Компания Nebula Genomics

[Val_Metov]

Да, так же и мне отправили. Пока на почту не пришёл - не узнал что отправление добралось.
Более того, они в адресе переставили номер дома и квартиры, потому мне ещё и извещение не приносили, да и сам кит долго найти не могли, даже когда вместе с ними на почте уже начал искать.
Нашли в итоге, все получил, но будьте бдительны и готовы к сюрпризам)))
И да, в комплекте было две палочки, но всего одна колбочка.
Адрес обратной отправки так же сша, но не фтдна- какая-то другая лаборатория - akesogen.

Они недавно поменяли "экстракторов". Какая та контора во Флориде кажется

[Oleg V.]

В Джорджии. Кстати, мой образец из Москвы в Джорджию за две недели всего дошёл (13 дней даже).

[nilogov]

Может кто-нибудь объяснить: если заказать у Nebula секвенирование полного генома за 999 долларов, то получу ли я в итоге бам-файл, где похромосомно будут перечислены все нуклеотиды? В каком виде мне будут предоставлены данные?

[nilogov]

Я рискнул год назад, заказав 3 теста. Ни один из них не пришёл в РФ

А почему наборы не пришли в Россию? Вам деньги вернули?

[nilogov]

Понятно, что 1 месяц подписки - это минимум. Но что будет после этого месяца, если отказаться от продления? Впрочем, я в любом случае хочу взять с подпиской, полный фарш, так что вопрос риторический. Доллары уже отложил, жду Чёрную пятницу, аж не терпится!

У меня через 10 дней истекает подписка, 1 месяц, подписку отменил уже не дожидаясь последнего дня. Ожидаю, что доступ к некоторым фичам таким как Genome Browser (IGV), Gene Analysis, Library закроют.

Мое мнение, в конечном счете, всем у кого нету платной подписки или пожизненной подписки, наверное просто закроют доступ на скачивание файлов по аналогии с Данте Лабз. Поэтому мой совет всем - бэкап, Бэкап, БЭКАП! Amazon AWS где хранятся гигабайтовые файлы не бесплатный.

И какой вариант вы советуете? Оформить пожизненную подписку? Она ведь только на один набор распространяется или на все последующие наборы?

[nilogov]

В группе на ФБ запостили результат WGS100x. Цифры просто космос

Получается, что удаётся секвенировать геном неполностью? Из 3,2 млрднуклеотидов прочитано только 2,5 млрд?

[Saken]

Понятно, что 1 месяц подписки - это минимум. Но что будет после этого месяца, если отказаться от продления? Впрочем, я в любом случае хочу взять с подпиской, полный фарш, так что вопрос риторический. Доллары уже отложил, жду Чёрную пятницу, аж не терпится!

У меня через 10 дней истекает подписка, 1 месяц, подписку отменил уже не дожидаясь последнего дня. Ожидаю, что доступ к некоторым фичам таким как Genome Browser (IGV), Gene Analysis, Library закроют.

Мое мнение, в конечном счете, всем у кого нету платной подписки или пожизненной подписки, наверное просто закроют доступ на скачивание файлов по аналогии с Данте Лабз. Поэтому мой совет всем - бэкап, Бэкап, БЭКАП! Amazon AWS где хранятся гигабайтовые файлы не бесплатный.

И какой вариант вы советуете? Оформить пожизненную подписку? Она ведь только на один набор распространяется или на все последующие наборы?

Все зависит от ваших потребностей,  если медицина ваш интерес, то пожизненная подписка имеет смысл, а если нет (генеалогия ваш выбор), то лучше обойтись без подписки. Пока Небула разрешает скачивать сырые данные без подписки. Как долго это будет продолжатся, не знаю. Перестраховка в любом случае нужна, резервные копии надо иметь!

Насчет подписки на несколько наборов, кажется только на 1 набор распространяется.

[Saken]

В группе на ФБ запостили результат WGS100x. Цифры просто космос

Получается, что удаётся секвенировать геном неполностью? Из 3,2 млрднуклеотидов прочитано только 2,5 млрд?

Это скрин с программы WGS Extract. Как детально она работает с маппингом не могу судить. Это вопрос к разработчикам ПО.

Покрытие в WGS 100x будет близко к 100%, но точно не все 100 процентов. Есть лимит того, что можно прочитать, а что нет в paired-end NGS с длиной покрытия 150bp. Тест у FGC Long Read Chromiuim имел куда лучшее покрытие, но его сейчас нету в продаже, убрали из-за патентных разборок.

Если вас интересует генеалогия, стандартный тест WGS 30x хватит за глаза. Тем более у Небулы обычно покрытие превышает 30 кратное чтение. У меня например вышло 34.4x с 99.74% маппингом. В YFull показывает 99.57% покрытия Y, с медианой в 17х и средним чтением 18.18х. За 289$ очень даже хорошо!

[nilogov]

В группе на ФБ запостили результат WGS100x. Цифры просто космос

Получается, что удаётся секвенировать геном неполностью? Из 3,2 млрднуклеотидов прочитано только 2,5 млрд?

Это скрин с программы WGS Extract. Как детально она работает с маппингом не могу судить. Это вопрос к разработчикам ПО.

Покрытие в WGS 100x будет близко к 100%, но точно не все 100 процентов. Есть лимит того, что можно прочитать, а что нет в paired-end NGS с длиной покрытия 150bp. Тест у FGC Long Read Chromiuim имел куда лучшее покрытие, но его сейчас нету в продаже, убрали из-за патентных разборок.

Если вас интересует генеалогия, стандартный тест WGS 30x хватит за глаза. Тем более у Небулы обычно покрытие превышает 30 кратное чтение. У меня например вышло 34.4x с 99.74% маппингом. В YFull показывает 99.57% покрытия Y, с медианой в 17х и средним чтением 18.18х. За 289$ очень даже хорошо!

Спасибо за подробный комментарий!
У меня задача - сохранить цифровые копии родственников в виде полных геномов. В Небуле советуют делать со 100-кратным расширением, но опять же для выявления редких мутация (медицинские цели). Игрек и мито меня сейчас интересует не так сильно, как аутосомы.

[nilogov]

Понятно, что 1 месяц подписки - это минимум. Но что будет после этого месяца, если отказаться от продления? Впрочем, я в любом случае хочу взять с подпиской, полный фарш, так что вопрос риторический. Доллары уже отложил, жду Чёрную пятницу, аж не терпится!

У меня через 10 дней истекает подписка, 1 месяц, подписку отменил уже не дожидаясь последнего дня. Ожидаю, что доступ к некоторым фичам таким как Genome Browser (IGV), Gene Analysis, Library закроют.

Мое мнение, в конечном счете, всем у кого нету платной подписки или пожизненной подписки, наверное просто закроют доступ на скачивание файлов по аналогии с Данте Лабз. Поэтому мой совет всем - бэкап, Бэкап, БЭКАП! Amazon AWS где хранятся гигабайтовые файлы не бесплатный.

И какой вариант вы советуете? Оформить пожизненную подписку? Она ведь только на один набор распространяется или на все последующие наборы?

Все зависит от ваших потребностей,  если медицина ваш интерес, то пожизненная подписка имеет смысл, а если нет (генеалогия ваш выбор), то лучше обойтись без подписки. Пока Небула разрешает скачивать сырые данные без подписки. Как долго это будет продолжатся, не знаю. Перестраховка в любом случае нужна, резервные копии надо иметь!

Насчет подписки на несколько наборов, кажется только на 1 набор распространяется.

А когда надо регистрировать кит? После получения набора? И можно ли заказать на один адрес сразу несколько наборов?

[nilogov]

Короче, заказал сегодня один тест за 299 долларов без подписки (с учётом скидочного купона вышло 269 долларов, в рублях получилось 21 тысяча). Посмотрим, какой будет результат. Интересно, что без подписки невозможно заказать более одного набора. И как долго продлятся скидки на эти тесты - тоже непонятно...

[nilogov]

Продублирую отчет от YFull по .BAM файлу с Nebula 30x WGS.

Получается, что у Небулы покрытие больше, чем у Биг Игрека 700? У меня показывает:

0,40Gb
.BAM file size79,69%
Length coverage
40X
Median depth coverage
254X   MAX
40,6X   MEAN
1X   MIN
4799567
No call base pairs

[Saken]

Получается, что у Небулы покрытие больше, чем у Биг Игрека 700? У меня показывает:

0,40Gb
.BAM file size79,69%
Length coverage
40X
Median depth coverage
254X   MAX
40,6X   MEAN
1X   MIN
4799567
No call base pairs

Да, это правда.

[Schimon]

Интересно, а пробовал кто-нибудь договориться интерпретировать данные Небулы в медицинских целях в какой-нибудь отечественной компании?
Типа Генотек?
Они достаточно подробно интерпретируют, особенно в тестах Экзом.
Так же делают и полногеном, но по совсем высокой цене.
Тогда бы и не пришлось переплачивать небуле за дорогостоящую интерпретацию в медицинских целях, да еще и на английском языке.

[Alexey_V.B.]

Интересно, а пробовал кто-нибудь договориться интерпретировать данные Небулы в медицинских целях в какой-нибудь отечественной компании?
Типа Генотек?
Они достаточно подробно интерпретируют, особенно в тестах Экзом.
Так же делают и полногеном, но по совсем высокой цене.
Тогда бы и не пришлось переплачивать небуле за дорогостоящую интерпретацию в медицинских целях, да еще и на английском языке.

я дал перечень лабораторий в России, Генотек не входит  https://forum.molgen.org/index.php/topic,13161.msg507535.html#msg507535