АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 41514 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #690 : 27 Июнь 2022, 13:22:39 »
Подскажите еще раз - какие щетки самому купить в Минске, чтобы взять нормально материал для Небулы и не ждать 2 месяца их кит?
Забраковали первую попытку.
А они разве возьмут эту самодеятельность? Они теперь не отсылают наборы в Россию, я уже 2 месяца через бандерольку жду…

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 289
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #691 : 27 Июнь 2022, 16:06:20 »
Может я с темой фтдна перепутал. )
Вроде бы читал, что кто-то так массово посылает щетки.

2 месяца к ним шел материал и вот теперь, спустя 2 месяца написали, что не годный. (
С ноября все на самом начальном этапе.

Онлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +230/-0
  • GEDmatch: T159830
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #692 : 27 Июнь 2022, 16:18:11 »
С Небулой, насколько я знаю, не прокатят сторонние наборы для тестирования. Остаётся только набраться терпения и ждать. У меня было 8.5 месяцев ожидания (первый набор тоже забраковали). Но раньше хотя бы почта работала быстрее.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #693 : 27 Июнь 2022, 16:20:20 »
С Небулой, насколько я знаю, не прокатят сторонние наборы для тестирования. Остаётся только набраться терпения и ждать. У меня было 8.5 месяцев ожидания (первый набор тоже забраковали). Но раньше хотя бы почта работала быстрее.
В Россию они больше не отправляют

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 889
  • Страна: ru
  • Рейтинг +598/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #694 : 27 Июнь 2022, 17:04:14 »
Может я с темой фтдна перепутал. )
Вроде бы читал, что кто-то так массово посылает щетки.

2 месяца к ним шел материал и вот теперь, спустя 2 месяца написали, что не годный. (
С ноября все на самом начальном этапе.

Yseq понимает все что угодно. Nebula отказываются. Может и можно уломать но с ними тяжко общаться, долго отвечают.
Выслали нам 3 набора через 3ю страну. Взамен проваленных тестов. Вопрос с доставкой решаем.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #695 : 30 Июнь 2022, 14:31:39 »
Может я с темой фтдна перепутал. )
Вроде бы читал, что кто-то так массово посылает щетки.

2 месяца к ним шел материал и вот теперь, спустя 2 месяца написали, что не годный. (
С ноября все на самом начальном этапе.

Yseq понимает все что угодно. Nebula отказываются. Может и можно уломать но с ними тяжко общаться, долго отвечают.
Выслали нам 3 набора через 3ю страну. Взамен проваленных тестов. Вопрос с доставкой решаем.

Интересно, какая у них складывается статистика по проваленным тестам? И такой вопрос: а вы из России пробовали отсылать им образцы - наша почта доставляет?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 889
  • Страна: ru
  • Рейтинг +598/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #696 : 07 Июль 2022, 17:32:11 »
Свежая версия WGSExtract https://disk.yandex.ru/d/FEm33Nz8S9mXXA

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #697 : 07 Июль 2022, 18:26:37 »
Свежая версия WGSExtract https://disk.yandex.ru/d/FEm33Nz8S9mXXA
А что делается этими программами?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 889
  • Страна: ru
  • Рейтинг +598/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #698 : 07 Июль 2022, 18:40:25 »
Свежая версия WGSExtract https://disk.yandex.ru/d/FEm33Nz8S9mXXA
А что делается этими программами?
Посмотрите инструкцию, в интернете есть. Работает в windows, Linux и Mac OS. Самое часто применение - выделение аутосом. Можно перевести cram/bam обратно в fastq и оттуда пересобрать на T2T. И загрузить например на theytree. Хотя толку от этого пока немного.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #699 : 07 Июль 2022, 18:45:27 »
Свежая версия WGSExtract https://disk.yandex.ru/d/FEm33Nz8S9mXXA
А что делается этими программами?
Посмотрите инструкцию, в интернете есть. Работает в windows, Linux и Mac OS. Самое часто применение - выделение аутосом. Можно перевести cram/bam обратно в fastq и оттуда пересобрать на T2T. И загрузить например на theytree. Хотя толку от этого пока немного.
А практическая польза будет? Я, например, сделал пожизненную подписку в Небуле, но и там какие-то лаги, не все отображается…

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #700 : 07 Июль 2022, 18:48:17 »
Свежая версия WGSExtract https://disk.yandex.ru/d/FEm33Nz8S9mXXA
А что делается этими программами?
Посмотрите инструкцию, в интернете есть. Работает в windows, Linux и Mac OS. Самое часто применение - выделение аутосом. Можно перевести cram/bam обратно в fastq и оттуда пересобрать на T2T. И загрузить например на theytree. Хотя толку от этого пока немного.

А это theytree разве полнее, чем Yfull?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 889
  • Страна: ru
  • Рейтинг +598/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #701 : 07 Июль 2022, 21:25:21 »
Уважаемый nilogov вы очень много вопросов задаете.

Практическая ценность у каждая своя, это магический инструмент которые реализует все фантазии.

theYtree ничем не лучше Yfull, только о них есть загрузка T2T.

В WGSE есть опция debug. Если ее включить в папку temp будут сохраняться команды которые используются при нажатия на те или иные кнопки. Можно без GUI пользоваться всеми "фишками". Например я пользуюсь удаленной машиной с Linux, соединение через ssh. Все что мне нужно это выделить аутосомы. Сформировать VCF. Пересобрать на новый рефернс и опять VCF. Потом итоговый Bam фаил перевести в Cram. Можно все это делать через программу, нажимая на кнопки, а можно подсмотреть команды и просто менять переменные.

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #702 : 08 Июль 2022, 04:34:52 »
Уважаемый nilogov вы очень много вопросов задаете.

Практическая ценность у каждая своя, это магический инструмент которые реализует все фантазии.

theYtree ничем не лучше Yfull, только о них есть загрузка T2T.

В WGSE есть опция debug. Если ее включить в папку temp будут сохраняться команды которые используются при нажатия на те или иные кнопки. Можно без GUI пользоваться всеми "фишками". Например я пользуюсь удаленной машиной с Linux, соединение через ssh. Все что мне нужно это выделить аутосомы. Сформировать VCF. Пересобрать на новый рефернс и опять VCF. Потом итоговый Bam фаил перевести в Cram. Можно все это делать через программу, нажимая на кнопки, а можно подсмотреть команды и просто менять переменные.

YFull тоже дают информацию по Т2Т. Это больше биоинформативная работа с программами… Мне бы с глюками браузера в Небуле разобраться)

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +93/-3
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #703 : 08 Июль 2022, 08:24:07 »
У кого-нибудь в браузере Небулы на Игреке встречались проблемы с отображением данных? У меня и отца, например, для SNP Y38374 (позиция 2827785) выдаётся ошибка...

Оффлайн inetstar

  • Сообщений: 2
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #704 : 13 Июль 2022, 22:40:13 »
Посоветуйте, пожалуйста, как оплатить nebula.org.
Белорусскими карточками Альфа-банка (Visa, MasterCard) через нидерландский прокси не получается.

И сколько денег должно быть на карточке?
Я положил 25 баксов, но это не помогло.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.