Компания Nebula Genomics

[ETOBOG]

Образцы Nebula загружаются на Yfull в T2T формате. Полагаю, что обработка проходит на стороне Yfull. Но длина покрытия заметно меньше, чем те образцы которые я загружаю. Интересно с чем это связано.

У меня давно был залит полный геном от Небулы на Yfull, недавно доплатил Yfull`у и он скачал геном Небулы и сам его обработал в формат T2T

[julliap]

Всем добрый день. Я сделала Whole Genome Sequencing в Nebula.
Они предлагают скачать результаты в следующих форматах: VCF, CRAM, FASTQ
Какие есть сервисы или программы, с помощью которых можно интерпретировать эти данные?
Promethease их не принимает. Интересуют как генеалогические, так и медицинские данные.

[julliap]

Вам нужно установить на компьютер wgse, запустить анализ cram файла и выжимки аутосом залить на ftdna, myheritage (с vpn), gedmatch - там будут десятки родственников 3-5 кузены и сотни в 5+ поколениях от вас.

а где можно скачать wgse?

[Georg]

Вам нужно установить на компьютер wgse, запустить анализ cram файла и выжимки аутосом залить на ftdna, myheritage (с vpn), gedmatch - там будут десятки родственников 3-5 кузены и сотни в 5+ поколениях от вас.

а где можно скачать wgse?

https://wgsextract.github.io/
Лучше, пожалуй, beta
Экспорт в разные форматы, в том числе ancestry, 23andme. Но насчёт совместимости надо экспериментировать, нет гарантии, что сервисы это примут.

Насчёт медицинских данных - большинство ресурсов анализируют это за деньги. Но при наличии подписки nebula, вы и так можете посмотреть отчёты по ключевым рискам

[Древ]

Всем добрый день. Я сделала Whole Genome Sequencing в Nebula.
Они предлагают скачать результаты в следующих форматах: VCF, CRAM, FASTQ
Какие есть сервисы или программы, с помощью которых можно интерпретировать эти данные?
Promethease их не принимает. Интересуют как генеалогические, так и медицинские данные.

https://www.familytreedna.com/ заливка платная
https://www.myheritage.com/ строго под ВПН и нигде не указывать что РФ
https://www.genotek.ru/
https://www.gedmatch.com/

Ещё можно поразвлекаться https://mytrueancestry.com/ (можно бесплатно)

[Penny]

Всем добрый день. Я сделала Whole Genome Sequencing в Nebula.
Они предлагают скачать результаты в следующих форматах: VCF, CRAM, FASTQ
Какие есть сервисы или программы, с помощью которых можно интерпретировать эти данные?
Promethease их не принимает. Интересуют как генеалогические, так и медицинские данные.

https://www.familytreedna.com/ заливка платная
https://www.myheritage.com/ строго под ВПН и нигде не указывать что РФ
https://www.genotek.ru/
https://www.gedmatch.com/

Ещё можно поразвлекаться https://mytrueancestry.com/ (можно бесплатно)

FTDNA ведь бесплатная была. Разве изменили?

[Древ]

FTDNA ведь бесплатная была. Разве изменили?

Есть тест не у них делался, то заливка платная. 15 баксов, по-моему

[Penny]

FTDNA ведь бесплатная была. Разве изменили?

Есть тест не у них делался, то заливка платная. 15 баксов, по-моему

Я бесплатно заливала со сторонней лаборатории неск. месяцев назад. Вряд ли цена могла подскочить с 0 до 15.

[AleksG]

FTDNA ведь бесплатная была. Разве изменили?

Есть тест не у них делался, то заливка платная. 15 баксов, по-моему

Ну не путайте, денег там хотят только за unlock Origin

[julliap]

Всем добрый день. Я сделала Whole Genome Sequencing в Nebula.
Они предлагают скачать результаты в следующих форматах: VCF, CRAM, FASTQ
Какие есть сервисы или программы, с помощью которых можно интерпретировать эти данные?
Promethease их не принимает. Интересуют как генеалогические, так и медицинские данные.

https://www.familytreedna.com/ заливка платная
https://www.myheritage.com/ строго под ВПН и нигде не указывать что РФ
https://www.genotek.ru/
https://www.gedmatch.com/

Ещё можно поразвлекаться https://mytrueancestry.com/ (можно бесплатно)

Я уже до этого делала тест в 23andMe, скачала и залила на все эти ресурсы 
Меня сейчас интересует, какие преимущества даст полногеномный тест. Можно для интереса сгенерировать файл, еще раз залить и посмотреть будут ли различия.

Да, .familytreedna дает возможность залить бесплатно и посмотреть мэтчи, платная расшифровка происхождения.

На YFull я тоже залила, YF115579
Что дальше делать с этими циферками, не очень понимаю 

    Haplogroup   Selected SNP   Known SNP   Novels   Unrounded
age (ybp)   Rounded age (ybp)   Age by all samples (ybp)
− H5a1a11   2   0   2   5370   5400 (50-18600)   1300 (600-2500)
− H5a1a   4   2   2   10680   10700 (2700-26600)   3500 (2900-4200)
− H5a1   5   3   2   13334   13300 (2700-29300)   5200 (4700-5700)
− H5a   6   4   2   15989   16000 (5400-34600)   7300 (6200-8600)
− H5   7   5   2   18644   18600 (5400-37200)   9300 (8500-10200)
− H5'36

[Farroukh]

Для женщины, уже сделавшей тест в 23&me, полногеномное исследование в генеалогическом смысле уже малоинформативно.
23&me выдают вполне полновесный аутосомный пакет вместе с мито-гаплогруппой верхнего уровня. Как дополнение, Вы можете выяснить более глубокую ветвь мито-гаплогруппы, а также получить новые пересечения по X-хромосоме

[julliap]

Для женщины, уже сделавшей тест в 23&me, полногеномное исследование в генеалогическом смысле уже малоинформативно.
23&me выдают вполне полновесный аутосомный пакет вместе с мито-гаплогруппой верхнего уровня. Как дополнение, Вы можете выяснить более глубокую ветвь мито-гаплогруппы, а также получить новые пересечения по X-хромосоме

Я главным образом делала полный геном для медицинской информации, а генеалогия приятный бонус.
У меня получился вот такой список мэтчей https://www.yfull.com/mtree/H5a1a11/
Там есть опция написать им?

[Farroukh]

Да, им можно написать из личного кабинета. Имя получателя соответствует его Yfull ID.

[gecube_ru]

Внимательно почитал условия на сайте небула

Samples that are not submitted within 6 months of the time of purchase will not be sequenced. Failure to submit your sample within 6 months of purchase does not constitute grounds for refund or replacement of collection kit.

это закрывает любую возможность для покупки китов впрок. Купил - надо сразу использовать !!!!!

[Lesla]

Просьба к модерации создать отдельную тему  для обсуждения результатов Mchernis1.

https://forum.molgen.org/index.php/topic,15668.msg604094.html#msg604094