АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 38933 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #45 : 26 Сентябрь 2020, 20:56:55 »
Есть:
genome browser
Gene Analysis
Nebula Library. Можно в PDF скачать их данные по предрасположенностям.
traits
Чуть позже со скриншотами сделаю обзор.

Очень жду обзор, спасибо за то, что делитесь.
Тоже намереваюсь заказать, но пока не понял для чего :)
Небольшой обзор
https://docs.google.com/document/d/1NsMbeRUSO8eq2sGjv4DxwsGXV4XZCvQSqDlQ-90MsC4/edit#

Оффлайн ETOBOG

  • МЖ: R5a2. ММЖ: H6a1b2
  • Сообщений: 63
  • Страна: ru
  • Рейтинг +18/-1
  • Папа: R-Y1 (R1a1a1b2a1a1a1f1), Мама: J1c2c2a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #46 : 26 Сентябрь 2020, 22:14:05 »
За 300$ можно получить все что можно. Аналогичные продукты (не совсем тоже самое, продукт FTDNA основан на технологиях прошлого) обойдутся примерно в 770$.
Вы получаете cram фаил. Его можно загрузить напрямую в Yfull. Cram легко перевести в обычный Bam. Его уже можно скормить WGSExtract и выделить из Bam аутосомные файлы, получить группу Y и Mtdna. Аутосомные файлы создаются во всех форматах, можно загрузить в gedmatch, myheritage, ftdna. + файлы для медицинских исследований итд.

Эх, знал бы я это несколько месяцев назад, когда заказывал всё что можно у FtDna :) Теперь там уже всё готово, везде где можно загружено, проанализировано. Конечно, есть соблазн загрузить на YFull весь геном, а не только Y700, но в моих исследованиях это мало что даёт.

Сама идея, что я весь свой геном буду иметь в цифровом виде (каких-то позорных 100 гигабайт - и это весь я!) мне очень нравится. Изучая робототехнику 20 лет назад, я и подумать не мог, что до такого дойдёт :) Но вот что с этими данными делать... гадания про здоровье - так, развлечение. Хочется куда-то отправить эти данные свои с полногеномного результата, чтобы они использовались для научных целей, может программисты что-то там симулировали бы, как из этой последовательности добавляются аминокислоты и получаются люди - и всё это в виртуальной вселенной (сомневаюсь, что мощности хватит, но хотя бы начало положить). В общем, всё это очень интересно. Закажу в октябре.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #47 : 29 Сентябрь 2020, 14:45:59 »

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #48 : 29 Сентябрь 2020, 16:09:36 »
Покрытие
http://www.yfull.com/share/yreport/01b1a62c5f2efc895035318cd40cfba3/
Покрытие весьма хорошое ;) Сколько гигабейзов вышло у Вас?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #49 : 14 Октябрь 2020, 11:25:20 »
На официальном сайте Nebula Genomics теперь можно заказать тест на 100x WGS за 999$ ;)




Оффлайн Schimon

  • Сообщений: 71
  • Страна: by
  • Рейтинг +25/-0
  • Y-ДНК: I-FTA37575
  • мтДНК: H10e6
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #50 : 14 Октябрь 2020, 11:29:31 »
А зачем такое покрытие?
Вроде и 30 вполне достаточно?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #51 : 14 Октябрь 2020, 11:39:18 »
А зачем такое покрытие?
Вроде и 30 вполне достаточно?

Самому интересно стало зачем. Для аутосом 30-х кратное покрытие уже хватает за глаза, может для Y хромосомы 100x полезнее будет  ::)

Вот что нашел на просторах интернета:
"We’re often asked why whole genome sequencing (WGS) is only performed at 30X coverage while whole exome sequencing (WES) is typically performed at 100X coverage."

Наверное 100-кратное покрытие ради экзома взяли. Думаю таким образом они сразу 2 зайца приметили с WGS 100x, 1 для экзома + 1 для лучшего покрытия Y хромосомы.
« Последнее редактирование: 14 Октябрь 2020, 11:58:59 от Saken »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6683
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1021/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #52 : 14 Октябрь 2020, 12:22:55 »
Я тоже думаю, что 100х это пустая трата денег за сверх качество, которое де факто информационно ничего не добавляет к 30х

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #53 : 27 Октябрь 2020, 08:13:43 »
 :) Ура! Сегодня получил свои финальные результаты от Небулы ;)

По времени получилось 10 полных  календарных недель с момента получения подтверждения с лаборатории в Houston, или 7 полных недель с момента QC (quality control) в BGI Hong-Kong. Заказывал кит 13 июня, но из-за отсутствии авиасообщение с США отправил кит только 29 июля. Считаю что Небула по срокам вполне справились.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #54 : 28 Октябрь 2020, 12:17:32 »
Nebula  вместо сырого bam файла выдает cram. Это сжатый bam. С точки зрения загрузки на Yfull разницы нет, они сами все сделают. А вот если вы хотите извлечь аутосомы то самый простой и удобный способ это программа WGS Extract https://wgsextract.github.io/
Эта программа к сожалению пока cram не понимает. Получается, что нужно сначала произвести конвертацию. Сделать это можно либо самому, скачав на локальный компьютер. Либо через сервис usegalaxy.org. Разобраться с usegalaxy.org не так просто новичку, но интересно.
Если хотите сами то можно воспользоваться инструкцией из FB группы Nebula\Dante https://docs.google.com/document/d/1pm-7jDK9-Xc1_RsukOFTiOBazgMtDLT22oyqvZpBQNc/edit?fbclid=IwAR0udJjH-A-uoFDYX4FaCjf4RUCD8vePALSWuwZN5aZRPxIPDs25_RrRJ8k

Если под windows,  то рекомендуется win10 x64. Команда следующая samtools view  -b -T GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna -o  NB7FB4472.bam NB7FB447.cram --threads 4

GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna это референс. Его можно найти в папке wgsextruct. Распаковать и скопировать в папку где находится samtools.
NB7FB4472.bam -выходной файл, название сами указываете нужное.
NB7FB447.cram -входной файл. Укажите точно как ваш cram называется.
--threads 4 - опционально, количество потоков. 4 указан для 4х поточного CPU.

Есть еще способ загрузить на sequencing.com и там купить за 19$ инструмент по конвертации.

С bam файлом можно потом поработать с помощью программы
https://github.com/teepean/BAM-Analysis-Kit
На выходе ряд отчетов, некоторые STR маркеры, Mtdna, гаплогруппа (это можно и с помощью wgsextruct) итд. Программе для работы требуется много места, учтите.

Бионформатика оказалась очень интересной темой. Кому интересно, запишитесь на степике на курсы по NGS, очень интересно.


Оффлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 70
  • Страна: ru
  • Рейтинг +228/-0
  • GEDmatch: T159830
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #55 : 29 Октябрь 2020, 11:28:55 »
Вопрос к тем, кто делал WGS 30x в Nebula - вы смогли загрузить МитоДНК на YFull и хорошее ли покрытие мито? Думаю, может заказать этот тест, если скидки будут ближе к праздникам... Сейчас вместе с пожизненной подпиской стоит 600 долларов, недавно стоил 500, а если будет около 400, то вообще супер. Big Y + BAM + FullMt дороже мне обойдутся.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +547/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #56 : 29 Октябрь 2020, 17:57:26 »
Вопрос к тем, кто делал WGS 30x в Nebula - вы смогли загрузить МитоДНК на YFull и хорошее ли покрытие мито? Думаю, может заказать этот тест, если скидки будут ближе к праздникам... Сейчас вместе с пожизненной подпиской стоит 600 долларов, недавно стоил 500, а если будет около 400, то вообще супер. Big Y + BAM + FullMt дороже мне обойдутся.
Мито покрытие очень хорошее. Это не ядерное днк, секвенировать намного проще. Подписка не нужна. 1 месяц и так и так придется заплатить, все отчёты посмотрите и отменеете подписку. 300+19$. Но применяет купон и 279+19.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 513
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #57 : 29 Октябрь 2020, 18:34:04 »
Что за купон, можно поподробнее.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5625
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #58 : 29 Октябрь 2020, 19:13:13 »
Кстати, с купоном MYTRUEANCESTRY10  Nebula выходит в 269$.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 409
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #59 : 03 Ноябрь 2020, 18:56:04 »
Прогнал 2 FASTQ от Небулы через програмку FQSum_v6, получилось 106.84GBases. Вполне хороший результат ;)
Видел в группе FB некоторые умудрились получить свыше 120GBases :o


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.