FTDNA Y-STR genetic distance

[Mich Glitch]

Ещё немного истории. Тоже, относяееся где-то к 2007-2010 году.
Тогда уже была формула (о формулах позже), которую хочет вытащить Фаррух, но господин Клёсов, который тоже чужд математики (иными словами, по складу ума, - чистый гуманитарий; хоть и химик в прошлой жизни) возвестил, что и так несложное (относительно) выражение можно заменить на ещё более простую формулу "кинетики второго порядка".

[Mich Glitch]

Сознательно разбиваю нить повествования на короткие смысловые чанки.

[Mich Glitch]

Тот же Клёсов в своём Катехизисе так же голословно заявил, что попарных сравнений быть не можно.

То есть, сначала из пальца взяли высосали подходы. А потом стали обильно блевать академической мудростью.

Можно согласиться с кучей оговорок с предлагаемой филогенией на уровне топологии.

Оговорки следующие:

1. Используемый Клёсовым пакет PHYLIP - вещь признанная и себя зарекомендовавшая. Консенсусно. На уровне аксиоматики. То есть, предполагается, что она как бы верная.

2. На каждый клёсовский гребешок - стоит добавлять. Что это гипотеза. Одна из многих. И уточнять, что гипотеза - не суть доказательства. Наоборот, гипотеза сама в доказательствах нуждается.

[Mich Glitch]

Немного забегу вперёд. Начну как бы с конца. Поясню, к чему вся эта моя болтовня?

Для меня очевидно, что составление табличек и поиск очередной описательной формулы (что такое описательная формула, расскажу позже) - это ерунда. Чушь собачья. Траты времени.

Хочу эту очевидность донести и до других. Со всей приязнью к собеседнику. И убедительно мотивировкой.

[Mich Glitch]

Прежде всего спросим себя зачем?
Зачем таблички?
Зачем формулы?
Что мы хотим получить? Каким образом?

Ответ вроде бы очевиден - нам нужны ВБОПы.

Да. Нужны.

Но вот теперь главная ложка дёгтя.
ВБОПы с кумулятивным доверительным интервалом в единицы процентов методом попарных сравнений можно оценить (оценить! не вычислить! вдумайтесь в эту семантическую разницу) для ГД 0.1. Максимум, где-то 0.15.

Собственно, это то, что Клёсов имел в виду.

[Mich Glitch]

Памятуя о том, что иной раз собеседник может не знать вещи, казалось бы, банальные и очевидные, напомню, что такое ГД 0.1.

Это генетическая дистанция в 10%.

То есть, если у нас есть 111 маркерный гаплотип, то 11 маркеров двух сравниваемых персон отличаются. На сколько одношаговых мутаций отличаются - не важно.

[Mich Glitch]

То есть, мы имеем зону применения попарного определения ВБОПов по СТРам где-то на глубину 25-30 поколений.

ФТДНА идёт от обратного. Не от генетических разниц. А от ВБОПов.
И закладывает наиболее дальний интервал в 24 поколения.

[Mich Glitch]

Опять спросим зачем?

Область практического применения - очень узка.

Для кроссплатформенного сравнения. То есть для сравнения результатов двух разных лабораторий.

Случай достаточно редкий. Львиная доля игрек СТР коммерческих гаплотипов - родом из ФТДНА.

[Mich Glitch]

Теперь главный тезис. (Его ещё обосную ниже.)

Если оба результата от ФТДНА - то самое разумное, использовать временные оценки от ФТДНА же.

[Mich Glitch]

Не забываем про опцию трансфера данных в базу ФТДНА. Увы, сейчас она платная.

Если имеем какие-нибудь коротенькие эрзац гаплотипы из местечковых компаний,то надо понимать, что результаты по ним будут никакие.

Для никаких результатов - прекрасно сгодятся никакие формулы и никакие таблички.

[Mich Glitch]

Если нас интересуют дальние интервалы, то про СТРы вообще лучше забыть.

Переходим к снипам и к скудному выбору инструментов.
Либо блок-схема от ФТДНА на глубину до 30 поколений (вроде работают над её углублением и повышением точности).
Либо ИгрекФулл.

[Mich Glitch]

Соображение общего плана.

Мы все тут с высшим образованием. То есть, мы все тут люди образованные.

Многие из нас брали курсы математического анализа и крепко завязанных на математику дисциплин.

Это преамбула. Для того, чтобы объяснить, что такое конформистский подход. Что такое профессиональное - профессионалам.

Допустим, у вас был курс сопромата. Это не значит, что вы возьмёте и с ходу просчитаете балку.
Или поползаете в интернете и потом просчитаете балку.
А ведь учились.   

Или же были курсы по приводам. А сейчас, бац! и матричные расчёты с ходу сделаете.

Или гироскопы, там, изучали. Опля, немножечко почитали и выдали цепочку выкладок.

Свёртка Фурье. Или z-преобразования 8 порядка. Или числовой анализ (отсюда, кстати, описательные формулы, т.е. пртблизительная формула, которая лучше всего описывает конкретную функцию).

За исключением сопромата, перечислил только то, что учил, зубрил, сдавал и... напрочь забыл.   

Гну к тому, что ВБОПы - это не просто, как таблица умножения. Нужны специальные знания, математические инструменты и опыт.
За неимением других узкопрофильных специалистов, будем полагаться на ФТДНА.

Ну, а сами займёмся чем-то более лёгким и приятным.

[Mich Glitch]

К слову сказать, кого интересуют расчёты на коленке по формуле Уолша, могу подарить готовую утилитку.
Это день вчерашний. Это отброшено. Но если душа просит...   

Будет вам такое вот счастье (создал пример для ГД 10 на 111-маркерных гаплотипах):

[Mich Glitch]

[Mich Glitch]

Вышестоящая картинка, в переводе на русский, говорит:

Наиболее вероятный ВБОП расположен на глубине где-то 37 переходных событий.
Правда эта наибольшая вероятность составляет всего около 3%.