятся не просто в одной хромосоме, но и имеют в ней одинаковую локацию, то у этих людей был один общий предок, так?
Так вот, я повторяю еще раз:
1. У меня (А) есть общий сегмент 13сМ с человеком (В) не просто в одной хромосоме, но и с одинаковой локацией (совпадают Start Location, End Location)
2. У меня (А) есть такой же общий сегмент 13сМ с другим человеком (С) не просто в одной хромосоме, но и с одинаковой локацией (совпадают Start Location, End Location)
3. Но у найденного человека (В) нет общего сегмента с человеком (С) не только в этой хромосоме, а вообще нет никаких общих сегментов.

Если содержимое (снипы) сегмента совпадает с одним человеком и содержимое этого же сегмента совпадает с другим человеком, то почему они не совпадают между собой?
Во на эту тему:
https://dna-explained.com/2020/01/23/triangulation-in-action-at-gedmatch/

Р.С. ответы с GEDmatch как будто игнорируют то, что сегменты не просто в одной хромосоме, но еще имеют одинаковую локацию
я уж не знаю, какими словами это объяснять...

[Farroukh]

Локации не играют особой роли в установлении степени родства, если только это не икс.
Величина общих сегментов ниже 40 сМ лежит намного далее 5 поколений и не заслуживает пережёвывания.

[Mich Glitch]

Если Вас интересуют не предки (желательно поглубже), а только близкие родственники.




*** Совет Фарруха - мало того, что в корне неправильный, так ещё и вредный.

[Mich Glitch]

По САБЖ.

Общие сегменты - должны настораживать.
Особенно по середине и по оконечностям.
Но т.н. реликтовые блоки могут быть где угодно.

[Farroukh]

Честно говоря, не представляю какую уточняющую генеалогическую информацию даёт координата на хромосоме.
Вот есть 13 общих сМ. Предок, ясное дело, в глубине времён. Если совпадение по X-хромосоме, то при наличии/отсутствии мито- и игрек-пересечений - то тут ещё что-то можно конкретизировать. Ну или заведомо отрицательные линии отсечь.

Или там родовая болезнь какая кроется на этом хромосомном плече? Так это дело точную генеалогию всё равно не даст, при отсутствии документов.

Если вопрошающий - мужчина, то лучше пусть и игрек закажет.

[Mich Glitch]

Поясняю.
Если совппдающий участок захватывает центромеру, или теломеру, то это скорее всего "реликтовый гаплоблок".
Т.е. слабо мутирующий участок, присущий всей популяции.

[Mich Glitch]

"Ясное дело" у всех разное.

Моё сильно отлично от Вашего, например (о чём узнал совершенно случайно и недавно).

Вы, скажем, имея деда и внука, советуете тестировать внука. Потому что "у него мутаций больше".

Я на такую околесицу могу прореагировать только мемом:

[Mich Glitch]

У меня есть очень внятные примеры со средними ВБОПами 8 и 8.5 поколений.

По ближайшему имеем 35 сМ общих и 8 сМ крупнейший УПС.

Могу доложиться, если интересно.

[Mich Glitch]

По САБЖ. Про конформизм.

Настоятельно рекомендую серьезные вопросы делегировать профессионалам.

В данном случае, оценки от ФТДНА - первичны.
А советы "околонаучной общественности" - вторичны.

[Farroukh]

Вы, скажем, имея деда и внука, советуете тестировать внука. Потому что "у него мутаций больше".

Если речь об игреке - то внука. Если необходимо разделить аутосомный вагон родни - то, естественно, деда.

"реликтовый гаплоблок".

Приставку "гапло-" к аутосомам лучше не использовать, т. к. они (в отличие от гаплогрупп) не передаются по прямой. Это Вы и без меня знали. Но новичок начнёт думать, что гаплогруппы "живут" не только на игреке/мито, но ещё и в иксах и прочих аутосомах и заподозрит недоброе


Повторю. Несмотря на Ваши пояснения. Не считаю своё мнение ошибочным. Человек нашёл трёх корешей, с которыми у него 5 поколений до общего предка. То есть это  пра(3)внуки, если верить легенде. Но система не выдаёт их друг другу как родню. Можно пуститься в долгие (и интересные) разъяснения о реликтовых аутосомных блоках. И если у троих корешей есть три одинаковые вставки неандертальских времён, то это никак не уточнит ни ВБОП, ни положение предка на древе. Или нет?

Поэтому на эти шумовые сМ можно не тратить калории. Это, конечно, если цели генеалогические. Если субъекта интересует именно что молекулярная биология, то это не сюда.

)Мне самому джедматч выдавал таких родственников, тысячи их! По факту, генеалогию сиё никак не прояснило. Говорю за себя(

[Farroukh]

Но. У разъяснений Михаила всё же есть толк. Однозначный и весомый. Всё это нужно знать, чтобы вопрошающий не озадачивался ложными идеями о "сбоях в джедматче", "заговоре рептилоидов против его ДНК", "доселе неизвестными случаями мутаций" и пр. х. и не трепал нервы себе и другим почём зря.

В этом смысле польза очевидна. И ответы заслуживают плюсования.
)Ставлю плюс и другим советую(