АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 44061 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 81
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-0
  • GEDmatch: XU7175897
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #720 : 09 Сентябрь 2022, 18:00:47 »
Уважаемые форумчане! У меня возник ряд вопросов по тесту Небулы, хочу попросить ваши советы.
1.   Есть ли смысл оплачивать YFull? Что реально я получу за 41$? Все снипы, а не только терминальный снип с дерева YFull? Несколько сот STR-маркеров (из которых отсутствуют несколько из 37-маркерной панели), по которым можно вручную делать поиск в проектах FTDNA? Что-то ещё?
Отвечу на 1 вопрос только. Можно будет увидеть все возможные снипы и число прочтений по ним, все STR-маркеры. Также ваш образец будет участвовать в расчёте возраста ветки и отображаться на дереве (по желанию).
« Последнее редактирование: 09 Сентябрь 2022, 18:10:16 от Oleg V. »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15394
  • Страна: az
  • Рейтинг +4697/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #721 : 09 Сентябрь 2022, 19:08:23 »
Цитировать
1.   Есть ли смысл оплачивать YFull? Что реально я получу за 41$? Все снипы, а не только терминальный снип с дерева YFull? Несколько сот STR-маркеров (из которых отсутствуют несколько из 37-маркерной панели), по которым можно вручную делать поиск в проектах FTDNA? Что-то ещё?
Если до этого БигИгрек не был сделан/залит, то не загружаться на ИгрекФулл - преступление, граничащее с изменой Родине в особо извращённой форме.
В аутосомные игры можно играть до бесконечности, а на древо залиться просто необходимо.
« Последнее редактирование: 09 Сентябрь 2022, 21:34:24 от Farroukh »

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 578
  • Страна: il
  • Рейтинг +107/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #722 : 09 Сентябрь 2022, 19:11:33 »
Фаррух, на дереве со мной сейчас три калеки. E-Y90711*

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 916
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #723 : 09 Сентябрь 2022, 19:14:51 »
Уважаемые форумчане! У меня возник ряд вопросов по тесту Небулы, хочу попросить ваши советы.
1.   Есть ли смысл оплачивать YFull? Что реально я получу за 41$? Все снипы, а не только терминальный снип с дерева YFull? Несколько сот STR-маркеров (из которых отсутствуют несколько из 37-маркерной панели), по которым можно вручную делать поиск в проектах FTDNA? Что-то ещё?
2.   Отменится ли подписка сама по себе через 3 месяца или надо отменять вручную?
3.   Как скачать медицинские отчёты Небулы? Сохранить веб-страницу со всеми отчётами как один pdf-файл или придётся сохранять каждый отчёт по отдельности?
4.   Стоит ли закачивать данные Небулы в Promethease, если уже закачивал туда данные FTDNA? Да и как закачать не менее 50 Гб данных и в каком формате?
5.   В каком браузере/программе лучше просматривать исходные данные? Допустим, хочу проверить свой вариант APOE, что набирать в поиске браузера? APOE, Gs246, rs7412, rs429358, что-то ещё?
6.   Хочу проверить определённый снип (например, rs4477212), набираю его в браузере Небулы и получаю ответ: “Unrecognized locus”.  В чём причина? Могут быть другие обозначения снипов?
Мы здесь все дружно ненавидем Небульцев уходящих в небытие. 1 пункт отпадает. Платить обязон)
2. Надо отменить подписку в аккаунте. По окончании само закончится.
3. Вручную скачивать. Геморно, муторно и не так чтобы очень уж и нужно.
4. WGSEXTRACT V4. Выделяете аутосомы в станадартных форматах (по умолчанию настроенно там). 23andmeV5 загружаете на все возможные сервисы. А All in one на gedmatch.
5. APOE смотреть в Promethease. В браузере Nebula не подскажу. IGV браузер локальный плюс подключить "дорожки" и смотреть. Или изучать biopython всякие.
6. = 5.

Можно еще заказать анализ https://clinbio.ru
Не дешево и по сути можно и самому всю эту информацию собрать.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 916
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #724 : 09 Сентябрь 2022, 19:18:14 »
Фаррух, на дереве со мной сейчас три калеки. E-Y90711*
Как минимум при ближайшем обновлении ветка поменяется, уже видно в лайв режиме. + это работа в долгую. Кто-то еще посмотрит и решит а не надо. И если каждый так будет думать? ДНК эгоизм смертельно опасная для нашей среды болезнь. Неужели 41 евро так много?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 8130
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1007/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #725 : 10 Сентябрь 2022, 00:37:39 »
В России мы иногда заказываем у Генетико, если требуется аннотация. По кр. мере в Мск они делают лучше всех.

Специалист, выполняющий данную работу, обязан иметь квалификацию клинического биоинформатика. Диагноза он не ставит, тк это биолог, а не врач. Но аннотировать сиквенсы для медгенетических целей по правилам установленным минздравом никто более не может. Несложно с базовой квалификацией самому найти поврежденный кодон и даже сплайсер. Но есть определенные стандарты, это - специализация и наука, вообще-то. Все прочее - самодеятельность.

Оффлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 81
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-0
  • GEDmatch: XU7175897
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #726 : 05 Октябрь 2022, 16:27:05 »
Сегодня дошли руки до WGSExtract v3 Beta, вырезал из результатов Nebula аутосомы в формате FTDNA v2. Загрузил их в Gedmatch (набор DU6733377) и сравнил со своим оригинальным тестом Family Finder, сделанным в 2016 (набор T159830). Результаты почти полностью совпали, но есть небольшие расхождения (сравнивал one-to-one). С чем это может быть связано? Разные сборки генома, или no-calls, или ещё что-то?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 428
  • Страна: kz
  • Рейтинг +251/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #727 : 05 Октябрь 2022, 17:44:43 »
Сегодня дошли руки до WGSExtract v3 Beta, вырезал из результатов Nebula аутосомы в формате FTDNA v2. Загрузил их в Gedmatch (набор DU6733377) и сравнил со своим оригинальным тестом Family Finder, сделанным в 2016 (набор T159830). Результаты почти полностью совпали, но есть небольшие расхождения (сравнивал one-to-one). С чем это может быть связано? Разные сборки генома, или no-calls, или ещё что-то?
В моем случае, эти расхождения были по большей части из-за no-calls. Но и результат WGS 30X однозначно будет точнее любого теста на microchip.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 916
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #728 : 05 Октябрь 2022, 20:03:47 »
Сегодня дошли руки до WGSExtract v3 Beta, вырезал из результатов Nebula аутосомы в формате FTDNA v2. Загрузил их в Gedmatch (набор DU6733377) и сравнил со своим оригинальным тестом Family Finder, сделанным в 2016 (набор T159830). Результаты почти полностью совпали, но есть небольшие расхождения (сравнивал one-to-one). С чем это может быть связано? Разные сборки генома, или no-calls, или ещё что-то?
Я пользуюсь сборками V4. На gedmatch лучше загружать AllinOne

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 289
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #729 : 19 Октябрь 2022, 11:07:13 »
Может кому надо кит от Небулы (Deep Whole Genome Sequencing) в Минске по себестоимости - 180 долларов?
Что-то за год многое изменилось. Кит выслали из сша в сентябре.
« Последнее редактирование: 19 Октябрь 2022, 11:21:36 от MikSa »

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 146
  • Страна: ru
  • Рейтинг +39/-0
  • Y-ДНК: I1a1b1 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: T1a1 и H5b9 дети
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #730 : 17 Ноябрь 2022, 12:38:38 »
У Небулы резкое увеличение размера файлов и вроде формата
летом было 60Гб, осенью 116 Гб.
летом WGSE видел как hs38 Chr rCRs 195 SNs, а большой уже как Unknown Chr rCRs 2580 SNs
Что это значит и что делать? Ждать пока WGSE добавит такой формат или можно выбрать сходный?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 916
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #731 : 17 Ноябрь 2022, 20:55:15 »
В группе FB писали, что там референсная модель чуть изменилась. В свежих релизах WGSE это учитывается. Размер увеличился за счет другой модели сборки. Последний наш образец от Nebula весит почти в раза больше а качество прочтения такое же. Фильтры что ли выключили.

Оффлайн Marinda18

  • Сообщений: 1
  • Рейтинг +0/-0
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #732 : 18 Ноябрь 2022, 20:01:03 »
Доброго времени суток, помогите, пожалуйста, разобраться с данными из Небулы.
Как интерпретировать информацию по предкам в YFull ? Возможно есть более понятные далекому от генетики человеку возможности расшифровать информацию?

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R1a-L365
  • Сообщений: 523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +185/-0
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #733 : 18 Ноябрь 2022, 20:20:16 »
Начните отсюда и спрашивайте что не ясно
https://nebula.org/blog/yfull-tutorial/

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 1012
  • Страна: ru
  • Рейтинг +358/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L550
  • мтДНК: W6a4
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #734 : 18 Ноябрь 2022, 20:23:36 »
Если Вы уже загрузили свои данные в YFull, то дайте ссылку на Вашу ветвь, а также обратитесь в профильный раздел форума по Вашей гаплогруппе и ветвям.
YFull это древо, а вот информацию по предкам приходится собирать из разных источников и лучший знаток будет кто то из знатоков форума по Вашей гаплогруппе.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.