АвторТема: FTDNA Y-STR genetic distance  (Прочитано 2619 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
FTDNA Y-STR genetic distance
« : 16 Апрель 2020, 06:24:32 »
Интересное дело. Есть два гаплотипа:
144638    13 24 15 10 17-17 11 12 11 13 11 31
BP20868 13 24 13 10 17-17 11 12 11 13 11 31

Разница в DYS19=2. Однако система выдаёт их друг другу как YDNA match GD=1

 ???

Написал в поддержку.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #1 : 18 Апрель 2020, 09:50:56 »
Краткий смысл комментария от ФТДНА:
В отличие от пошаговой модели, используемой для большинства других Y-STR, мутации в DYS19 рассчитываются с использованием модели бесконечного аллеля, поскольку он в ряде случаев бывает мультикопийным (палиндром). Поэтому, при расчёте дистанции (GD)  при фактической ненулевой разности ей всегда присваивается значение 1.

Короче говоря. Если у обоих гаплотипов DYS19 равны, то GD=0. Если неравны, то GD=1.

Про подсчёт мутаций в палиндромах

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #2 : 18 Апрель 2020, 13:28:32 »
Кратко про подсчёт мутаций в DYS464.

Ситуация 1: у обоих по 4 копии и все значения равны
DYS464 = 14-15-16-18
DYS464 = 14-15-16-18
...то GD=0

Ситуация 2: у обоих по 4 копии, но значения отличаются
DYS464 = 14-15-16-17
DYS464 = 14-15-16-19
...то GD=1 независимо от разницы в значениях

Ситуация 3: у одного 4 копии, у второго 6 копий, значения могут быть равными или отличаться
DYS464 = 14-15-16-18
DYS464 = 14-15-16-18-18-19
...то GD=2 независимо от разницы в значениях

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2398
  • Рейтинг +758/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #3 : 19 Апрель 2020, 01:41:19 »
Краткий смысл комментария от ФТДНА:
В отличие от пошаговой модели, используемой для большинства других Y-STR, мутации в DYS19 рассчитываются с использованием модели бесконечного аллеля, поскольку он в ряде случаев бывает мультикопийным (палиндром). Поэтому, при расчёте дистанции (GD)  при фактической ненулевой разности ей всегда присваивается значение 1.

Короче говоря. Если у обоих гаплотипов DYS19 равны, то GD=0. Если неравны, то GD=1.

Про подсчёт мутаций в палиндромах
YFull также использует для оценки генетической дистанции IAM (Infinite Allele Model).

Оффлайн ilpo

  • Сообщений: 41
  • Страна: fi
  • Рейтинг +9/-0
  • Y-ДНК: N-NY68373
  • мтДНК: U8a1a1b1c
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #4 : 13 Июль 2020, 02:27:25 »
Хороший вопрос. Я также задавался вопросом о тех 13-15 и 13-15-17 типах фигур. Как рассчитать GD из них. Нужно знать больше об информации ДНК.  :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #5 : 13 Июль 2020, 03:48:06 »
Хороший вопрос. Я также задавался вопросом о тех 13-15 и 13-15-17 типах фигур. Как рассчитать GD из них. Нужно знать больше об информации ДНК.  :)

ГД в Вашем примере - 1.


:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #6 : 13 Июль 2020, 03:53:26 »
Смысл использования методов бесконечных аллелей следующий.

1. С одной стороны, вероятность одношаговых мутаций действительно выше.

2. С другой стороны, если на среднем, или длинном гаплотипе, скажем, отличается один маркер на несколько одношаговых мутаций, то велика вероятность того, что эта многошаговая мутация произошла за один присест.

3. Если количество отличных маркеров двух сравниваемых гаплотипов велико, то в принципе неважно, если мы считаем только отличные маркеры. (Этот вопрос самый спорный. Но доказательства есть.)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #7 : 13 Июль 2020, 03:54:59 »
При рассмотрении снипов зачастую имеем чисто бинарные модели.
То есть, считаем отличные маркеры.
То есть, тоже используем метод бесконечных аллелей.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #8 : 13 Июль 2020, 04:00:59 »
Коль скоро, метод бесконечных аллелей попал в фокус внимания только сейчас, может есть смысл вспомнить и об индивидуальной частоте мутаций по каждому маркеру? 

:o


Не имеем ли мы попыток составления очередной таблички расчётов ВБОПов по ГД?
Зря. Очень зря.

:)

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #9 : 13 Июль 2020, 05:00:15 »
Как мне теперь видится, для генеалогических целей оценки ВБОП по Y-STR независимо от метода расчёта также будут носить вероятностно-доверительный характер и наша любая рекомендация будет оканчиваться советом про апгрейд до BigY70/Yfull.

Это, опять же, если речь о генеалогии.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #10 : 13 Июль 2020, 05:51:23 »
Это речь про метод бесконечных аллелей.   

Как говорится, лучше поздно (узнать), чем никогда.       :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #11 : 13 Июль 2020, 05:52:33 »
Что до оценок. Именно по СТРам. То берём оценки от ФТДНА и не умничаем.     ;D


Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #12 : 13 Июль 2020, 06:55:15 »
Да, в общем так. У них эта зависимость представлена графиком в учебном центре (Learning center).

Где-то на форуме я вешал формулу расчёта. Найду, конвертирую в человеческий табличный формат

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #13 : 13 Июль 2020, 07:32:56 »
Стоп. Формула расчёта ВБОП в поколениях останется той же. Но способ подсчёта числа мутаций изменится для DYS19, DYS464.
Также не забываем про  разность DYS389-I и II.

Иными словами берём GD  от FTDNA.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3759/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA Y-STR genetic distance
« Ответ #14 : 13 Июль 2020, 17:15:17 »
Когда появились первые калькуляторы (сайты давно сдохли, но я себе посохранял скрипты), на них на всех были опции метода выбора бесконечных аллелей (обычно стояла по умолчанию), или пошаговых мутаций.
Я просто подивился, что не обращали так долго на это внимания.

Но не буду очередной раз препираться. Не обращали, и не обращали. Знания бесконечны. Жизнь коротка. Простительно и что-то важное прошляпить.

Эти реверансы тут для того, что собрался на несколько сообщений повитийствовать. Но не хочу, чтобы кто-то капризно топнув ножкой, опять всё в Беседку смёл.


:)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.