Привет, соратники!
Вдохновленный деятельностью уважаемого
ТК по созданию карт таксономического разнообразия, я решил внести свой вклад и забабахал набор модулей на Python для автоматического построения этих самых карт.
Репозиторий:
https://github.com/Daemon2017/yMapperПримеры живых карт:
https://daemon2017.github.io/yMapper/Сокращенная копипаста из README
yMapper - это программа, позволяющая в автоматическом режиме строить карты таксономического разнообразия выбранного Y-SNP. Результатом работы кода является топографическая карта Stamen, на которую нанесен слой с сеткой из шестиугольных ячеек, при наведении на любую из которых появляется всплывающая подсказка, содержащая информацию о том, какие именно подветви выбранного Y-SNP присутствуют в ней присутствуют. Также, используется зрительное отражение уровня таксономического разнообразия: чем оно выше, тем ниже прозрачность ячейки, а те из них, в которых наблюдается наибольшее разнообразие подветвей, подсвечиваются градиентным ореолом. Карта может состоять из множества слоев с различными размерами ячеек, что позволяет отражать сведения о разнообразии подветвей в различных приближениях.
Ниже приведен пример карты таксономического разнообразия SNP R-CTS1211, построенной с помощью yMapper, а на живые карты Вы можете взглянуть здесь.
Для чего всё это?
Существует 2 критерия, по которым можно предсказать область происхождения Y-SNP, а значит и всей генетической популяции, являющейся его носителем:
* критерий частоты - SNP образовался в том регионе, в котором он встречается чаще всего;
* критерий разнообразия - SNP образовался в том регионе, где наблюдается наибольшее разнообразие его подветвей.
Таким образом, данная программа позволяет строить наглядные карты по критерию разнообразия, которые могут быть использованы в определении области происхождения того или иного SNP.
Благодарности
Хочу поблагодарить форумчанина TK за то, что он объяснил мне основные тонкости построения карт таксономического разнообразия: спасибище и низкий поклон - дело, начатое Вами, дало мне заряд на многие вечера и ночи!