https://www.pnas.org/content/early/2020/05/20/1918034117Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic historySamantha Brunel, E. Andrew Bennett, Laurent Cardin, Damien Garraud, Hélène Barrand Emam, Alexandre Beylier, Bruno Boulestin, Fanny Chenal, Elsa Ciesielski, Fabien Convertini, Bernard Dedet, Stéphanie Desbrosse-Degobertiere, Sophie Desenne, Jerôme Dubouloz, Henri Duday, Gilles Escalon, Véronique Fabre, Eric Gailledrat, Muriel Gandelin, Yves Gleize, Sébastien Goepfert, Jean Guilaine, Lamys Hachem, Michael Ilett, François Lambach, Florent Maziere, Bertrand Perrin, Suzanne Plouin, Estelle Pinard, Ivan Praud, Isabelle Richard, Vincent Riquier, Réjane Roure, Benoit Sendra, Corinne Thevenet, Sandrine Thiol, Elisabeth Vauquelin, Luc Vergnaud, Thierry Grange, Eva-Maria Geigl and Melanie Pruvost
PNAS first published May 26, 2020
https://doi.org/10.1073/pnas.1918034117 Edited by Anne C. Stone, Arizona State University, Tempe, AZ, and approved April 9, 2020 (received for review November 8, 2019)
Significance
Using genomic data as well as paternal and maternal lineages from more than 200 individuals, including 58 low-coverage ancient genomes, we show the population structure from the Mesolithic to the Iron Age in France and trace the changing frequency of genotypes associated with phenotypic traits. Importantly, we also report the late persistence of Magdalenian-associated ancestry in hunter-gatherer populations, showing the presence of this ancestry beyond the Iberian Peninsula in the Late Paleolithic. This study complements the genomic history of western Europe for this broad period by supplying a large genetic transect of three regions of France.
Abstract
Genomic studies conducted on ancient individuals across Europe have revealed how migrations have contributed to its present genetic landscape, but the territory of present-day France has yet to be connected to the broader European picture. We generated a large dataset comprising the complete mitochondrial genomes, Y-chromosome markers, and genotypes of a number of nuclear loci of interest of 243 individuals sampled across present-day France over a period spanning 7,000 y, complemented with a partially overlapping dataset of 58 low-coverage genomes. This panel provides a high-resolution transect of the dynamics of maternal and paternal lineages in France as well as of autosomal genotypes. Parental lineages and genomic data both revealed demographic patterns in France for the Neolithic and Bronze Age transitions consistent with neighboring regions, first with a migration wave of Anatolian farmers followed by varying degrees of admixture with autochthonous hunter-gatherers, and then substantial gene flow from individuals deriving part of their ancestry from the Pontic steppe at the onset of the Bronze Age. Our data have also highlighted the persistence of Magdalenian-associated ancestry in hunter-gatherer populations outside of Spain and thus provide arguments for an expansion of these populations at the end of the Paleolithic Period more northerly than what has been described so far. Finally, no major demographic changes were detected during the transition between the Bronze and Iron Ages.
Значимость
Используя геномные данные, а также отцовскую и материнскую линии от более чем 200 особей, включая 58 слабо охваченных древних геномов, мы показываем структуру популяции от мезолита до железного века во Франции и прослеживаем изменение частоты генотипов, связанных с фенотипическими признаками. Важно отметить, что мы также сообщаем о позднем сохранении мадленского генетического компонента в популяциях охотников-собирателей, показывая присутствие этой предковой группы за пределами Пиренейского полуострова в позднем палеолите. Это исследование дополняет геномную историю Западной Европы за этот обширный период, поставляя большой генетический разрез трех регионов Франции.
Резюме
Геномные исследования древних особей, проведенные по всей Европе, показали, какой вклад внесли миграционные процессы в ее современный генетический ландшафт, однако территория современной Франции еще не увязана с более широкой европейской картиной. Мы создали большой набор данных, включающий полные митохондриальные геномы, Y-хромосомные маркеры и генотипы ряда представляющих интерес ядерных локусов 243 особей, отобранных на территории современной Франции за период, охватывающий 7000 лет, и дополненный частично перекрывающимся набором данных по 58 малоохватным геномам. Эта группа представляет собой разрез с высоким разрешением, отражающий динамику материнской и отцовской линий во Франции, а также аутосомных генотипов. Родительские линии и геномные данные выявили демографические закономерности во Франции для переходов неолита и бронзового века, согласующихся с соседними регионами, сначала с миграционной волной анатолийских земледельцев, затем с различной степенью примеси с автохтонными охотниками-собирателями, а затем с существенным потоком генов от особей, получивших часть своего генофонда из понтийской степи на заре бронзового века. Наши данные также указывают на сохранение мадленского генетического компонента в популяциях охотников-собирателей за пределами Испании и, таким образом, дают аргументы в пользу экспансии этих популяций в конце палеолита более северным путем, чем это было описано до сих пор. Наконец, не было обнаружено никаких серьезных демографических изменений во время перехода между Бронзовым и Железным веками.
Переведено с помощью
www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)