АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 37754 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 812
  • Страна: 00
  • Рейтинг +613/-2
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #705 : 13 Июль 2022, 22:51:09 »
Посоветуйте, пожалуйста, как оплатить nebula.org.
Белорусскими карточками Альфа-банка (Visa, MasterCard) через нидерландский прокси не получается.

И сколько денег должно быть на карточке?
Я положил 25 баксов, но это не помогло.

Про белорусские карты не знаю, но сейчас Nebula берет сразу за квартал - 3*25$, т.е. 75$.

Оффлайн inetstar

  • Сообщений: 2
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #706 : 20 Июль 2022, 11:19:15 »
Моя эпопея с оплатой Nebula закончилась так. В итоге прошла белорусская виртуальная карточка Приорбанка через нидерландский прокси. Сумма списалась $19.99 (на чёрную пятницу брал). Visa и Mastercard от белорусской дочки Альфабанка не прошли.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +90/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #707 : 20 Июль 2022, 11:21:39 »
Моя эпопея с оплатой Nebula закончилась так. В итоге прошла белорусская виртуальная карточка Приорбанка через нидерландский прокси. Сумма списалась $19.99 (на чёрную пятницу брал). Visa и Mastercard от белорусской дочки Альфабанка не прошли.

А как такую карту получить?

Оффлайн forbid

  • Сообщений: 74
  • Страна: 00
  • Рейтинг +41/-0
  • Y-ДНК: R-YP969* YP969/FGC4529
  • мтДНК: H1e2
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #708 : 22 Июль 2022, 18:53:07 »
Ура!!!  Nebula: Your sequencing data has been generated!   
Год с оплаты , можно выдохнуть.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14860
  • Страна: az
  • Рейтинг +4318/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #709 : 27 Июль 2022, 09:08:19 »
Можно ли на практике загрузить в FTDNA результаты по Y и Mt от Nebula для сравнения?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 799
  • Страна: ru
  • Рейтинг +522/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #710 : 27 Июль 2022, 09:47:23 »
Можно ли на практике загрузить в FTDNA результаты по Y и Mt от Nebula для сравнения?
Нет. Больше 2х лет обещают, но вряд ли это случится. Сравнить маркеры возможно сторонними средствами, попасть на блок три никак не вариант. +-85 маркеров из y111 Yfull выделяют. При должной сноровке это все не сложно, минуты 2 занимает, но конечно до полной автоматики далеко.

В любом случае Nebula по 200$ и Dante по 150€ это очень и очень интересные варианты, были, в свое время. Если щедрость повториться можно и нужно брать. Хотя бы для пробы.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 407
  • Страна: kz
  • Рейтинг +227/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #711 : 27 Июль 2022, 11:27:38 »
На ресурсе Y-DNA Warehouse в личном кабинете по загруженным китам появилась статистика сравнения данных по реферансу Hg38 и T2T.

Мой результат с Nebula WGS 30x.


Результат родственника с BigY700.




На гистограмме в новых регионах T2T есть немного мест где качество прочтение годное для анализа.
Hg.38


T2T


Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +90/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #712 : 27 Июль 2022, 11:59:32 »
На ресурсе Y-DNA Warehouse в личном кабинете по загруженным китам появилась статистика сравнения данных по реферансу Hg38 и T2T.

Мой результат с Nebula WGS 30x.


Результат родственника с BigY700.


А Т2Т кто делал? Или это подгонка под Т2Т?


На гистограмме в новых регионах T2T есть немного мест где качество прочтение годное для анализа.
Hg.38


T2T


Оффлайн Saken

  • Сообщений: 407
  • Страна: kz
  • Рейтинг +227/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #713 : 27 Июль 2022, 12:32:23 »
А Т2Т кто делал? Или это подгонка под Т2Т?

Выравнивание по T2T реферансу.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 799
  • Страна: ru
  • Рейтинг +522/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #714 : 27 Июль 2022, 15:33:01 »
А Т2Т кто делал? Или это подгонка под Т2Т?

Выравнивание по T2T реферансу.
Я недавно один и тот же cram переводил в T2T разными способами.
bwa-mem, самый медленный, но требует меньше всего ресурсов, в первую очередь память.
bwa-mem2, раза 2 быстрее, результат идентичный первому, +- 32 гб ram.
bwa-meme, еще быстрее, еще больше памяти потребляет. В идеале под 200 гб. Я собирал на 128 гб. Разработчики говорят, что meme и mem2 должны быть идентичны, но по факту результаты разные.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14860
  • Страна: az
  • Рейтинг +4318/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #715 : 28 Июль 2022, 05:32:33 »
Тест в "Небуле" со столь дружественными ценами - вещь, безусловно, интересная.
Но. Поразмыслив над прочитанным, пришёл к выводу, что без возможности импорта результатов Y-теста во ФТДНА тестирование в "Небуле" теряет всякий смысл. Искать вручную гаплотипы по проектам, большая часть которых показывает неполный список, а то и вовсе закрыта? Не говоря уже о том, что есть уйма совпаденцев, не состоящих ни в каких проектах, и об их существовании невозможно узнать извне, не имея хотя бы Y12. Сужу по своему случаю. Не пытаюсь манипулировать мнением уважаемой публики.
« Последнее редактирование: 28 Июль 2022, 07:31:15 от Farroukh »

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 799
  • Страна: ru
  • Рейтинг +522/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #716 : 28 Июль 2022, 08:23:17 »
Тест в "Небуле" со столь дружественными ценами - вещь, безусловно, интересная.
Но. Поразмыслив над прочитанным, пришёл к выводу, что без возможности импорта результатов Y-теста во ФТДНА тестирование в "Небуле" теряет всякий смысл. Искать вручную гаплотипы по проектам, большая часть которых показывает неполный список, а то и вовсе закрыта? Не говоря уже о том, что есть уйма совпаденцев, не состоящих ни в каких проектах, и об их существовании невозможно узнать извне, не имея хотя бы Y12. Сужу по своему случаю. Не пытаюсь манипулировать мнением уважаемой публики.
Уважаемый Farroukh у вас такой авторитет, что никто не будет сомневаться и упрекать в манипулировании. То что вы говорите это очевидно. Тут каждый для себя решает что в приоритете. Мне по своей природе тяжело дается когда приходится повторяться и говорить одно и то же, но делаю я это с одной единственной целью, чтобы попытаться донести свой опыт, без попытки что-то внушить. Да для многих это будет не актуально, но кому-то надеюсь поможет.

Плюсы и минусы WGS тестов уже описаны. Сейчас только о минусах.
С точки зрения сравнения с базой FTDNA в первую очередь мы ведем речь об YSTR маркерах. Универсальных случае нет, у кого-то распространенные ветки, у кого-то нет. Но в идеале хорошо иметь доступ ко всем базам. Я вижу здесь несколько вариантов.
1. Сделать дополнительный маркерный тест. Y37 вполне достаточно. Если нет совпадений на Y12-Y37, то и на больших уровнях тоже, скорее всего не будет, хотя исключения случаются.
2. Воспользоваться готовой базой. Плюс в том что она есть. Ей удобно пользоваться. Мы видим сразу, где отличия, какие маркеры, есть шаблон маркерный, на что обращать внимания итд. Минус база не 100% полная (FTDNA часть). Редко, но бывают индивиды настолько скромные, что не включают себя ни в один проект. Либо целые нации. Есть один проект состоящий из тысяч тестов, который не дает возможность увидеть результаты. С другой стороны в эту базу можно включи и результаты научных проектов, YSEQ, Соренсон (которого у меня нет, если у кого есть поделитесь пожалуйста) итд.
Да это дополнительные телодвижения, но не такие сложные. Веду базу по нашему проекту в google sheets. Приходит новый результат, копирую в таблицу, 20-30 секунд. Вставить в STR Match Finder, смотрим есть ли близкие только по проекту. Вставляем в Nevgen. Берем базу в excel по выбранной гаплогруппе и опять копируем в STR Match Finder итд. Если уже уверен в том или ином субкладе, тогда сравнение можно по фильтру выставить только по этому субкладу. 5 минут и +- вероятная ветка определена.

С SNP все проще. Они показывают на публичном древе FTDNA. Чаще всего найти кто есть кто не сложно. Бывают случае когда образец скрыт, но такое редко случается. Сопоставляем базу Yfull с результатами на блок три, иногда крен в ту или иную сторону существенный. Опять же каждый случай индивидуален. Из последних 20 загруженных полногеномных тестов на Yfull я не встречал особо больших перекосов в сторону FTDNA. Скорее наоборот. Другое дело если это R1b Европейские ветки. Там очень много адептов отрицающих любую вероятность загрузки данных на Yfull.

Итого после теста WGS у нас есть возможность сравнить маркеры и снипы. Но, делать это надо будет самому или просить помощи у сообщества.

Вот сейчас больше 20 Y37 тестов ожидаю в YSEQ. Скорее всего они все придут в один день. +- около часа уйдет на них, чтобы обработать и загрузить в таблицу. На данном этапе это все приносит удовольствие, но в любом случае существует риск, что энтузиазм угаснет. И что тогда будет с этими данными? Это резонный вопрос который мне задают. Гарантировать, что такого не произойдет я не могу и никто не может. FTDNA хоть и не дает наглядности, но снимает такие риски. Все новые результаты будут появляться и добавляться в список совпадений. Все это очевидно и скрывать бессмысленно. Однако я считаю, что эти риски не обоснованы. Никаких тайных знаний не требуется, для всего этого. Элементарные знания в области работы с таблицами, достаточно 1-2 недели потратить. В моем понимании перенос проектов в пространство google sheets (или аналогов) наоборот открывает большие возможности для сообщества. Можно и нужно сообща работать. Правда пока с этим все не очень. Полагаю надо активизироваться на youtube и выкладывать там информацию, делиться опытом итд.

Сейчас же я полностью уверен, что совокупность факторов более низкой цены (иногда в разы) и лучшего качества нивелируют все имеющиеся недостатки WGS тестов. Это все пройден на практике.

P/S Есть с Nebula еще другой минус. Не пройденный контроль качества. Из 20 +- тестов несколько забракованы. Причем одного забраковали уже 2й раз. Только сегодня пришло письмо счастья. Не знаю что делать дальше. 3й раз отправлять, или возвращать деньги. Может быть это индивидуальные особенности организма конкретного человека? Сложный вопрос.

Оффлайн voyt

  • Сообщений: 18
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: Maternal Y-DNA: I2a-Y3120
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #717 : 29 Июль 2022, 12:08:29 »
В списке стран, куда Небула отправляет свои наборы, вижу Беларусь. У кого-то есть недавний опыт получения комплекта Небулы в Беларуси? Есть ли какие-то подвохи?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 799
  • Страна: ru
  • Рейтинг +522/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #718 : 31 Июль 2022, 12:12:38 »
Оказалось, что Nebula прислали сообщение старое, о провале теста. Спустя 5 месяцев. Второй тест норм, контроль качества пройден.

Оффлайн Tiwaz

  • Сообщений: 5
  • Страна: ua
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: C4a1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #719 : 09 Август 2022, 09:30:03 »
Небула прислала рассылку по обновлениям. Добавили анализ предрасположенности к грыжам и музыкальному слуху. И втихушку убрали плашку с анонсом интеграции с FTDNA, которую откладывали из года в год. Похоже, кина не будет.

На реддите тоже обратили внимание на удаление анонса интеграции 3 дня назад, плюс постят какие-то нехорошие слухи о том, что Небула якобы загибается и её выкупает другая компания.
« Последнее редактирование: 09 Август 2022, 09:40:19 от Tiwaz »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.