Компания Nebula Genomics

[forbid]

У меня один кит опять приехал и уехал, потому что небула идиоты и не могут адрес написать.
Запросто в техподдержке детали - че делать? Возврат денег или они все таки смогут прислать небула кит и запроцессить его нормально.

У меня кит три раза высылали , как оказалось не влезал и не печатался  номер квартиры. После возврата второго, попросил указать в адресе номер телефона, выслали третий.
На третьем я сразу после попадания кита в Россию подал на розыск. Кит нашелся когда уже начался возврат, опять без номера квартиры и телефона.

[gecube_ru]

У меня кит три раза высылали , как оказалось не влезал и не печатался  номер квартиры. После возврата второго, попросил указать в адресе номер телефона, выслали третий.
На третьем я сразу после попадания кита в Россию подал на розыск. Кит нашелся когда уже начался возврат, опять без номера квартиры и телефона.

В конечном счете пришел, уже взял забор материала и отправил назад.
Внимание - регистрация новых китов на сайте небула деактивирована. Надо самому идти на новый сайт (который dna че то там) и регаться там. Номер кита небула принимает.

[gecube_ru]

[Mikl1984]

Качество сильно упало из-за нового секвенсора Illumina Novaseq X
Разбор от создателя WGSe

DNA Complete (Nebula) has poor results now that they have started delivering again.  Until this is resolved, I will remove them from the listing of available vendors.
Characteristics:
(a) Low breadth of coverage (well below expected 99%)
(b) Very large IQR and std deviation from 30x avg read depth (well above 5)
(c) Very few SNPs in VCF marked as PASSed (should be less than 1%)
(d) Missing ~10+ % of microarray calls when extracted
Their new lab using a new Illumina Novaseq X sequencer is using an enrichment assay library.  One that is much more than a WES but not the complete genome.  Results come back with between 80-90% breadth of coverage (vs 98+% normally for 90+ gigabases sequenced). This has translated to 20-10% less SNPs called in key areas (as measured by extracting the CombinedKit microarray SNPs). Otherwise, the results are excellent. Just not a WGS with full genome coverage. Normally, a drop of that much coverage is only seen below 15x avg read depth (less than 45 gigabases). And then mostly in the 8 or more reads versus simply 1 read per.
For item (b), there is no easy measurement available currently. bam.iobio.io shows a graph but you have to guess at the spread (width around distribution, if the peak distribution even appears to exist). Guess we need to add this to the WGSE stats page.
Here is a summary table of the issues uncovered in the analysis post at
https://www.facebook.com/groups/personalwgs/posts/1872101820051635

[vad245]

Качество сильно упало из-за нового секвенсора Illumina Novaseq X
Разбор от создателя WGSe

DNA Complete (Nebula) has poor results now that they have started delivering again.  Until this is resolved, I will remove them from the listing of available vendors.
Characteristics:
(a) Low breadth of coverage (well below expected 99%)
(b) Very large IQR and std deviation from 30x avg read depth (well above 5)
(c) Very few SNPs in VCF marked as PASSed (should be less than 1%)
(d) Missing ~10+ % of microarray calls when extracted
Their new lab using a new Illumina Novaseq X sequencer is using an enrichment assay library.  One that is much more than a WES but not the complete genome.  Results come back with between 80-90% breadth of coverage (vs 98+% normally for 90+ gigabases sequenced). This has translated to 20-10% less SNPs called in key areas (as measured by extracting the CombinedKit microarray SNPs). Otherwise, the results are excellent. Just not a WGS with full genome coverage. Normally, a drop of that much coverage is only seen below 15x avg read depth (less than 45 gigabases). And then mostly in the 8 or more reads versus simply 1 read per.
For item (b), there is no easy measurement available currently. bam.iobio.io shows a graph but you have to guess at the spread (width around distribution, if the peak distribution even appears to exist). Guess we need to add this to the WGSE stats page.
Here is a summary table of the issues uncovered in the analysis post at
https://www.facebook.com/groups/personalwgs/posts/1872101820051635

Вот и у меня, похоже, те же проблемы. Тоже Novaseq X, только от CeGat.
Отправил файлы Randy, посмотрим, что скажет.