Смысл использования методов бесконечных аллелей следующий.
1. С одной стороны, вероятность одношаговых мутаций действительно выше.
2. С другой стороны, если на среднем, или длинном гаплотипе, скажем, отличается один маркер на несколько одношаговых мутаций, то велика вероятность того, что эта многошаговая мутация произошла за один присест.
3. Если количество отличных маркеров двух сравниваемых гаплотипов велико, то в принципе неважно, если мы считаем только отличные маркеры. (Этот вопрос самый спорный. Но доказательства есть.)