Компания Nebula Genomics

[Georg]

Удалось скачать только программой wget     с опцией локачки --continue
Ссылка на файл через некоторое время меняется и докачкку надо перезапускать с новой ссылкой.

я конечно немного могу в скрипты, но где можно поправить с этой опцией самому - в bwa-kit-gen-ref.sh?
в  get_and_process_refgenome.sh вроде не то

Решено - загрузил с помощью Library.bat с ручным выбором нужной сборки

[forbid]

wget -O- http://sou...   в скрипте после О по моему минус лишний

с опцией продолжения раннее скачанного будет так
wget -O -с http://sou...

Я запускал вечером ,возможно при смене суток на севере Небулы ссылка устаревает, на следующий день продолжал докачку с новой ссылкой на файл.

[Saken]

Снова скидки у Небулы. Конечная цена вместе с мин. подпиской выходит 253.97USD. По цене это выходит чуть дороже чем у Данте, где 199EUR по текущему курсу ~211USD.
Лично вижу следующие плюсы Nebula Genomics по сравнению с Данте Лабз.
+1. Сырые увесистые данные бам и fastq, пока что, доступны на закачку даже без подписки, у Данте только 30дней максимум, и после только по подписке. Bronze подписка 4.99EUR в месяц, Silver 19.99EUR в месяц.
+1. Чаще выдают куда больше 90гигабейзов. Редко вижу ниже 105гигабейзов, по цене на 1 гигабейз Данте стоит почти также как и Небула.
+1. Бам в 38 реферансе, у Данте все еще 19 реферанс по умолчанию. Решается выравнивания на 38 реф. через платные сервисы, у Данте 29EUR, YSEQ 25USD, или бесплатно своими руками сделать.
+1. Быстрый трансфер на YFull через личный кабинет. Для новичков это огромный плюс, не нужно гигабайты данных скачивать и потом через командную строку UNIX или WGSExtract вырезать нужные файлы.
+1. Медицинские отчеты. В Данте Лабз всего 4 стандартных отчета, - The Wellness and Lifestyle Report, Health and Disease Risk Report, Dante Fitness Report и Dante Nutrigenetic Report. В Nebula Genomics количество отчетов несколько сотен. Себе делал тест Небулы в 2020, и у меня 240 скачанных отчетов. Сейчас наверное и того больше.

В сухом остатке, оба сервиса хороши. Вам, покупателям, самим решать что для вас важнее и полезнее. О приемуществах полногеномных тестов над BigY700 было много раз написано, и повторятся здесь не буду. Каждый сам решит для себя куда тратить свои денежные средства.

[Val_Metov]

По Nebula стоит добавить, что в теории, возможно получится не платить за подписку. Работает не всегда.
Что для этого нужно?
1. Оплачивать с карты на которой не будет средств к моменту готовности теста. Задача не простая, как минимум не актуально для большинства жителей РФ. Выяснить заранее когда именно будет готов тест невозможно, поэтому лучше выделить отдельную карту, конкретно для этих целей. После оплаты карта привязывается к аккаунту, отвязать сами не получится.
2. Когда придет письмо счастья, your report is ready, надо максимально оперативно зайти в аккаунт и нажать на кнопку отправить данные на Yfull. После этого данные уже попадут на Yfull а cram и fasq будут доступны для скачивания. Иногда и платные отчеты доступны иногда нет.
3. Эта "фишка" работала с тестами купленными в период, когда можно было купить мин подписку на 1 месяц 20$, не факт, что с другими вариантами будет работать.
4. Иногда письмо о блокировке аккаунта (возможности отправить данные на Yfull и скачать) приходит моментально. Бывает люфт час+-. Рекорд почти сутки.

Закладываться, что у вас получится не заплатить может и не стоит, но иметь в виду надо. В любом случае вы разбиваете сумму на 2 платежа. Сам тест + подписка, что уже не плохо. Другое дело, что курс доллара штука непредсказуемая. Непонятно какой курс будет к моменту готовности теста.

[Val_Metov]

Снова скидки у Небулы. Конечная цена вместе с мин. подпиской выходит 253.97USD. По цене это выходит чуть дороже чем у Данте, где 199EUR по текущему курсу ~211USD.
Лично вижу следующие плюсы Nebula Genomics по сравнению с Данте Лабз.
+1. Сырые увесистые данные бам и fastq, пока что, доступны на закачку даже без подписки, у Данте только 30дней максимум, и после только по подписке. Bronze подписка 4.99EUR в месяц, Silver 19.99EUR в месяц.
+1. Чаще выдают куда больше 90гигабейзов. Редко вижу ниже 105гигабейзов, по цене на 1 гигабейз Данте стоит почти также как и Небула.
+1. Бам в 38 реферансе, у Данте все еще 19 реферанс по умолчанию. Решается выравнивания на 38 реф. через платные сервисы, у Данте 29EUR, YSEQ 25USD, или бесплатно своими руками сделать.
+1. Быстрый трансфер на YFull через личный кабинет. Для новичков это огромный плюс, не нужно гигабайты данных скачивать и потом через командную строку UNIX или WGSExtract вырезать нужные файлы.
+1. Медицинские отчеты. В Данте Лабз всего 4 стандартных отчета, - The Wellness and Lifestyle Report, Health and Disease Risk Report, Dante Fitness Report и Dante Nutrigenetic Report. В Nebula Genomics количество отчетов несколько сотен. Себе делал тест Небулы в 2020, и у меня 240 скачанных отчетов. Сейчас наверное и того больше.

В сухом остатке, оба сервиса хороши. Вам, покупателям, самим решать что для вас важнее и полезнее. О приемуществах полногеномных тестов над BigY700 было много раз написано, и повторятся здесь не буду. Каждый сам решит для себя куда тратить свои денежные средства.

С точки зрения генеалогии 10x+ покрытие Y вполне хороший результат. Перфекционизм не всегда оптимальный путь. С точки зрения скорости я соотношения цена\качество я бы выбрал Данте, сейчас, но не Итальянский а американский вариант.
Правда у меня проблемы иногда случаются с забором крови. 3 набора испортил. Выслали мне другие.

Но опять так надо учитывать вопрос с пересборкой генома итд.
Около 30+ тестов полногеномных обработал. Кроме WGS400 YSEQ все остальное в принципе годные продукты и уж точно превосходят FTDNA BIgY. Правда пишут, что FTDNA закупает Pacbio секвенаторы с ультрадлинными прочтениями. Есть версия, что они на Dante тренируются. Было бы конечно шикарно, если бы FTDNA вышли с хорошими ценами на рынок WGS. 

[Georg]

С точки зрения генеалогии 10x+ покрытие Y вполне хороший результат. .

Последнее время nebula делают 40х прочтение на весь геном и 20х Y при заявленном 30/15х.

[Semargl]

+1. Быстрый трансфер на YFull через личный кабинет. Для новичков это огромный плюс, не нужно гигабайты данных скачивать и потом через командную строку UNIX или WGSExtract вырезать нужные файлы.

Поделюсь секретом, правда я думал что все его знают
Есть официальный автоматический трансфер данных с Данте в YFull. Проблема только в том, что IT Данте не допилили создание кнопки трансфера и теперь у них через одно место.
Надо написать в саппорт и попросить ссылку для трансфера в YFull. Через некоторое время они присылают письмо с файлом PDF, в котором ссылка, при нажатии на которую в YFull передаются автоматически Y+mtDNA.
Причем вроде там даже скидка за автоматическую передачу данных, но точно не помню.

С YSEQ тоже все переносится автоматом, без загрузки больших файлов.

[Semargl]

Для себя я наверное так бы расставил приоритеты:
1) Данте (только кровь)
2) Небула
3) YSEQ (не WGS400!)
и с большим отрывом далеко далеко ниже - BigY.

У YSEQ правда есть свой небольшой плюс перед другими - делают файлик с аутосомами, который можно загрузить в фтдна, гедматч и тп. Но сделать такой файл самостоятельно, при минимальном желании, не составит труда.

[Val_Metov]

Для себя я наверное так бы расставил приоритеты:
1) Данте (только кровь)
2) Небула
3) YSEQ (не WGS400!)
и с большим отрывом далеко далеко ниже - BigY.

У YSEQ правда есть свой небольшой плюс перед другими - делают файлик с аутосомами, который можно загрузить в фтдна, гедматч и тп. Но сделать такой файл самостоятельно, при минимальном желании, не составит труда.

Но и эти аутосомы напрямую загружаются только на gedmatch. Для загрузки на другие сайты нужно легкое преобразование, занимающее 30 секунд. А вот выделить аутосомы из cram занимает больше часа. Но скажем прямо, это не самое сложное занятие для любого человека, который умеет читать инструкции и нажимать на кнопки.

Тесты Данте можно разделить на 3 типа. По месту. Если с американского сайта, то секвенирование в FTDNA. Делают быстро и хорошо. Кровь. Если заказ с основного сайта, то тесты в Италии. Делают дольше. Качество в могу оценить по 4 образцам, которые мы сделали. Обычно от 12x. Что интересно, у Данте почти всегда Y-STR маркеры выделяются лучше. Видимо Illumina имеет свои сильные стороны в сравнении с DNBSEQ. Вот к пример у образца с покрытие Y 12x выделено 86,5% как надежные аллели. Из самых ценных Y37 маркеров отсутствуют только DYS464, как и всегда, CDY. Я оба эти маркера часть вообще не беру в расчет, особенно CDY. И еще DYS458.
Это конечно не особо весомый аргумент, но тем не менее тоже интересно.


Тесты до Италии доходят нормально. Время до готовности теста попавших в Лабу около 1,5-2х месяцев. В США делают гораздо быстрее, есть случаи и за 2 недели. Я склоняюсь к тому, что в принципе больше никому не буду предлагать не полный геном. Маркерные тесты оставляют всегда осадок недоделанности.

[Saken]

Что интересно, у Данте почти всегда Y-STR маркеры выделяются лучше. Видимо Illumina имеет свои сильные стороны в сравнении с DNBSEQ. Вот к пример у образца с покрытие Y 12x выделено 86,5% как надежные аллели. Из самых ценных Y37 маркеров отсутствуют только DYS464, как и всегда, CDY. Я оба эти маркера часть вообще не беру в расчет, особенно CDY. И еще DYS458.
Это конечно не особо весомый аргумент, но тем не менее тоже интересно.

Действительно, это некая особенность Illumina над BGI. Об этом еще Randy писал в группе. У Данте STR почти всегда за 650 из 780 выходит, у Небулы 500-550 в среднем. Писали что также есть прямая корреляция между количеством STR и insert size. Что якобы чем ближе значение к 300, тем больше STR можно потенциально вытащить. Но и длина рида тоже влияет на это куда больше, к примеру 150bp лучше 100bp.

[Saken]

Для себя я наверное так бы расставил приоритеты:
1) Данте (только кровь)
2) Небула
3) YSEQ (не WGS400!)
и с большим отрывом далеко далеко ниже - BigY.

Касательно WGS400, на антрогенеке народ пишет что данный тест теперь недоступен к покупке. И в правду, на офиц. сайте его нет Его актуальность давно потеряла смысл после появление WGS и WGS+ по схожей цене.

[gecube_ru]

Всем привет! Вот я и решил продолжить исследования

Небулу заказал. Жду кит. Если коротко - какие есть преимущества/недостатки?
Мне для какой задачи - есть пара "пациентов" на FTDNA. Но "бигбургеры" как-то дорого выходят... Вот и решил Небулу попробовать, благо они вроде делают полный геном, если я не ошибся.
Скорее всего - через пару месяцев смогу описать свои личные впечатления - что и как. Но с точки зрения сайта - мне нравится, выглядит как качественный продукт

[NathanS]

Если коротко - какие есть преимущества/недостатки?

Когда результаты выдают, то результаты (данные) - нормальные по качеству.
Легко перенести на YFull.
Есть отчеты по здоровью.

Делают медленно. Как было ранее написано на сайте лаборатория в Европе, т.е. набор гуляет в США, а потом пересылается куда-то. Медленно идет до выделения ДНК и контроля качества.
Слишком много заворотов по контролю качества - половина моих наборов пошла на повторный забор образца. При нескольких сборах образца был я сам и нареканий нет, все по инструкции и со всеми предосторожностями, скребли как следует, но тест не прошел. Не очень хочется рисковать снова.
Очеты по здоровью не сильно обновляются, достаточно получить их один раз. Пожизненная "подписка" или помесячная того не стоит.
Цена теста увеличилась, длительность обязательной подписки увеличилась. На скидках надо подписываться на год, что увеличивает стоимость теста.

Пока решил не заказывать в Nebula, остановился пока на YSEQ в основном из-за гибкости поддержки и возможности договориться. Дороже, но надежнее. Присматриваюсь к Данте, но из-за косяков с тестированием ранее у меня нет доверия к ним.

[Georg]

Всем привет! Вот я и решил продолжить исследования

Небулу заказал. Жду кит. Если коротко - какие есть преимущества/недостатки?
Мне для какой задачи - есть пара "пациентов" на FTDNA. Но "бигбургеры" как-то дорого выходят... Вот и решил Небулу попробовать, благо они вроде делают полный геном, если я не ошибся.
Скорее всего - через пару месяцев смогу описать свои личные впечатления - что и как. Но с точки зрения сайта - мне нравится, выглядит как качественный продукт

Главное после подтверждения доставки в офис Nebula расслабьтесь и забудьте на пару-тройку месяцев и не смотрите на статус на сайте, сбережете нервы

[NathanS]

Завернули повторный образец ДНК. Учитывая все сложности пересылки тестов туда и обратно пока определенно воздержусь от тестирования в Nebula.