Y-STR филогения, скорость мутаций и их корреляция с генеалогией

[Yaroslav]

Все таки корректировка скоростей мутаций должна проводится по таким популяцим как исландцы, у которых  (изолированным положением, исключительно малым смешиванием с "чужеродным элементом", массовым тестированием и столь же глубокой родословной, как и у Рюриковичи). Кроме того, размер популяции достаточен для реконструкций (320 000 человек).Для исландца в принципе нет пробем проследить свою родословную по церковным документам до 14 века, а дальше по историческим источникам вплоть до эпохи заселения.

Да, Исландия для этого идеальна. Хотя там не всё идёт гладко.

Iceland's DNA: The world's most precious genes?

Iceland's record of low immigration and its genealogical records going back 1,000 years make it a paradise for geneticists. A third or more of the population has already donated a DNA sample - but a new push to increase that figure is meeting some resistance.

http://www.bbc.com/news/magazine-27903831

[Шад]

Из другой темы, но сформулирована проблема адекватности средней скорости мутации...

Но одну из причин, скрытых мотиваций высосанного из пальца конфликта указать можно. Это прежде всего - узкая специализация самого Клесова. Если выражаться точно, математически, то то чем он занимается - это описание марковского процесса на истинном дереве через "среднюю скорость" мутирования признаков. В науке не совсем понятно, насколько это адекватно, всегда ли такие "средние эволюционные скорости" можно вывести, одинаковы ли они на всех ветвях любого дерева построенного по рассматриваемым признакам (даже если семейные одинаковы были всегда и везде!), и какие типы событий в прошлом позволяют такие скорости вычислить, а какие - нет. Животовский в своей статье 2004 года оставлял бОльшую часть перечисленных вопросов за бортом, просто упоминал, что причины проблемы - такого-то типа могут быть, в то время как для филогенистов в основном подобное сужение темы неприемлемо, вопрос ставится с самого начала - и искать дерево, и симулировать/моделировать типы событий на нем. Таким образом, Клесов искусственно отождествил всю науку с очень малой ее частью - той частью, где ему квалификация позволяла, и то с помощью Адамова, читать публикуемые работы. Если чего-то мэтр не понимает - это к делу не относится, конечно! Тут уже можно спекулировать на тему как на это влияла энзимологическая специализация мэтра, но спекуляции дело неблагодарное, важно только то что клесология как предмет  не покрывает круг вопросов могущих интересовать генеалогов даже в пределах У-темы.

[Inal.Gagloyon]

Прошу прощения, а разве средние скорости начал первый использовать Клесов?

1.0 × 10*-9 из Human Y chromosome base-substitution mutation rate Xue Y, Wang Q et al. - разве не тоже самое?

И если да, то почему бы просто не использовать, как среднее значение по больнице в общем [от малых до больших], так и среднее значение среди низких скоростей мутации?

И что насчет autosomal rate у Mendez et al [ http://www.investigativegenetics.com/content/5/1/12 ]?

[Valery]

Конечно нет, а то ж )) Если есть случайная величина, то (как правило) и среднее значение осмыслено. Вопрос конкретнее: мы правда ВСЕГДА можем найти некое значение эволюц. скорости которое можно использовать всегда и везде, получая вменяемый результат, или нет?

1) можем, и из скорости узнаем TMRCA (сначала деньги потом стулья)
2) нет; скажем есть дерево, и возраста ветвей определили каким-то иным сложным образом (например байесовским), и дальше получаем скорость исходя из известного теперь нам возраста и числа мутаций.  (сначала стулья потом деньги)

Анатолий - адепт первого подхода, который выглядит заманчиво (все что упрощает - заманчиво) но круто стоит рогами против объективной вероятностной картины мутирования.

[Inal.Gagloyon]

Теперь понятно, спасибо.

А что в таком случае Вы думаете о позиции Mendez, который считает только аутосомную скорость за правильную? Это тоже выкидывать?

И еще, кто вообще применяет озвученный Вами второй метод среди популяционных генетиков?

[Valery]

Статьи последних лет с использованием beast - вполне в этой струе. Про Mendez в плане того что аутосомные скорости лучше принципиально - ничего не скажу, ну рано что-то говорить. кмк

[Inal.Gagloyon]

Спасибо.

[Inal.Gagloyon]

Думаю будет в тему, интересная статья:

Phylogenetic Relationships

TR Disotell

* http://libgen.asia/a460469e8d15ee291bd7a5c8fb0d06ea/disotell2013.pdf

[Farroukh]

Беседа, начиная с этого сообщения, заслуживает быть вынесенной в раздел Скорости мутаций
 и объединена с темой Y-STR филогения, скорость мутаций и их корреляция с генеалогией

Вам не попадались ещё какие-нибудь расчёты скорости, основанные именно на генеалогиях с известной длиной поколения? Я, к сожалению, последние годы за новыми публикациями почти не следил.

К сожалению, таких статей (там где про y-SNP, а не Y-STR) мне не попадалось. Можно было бы провести основное снипование ветвей клана МакДональдов.

(Из скромности отмечу, что мною был исследован клан Колхаун-Килпатрик, и по результатам на 36 поколений приходилось 8 снипов.

[Сергей Ивановский]

Спасибо Виталий и Фаррух за расчеты! Был в отъезде, только увидел. Амореи интересная версия!
Тем более я сейчас почитал форум про ассирийские J1: http://forum.molgen.org/index.php/topic,7788.45.html
И наткнулся на ответ № 47 Ярослава:
"В ассирийском проекте под P58 3 гаплотипа: 126693 Saba (Unknown Origin), 106462 Faris (Lebanon) и 88122 Joseph (Lebanon).

У 88122 Joseph (Lebanon) всего 12 маркёров, непонятно на какой он ветви. DYS388=16.

У 126693 Saba (Unknown Origin) всего 37 маркёров. Случай интересный. В проекте J1 он находится в L816 Unclustered (67-marker or higher STR upgrade required). В Семаргле приближенцы одни евреи, вот первая пятёрка:

0   J-L147, Semitic group   126693   Saba
6   J1-Unknown   4378   Grossman
6   J1c3-P58+, South-West Asian large group   162752   Miller
7   J1-Unknown   142589   Фамилия неизвестна, предок - Baruch Helfand/Gelfand
7   J1-Unknown   153613   Belling
7   J1c3-P58+, South-West Asian large group   4RBDD   Givner

Но дерево Семаргла показывает общего предка с ними чуть ли не в 5000 лет назад.

Чем-то напоминает случай отца уважаемой Kanaday."

Дальше еще ответ 54 Ярослава:

"Всё время забывал написать здесь. Как-то в начале апреля этого года зашёл разговор в фб группе J1 по поводу ассирийцев. Конкретно о тех, большинство из которых находятся в CTS1460 Cluster E в таблице проекта J1. Виктар подсчитал их ВБОП, получилось 1496±216 yBP. А это получается приблизительно период Сасанидов и Халифата для тех мест.

По поводу тех, кто в ассирийском проекте является J1-P58, сообщил следующее:

Цитировать
That's the problem with such projects, anyone can join.

126693 (Saba) is Jewish J-S4946.
106462 (Faris) is Levantine J-PF4872.
217108(Alp) is likely Arabian J-FGC1721.
215964 (Hovanesian) is Armenian J-FGC15940.
Don't know about 346281 and 88122. I think 88122 is Kurdish."

Вот этот Saba не может быть все-таки L818, хоть и отнесен позже к J-S4946?

Если может, то аморейский/ассирийский вариант происхождения L818 как минимум достоин пристального рассмотрения.

[Farroukh]

Судя по фамилиям, Саба - из сабиев (сиро-арамеи), Алп - турок (или из Турции)