АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 63661 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #330 : 24 Август 2021, 09:38:13 »
У меня перестали работать все функции после отмены подписки, хотя не должно было. Кажется после моего запроса тогда все починили. По сути ничего такого супер интересного там нет. Ссылку на отчеты я сюда кидал, сохранил их все. А геномный браузер лучше локальный использовать.

Можно скачать Fastq файлы и пересобрать геном с помощью wgsextract. И сравнить с исходным cram (bam).
Можно взять любой референс, хоть HG37 (некоторые медицинские сайта только с ними работают). Также аутосомы все на HG37, но wgsextract это все умеет автоматом
Еще желательно научится работать с bed (или аналогами) файлами, чтобы смотреть пересечения областей, сравнивать разные файлы, сохранять итд.
VCF я открывал в ecxel, но смысла в этой особого нет.
Можно открыть в геномном браузере ваш бам файл, скачать трек со всеми снипа от Томаса Крана и пройтись по всему вашему геному, в теории можно найти снипы самому, но это вряд ли, после Yfull. Если вы их и найдете, то в областях которые Yfull бракует.
Еще можно закачать cram на https://sequencing.com/, galaxy итд.
А у вас после отмены подписки геномный браузер перестал работать?
Да, перестал
Ясно. А какие тогда функции вам восстановили?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #331 : 24 Август 2021, 10:48:03 »
У меня перестали работать все функции после отмены подписки, хотя не должно было. Кажется после моего запроса тогда все починили. По сути ничего такого супер интересного там нет. Ссылку на отчеты я сюда кидал, сохранил их все. А геномный браузер лучше локальный использовать.

Можно скачать Fastq файлы и пересобрать геном с помощью wgsextract. И сравнить с исходным cram (bam).
Можно взять любой референс, хоть HG37 (некоторые медицинские сайта только с ними работают). Также аутосомы все на HG37, но wgsextract это все умеет автоматом
Еще желательно научится работать с bed (или аналогами) файлами, чтобы смотреть пересечения областей, сравнивать разные файлы, сохранять итд.
VCF я открывал в ecxel, но смысла в этой особого нет.
Можно открыть в геномном браузере ваш бам файл, скачать трек со всеми снипа от Томаса Крана и пройтись по всему вашему геному, в теории можно найти снипы самому, но это вряд ли, после Yfull. Если вы их и найдете, то в областях которые Yfull бракует.
Еще можно закачать cram на https://sequencing.com/, galaxy итд.
А у вас после отмены подписки геномный браузер перестал работать?
Да, перестал
Ясно. А какие тогда функции вам восстановили?
Все. Только до конца подписки. Подписка кончилась и все отключилось, кроме возможности скачать cram, vcf, fastq.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #332 : 24 Август 2021, 10:54:47 »
Исходя из личного опыта тестирования в Nebula, выходит, что по сравнению с ФТДНА дешевле и качественней делать в Небуле. Затем данные выкачивать, отменяя подписку, загружать их на Yfull.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #333 : 24 Август 2021, 11:28:13 »
У меня перестали работать все функции после отмены подписки, хотя не должно было. Кажется после моего запроса тогда все починили. По сути ничего такого супер интересного там нет. Ссылку на отчеты я сюда кидал, сохранил их все. А геномный браузер лучше локальный использовать.

Можно скачать Fastq файлы и пересобрать геном с помощью wgsextract. И сравнить с исходным cram (bam).
Можно взять любой референс, хоть HG37 (некоторые медицинские сайта только с ними работают). Также аутосомы все на HG37, но wgsextract это все умеет автоматом
Еще желательно научится работать с bed (или аналогами) файлами, чтобы смотреть пересечения областей, сравнивать разные файлы, сохранять итд.
VCF я открывал в ecxel, но смысла в этой особого нет.
Можно открыть в геномном браузере ваш бам файл, скачать трек со всеми снипа от Томаса Крана и пройтись по всему вашему геному, в теории можно найти снипы самому, но это вряд ли, после Yfull. Если вы их и найдете, то в областях которые Yfull бракует.
Еще можно закачать cram на https://sequencing.com/, galaxy итд.
А у вас после отмены подписки геномный браузер перестал работать?
Да, перестал
Ясно. А какие тогда функции вам восстановили?
Все. Только до конца подписки. Подписка кончилась и все отключилось, кроме возможности скачать cram, vcf, fastq.
Была бы возможность загружать данные в один аккаунт с пожизненной подпиской как семейный проект, иначе какой смысл платить за аккаунты членов семьи?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #334 : 24 Август 2021, 15:29:07 »
Люди существа очень субъективные. Пока сами не столкнемся с проблемой, чужой опыт мы не воспринимаем. В прошлом году прочитал всю ветку про Dante и решил попробовать Nebula. Опыт оказался удачным. Саппорт работал хорошо, про проблемы никто не писал. Потом еще заказал и еще. И зимой пошли первые проблемы. Люди начали массово писать о проваленных тестах. В Декабре-Январе почти все тесты с наших краев не прошли. Сам по себе факт такого эксцесса это не смертельно, можно пережить. Но есть ряд но.
1. Они врут. Все врут, понятно, но мне сложно довериться еще раз тем, кто врет. Они не признали свою ошибку. Возложили все на нас. Первый раз они сказали, что контроль качества не пройден а второй раз, что не хватило материала.
2. Они не сообщили о проблемах. Прошло 7 месяцев. После очередного моего письма вдруг, неожиданно, выяснилось, что контроль качества не пройден. Как такое может быть? Т.е. они даже секвенировать не начали и не сообщили. А мы ждем результат.
3. Обман с характеристиками теста. Обещали 150 пар оснований? Ну так давайте мне то, что я заказал.

Я это все описываю не из за обид, просто хочу, чтобы у людей была объективная информация, чтобы выбор был осознанным.

Фактически опции у нас сейчас такие.
1. FTDNA. Тут все понятно.
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
3. Nebula + Цена. +- Качество (100 или 150 длина прочтения, как повезет, это не совсем качество, но тоже важно). +- Репутация. Проблемы не такие массовые как у Данте, но они есть.
4. + Цена в период осенних скидок. Все остальное минус.

Если вы делаете тест себе, то можно и поиграть в рулетку. Но если кому-то, то надо быть готовыми к репутационным рискам.

Nebula мне обещали что 2 образца прошли контроль качества и что я их до конца месяца получу. Это весенние заказы. Есть надежда что ситуация с зимними провалами не повторится.

Я у них потребовал вернуть деньги и в первый раз мне сразу вернули. Сейчас уже жду почти 3 недели.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #335 : 24 Август 2021, 15:35:13 »
Люди существа очень субъективные. Пока сами не столкнемся с проблемой, чужой опыт мы не воспринимаем. В прошлом году прочитал всю ветку про Dante и решил попробовать Nebula. Опыт оказался удачным. Саппорт работал хорошо, про проблемы никто не писал. Потом еще заказал и еще. И зимой пошли первые проблемы. Люди начали массово писать о проваленных тестах. В Декабре-Январе почти все тесты с наших краев не прошли. Сам по себе факт такого эксцесса это не смертельно, можно пережить. Но есть ряд но.
1. Они врут. Все врут, понятно, но мне сложно довериться еще раз тем, кто врет. Они не признали свою ошибку. Возложили все на нас. Первый раз они сказали, что контроль качества не пройден а второй раз, что не хватило материала.
2. Они не сообщили о проблемах. Прошло 7 месяцев. После очередного моего письма вдруг, неожиданно, выяснилось, что контроль качества не пройден. Как такое может быть? Т.е. они даже секвенировать не начали и не сообщили. А мы ждем результат.
3. Обман с характеристиками теста. Обещали 150 пар оснований? Ну так давайте мне то, что я заказал.

Я это все описываю не из за обид, просто хочу, чтобы у людей была объективная информация, чтобы выбор был осознанным.

Фактически опции у нас сейчас такие.
1. FTDNA. Тут все понятно.
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
3. Nebula + Цена. +- Качество (100 или 150 длина прочтения, как повезет, это не совсем качество, но тоже важно). +- Репутация. Проблемы не такие массовые как у Данте, но они есть.
4. + Цена в период осенних скидок. Все остальное минус.

Если вы делаете тест себе, то можно и поиграть в рулетку. Но если кому-то, то надо быть готовыми к репутационным рискам.

Nebula мне обещали что 2 образца прошли контроль качества и что я их до конца месяца получу. Это весенние заказы. Есть надежда что ситуация с зимними провалами не повторится.

Я у них потребовал вернуть деньги и в первый раз мне сразу вернули. Сейчас уже жду почти 3 недели.

Да, согласен про личный опыт каждого. А какие скидки у Небулы осенью?
По их правилам вроде деньги не возвращаются, а вам удалось)

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #336 : 25 Август 2021, 06:33:44 »
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
Добавлю про WGS400. Существенный минус - применяемая технология single read.
Дешевле, но ошибок больше.
x15 означает ~x7 для игрека.
Так всё-таки при якобы полном сиквенсе тестируют только 23 хромосомы или 46?

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #337 : 25 Август 2021, 07:51:41 »
У меня перестали работать все функции после отмены подписки, хотя не должно было. Кажется после моего запроса тогда все починили. По сути ничего такого супер интересного там нет. Ссылку на отчеты я сюда кидал, сохранил их все. А геномный браузер лучше локальный использовать.

Можно скачать Fastq файлы и пересобрать геном с помощью wgsextract. И сравнить с исходным cram (bam).
Можно взять любой референс, хоть HG37 (некоторые медицинские сайта только с ними работают). Также аутосомы все на HG37, но wgsextract это все умеет автоматом
Еще желательно научится работать с bed (или аналогами) файлами, чтобы смотреть пересечения областей, сравнивать разные файлы, сохранять итд.
VCF я открывал в ecxel, но смысла в этой особого нет.
Можно открыть в геномном браузере ваш бам файл, скачать трек со всеми снипа от Томаса Крана и пройтись по всему вашему геному, в теории можно найти снипы самому, но это вряд ли, после Yfull. Если вы их и найдете, то в областях которые Yfull бракует.
Еще можно закачать cram на https://sequencing.com/, galaxy итд.
А у вас после отмены подписки геномный браузер перестал работать?
Да, перестал
Ясно. А какие тогда функции вам восстановили?
Все. Только до конца подписки. Подписка кончилась и все отключилось, кроме возможности скачать cram, vcf, fastq.
Была бы возможность загружать данные в один аккаунт с пожизненной подпиской как семейный проект, иначе какой смысл платить за аккаунты членов семьи?
По аналогии - у меня, к примеру, пока всё с Dante перезалито на sequencing.com. На Dante доступны только базовые вещи типа отчётов о цвете глаз и лёгких исходных файлов. На sequencing доступно всё с одним нюансом - крупные файлы бесплатно открываются по обращению в саппорт на 48 часов.

А если потом вернуть подписку, то придётся помесячно 20 долларов платить?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #338 : 25 Август 2021, 08:41:03 »
Сообщения по YSEQ WGS400 выделил в отдельную тему.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #339 : 25 Август 2021, 13:34:05 »
Вот результат моих тестов:



У кого какие соображения?..

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #340 : 25 Август 2021, 13:46:39 »
У меня Lenght coverage 99.91%, median 18X, mean 20.09X.
Ну по сравнению с Big Y 500 существенная разница, снипов добавилось - это ведь потенциальные предки под индексами? (верхний - отца, нижний - мой)


Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #341 : 26 Август 2021, 08:22:56 »
Вот результат моих тестов:



У кого какие соображения?..

Правильно ли я понимаю, что чем больше положительных снипов определяется, тем большее количество предков находится? И древо становится ветвистым?

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #342 : 26 Август 2021, 10:09:22 »

Правильно ли я понимаю, что чем больше положительных снипов определяется, тем большее количество предков находится? И древо становится ветвистым?
О каком древе с предками идёт речь? Ведь у мужчин в каждом поколении всего один предок, и древо выглядит в виде прямой линии.
« Последнее редактирование: 27 Август 2021, 08:56:12 от пенелопа »

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1379
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-6
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #343 : 26 Август 2021, 10:57:47 »
Правильно ли я понимаю, что чем больше положительных снипов определяется, тем большее количество предков находится? И древо становится ветвистым?
О каком древе с предками идёт речь? Ведь у мужчин в каждом поколении всего один предок, и древо выглядит в виде прямой линии.

Я имел в виду филодрево, а вы какое? Мы для чего снипы находим? Они и есть наши предки, чем больше снипов-предков, тем ветвистей древо получается.
« Последнее редактирование: 27 Август 2021, 08:55:48 от пенелопа »

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #344 : 26 Август 2021, 21:27:06 »
Ветвистее относительно кого, если Y-Адама, то да, мы его потомки и его древо ветвистое, потому что оно ведётся от первого человека и до его потомков.
А если считать это от себя, то это выглядит как деревянный столб (относительно количества предков) ну или если как кружочки/квадратики/прямоугольники в родословном древо, то больше будет похоже на сосиски в связке, т.к. как я говорил ранее, у мужчин по прямой мужской линии, по которой передаётся Y хромосома, всего один предок в предыдущем поколении это отец, а у него его отец, т.е. дед первого и т.д. Не может быть 2 биологических отца ( за очень редким исключением, вроде бы полиспермия или как-то по другому это называется).
Восходящее родословное древо мужчины от себя до предка по прямой мужской линии выглядит примерно так:
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
………….|
………….0
Где здесь другие ветки предков?
« Последнее редактирование: 27 Август 2021, 08:55:28 от пенелопа »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.