АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 38921 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rmkАвтор темы

  • Сообщений: 1
  • Страна: 00
  • Рейтинг +235/-30
Компания Nebula Genomics
« : 19 Февраль 2020, 01:39:44 »
.
« Последнее редактирование: 16 Апрель 2021, 14:57:57 от rmk »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #1 : 21 Февраль 2020, 02:38:40 »
Не очень понимаю смысл подписки.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы тест заказать. Ну, а кроме этого?

???

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 79
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #2 : 22 Февраль 2020, 22:56:15 »
Не очень понимаю смысл подписки.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы тест заказать.
Не очень понимаю смысл заказа теста.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы подписаться... )

Подписался на 14-дневный триал еженедельных обновлений персональных отчетов, экспортировав сырые данные в формате 23andMeV3 и V5. Проверяю какие прилетят обновления за 2 недели. Большинство статей в сегодняшнем отчёте свежие. Сравниваю с ЛК Генотека, например, где тоже полигенные риски. Прошлогодних 61 статья:
grep /20 Library-NebulaGenomics.txt|awk -F/ '{print $NF}'|sort|uniq -c
      1 2008
      4 2009
      4 2010
      7 2011
      7 2012
      8 2013
     10 2014
      7 2015
     12 2016
     14 2017
      8 2018
     61 2019
     13 2020
Кандидат на нобелевку https://en.wikipedia.org/wiki/George_Church_(geneticist)#Genome_sequencing_and_interpretation_technologies стоит за компанией и отчётами уже. А специалисты BGI ещё когда вернутся из Уханя.
Building B2, No.666, Gaoxin Road
Wuhan East lake
Hi-tech Development zone
Wuhan, China
Лаборатория была запущена примерно через неделю. 5 февраля лаборатория по обнаружению чрезвычайных ситуаций площадью 2000 кв. М, управляемая BGI и предназначенная для обработки 10 000 проб в день для обнаружения 2019 нКоВ, официально начала пробную эксплуатацию в Ухани.

Теперь, с помощью диагностической лаборатории, «BGI обеспечит технологическую и кадровую поддержку для обеспечения формирования этих масштабных возможностей тестирования», - отметил Шида Чжу, главный координатор BGI в Ухани.

Сотрудники BGI в недавно построенной лаборатории Huo-Yan в Ухани.
«Люди в BGI подвергли себя огромному риску для своего здоровья», - отмечает Лори Гудман, доктор философии, главный редактор Gigascience (который совместно публикуется BGI и Oxford University Press). Она рассказала GEN, что команда в Ухане «закрыла все планы отпуска и отвлекла ресурсы от других исследовательских проектов, чтобы иметь возможность взять на себя огромную и дорогостоящую задачу помощи во время вспышки». Более того, Гудман утверждал, что глава BGI Ван Цзянь, который «сам по себе богат», возглавляет команду в Ухани. ...
BGI имеет одну из своих основных производственных баз в Ухане, которая дает ему географическое преимущество в том, что она позволяет быстро и в больших масштабах поставлять продукцию в Ухань и провинцию Хубэй. Испытательные комплекты производятся на заводе BGI в Ухани, куда они отправляют сырье для комплектов по каналу экстренной логистики, утвержденному правительством.

BGI объявила о пожертвовании наборов для 20 000 пациентов и пообещала сотрудничать с другими компаниями и благотворительными организациями, чтобы пожертвовать наборы для еще 100 000 тестов.
« Последнее редактирование: 22 Февраль 2020, 23:18:31 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +873/-31
  • Y-ДНК: r1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #3 : 23 Февраль 2020, 00:24:24 »
У кого нибудь уже есть опыт сотрудничества с этой небулой? Интересно есть ли в YFull их исследованные результаты и насколько они состоятельны в сравнении с другими компаниями? 

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #4 : 23 Февраль 2020, 23:30:41 »
У кого нибудь уже есть опыт сотрудничества с этой небулой? Интересно есть ли в YFull их исследованные результаты и насколько они состоятельны в сравнении с другими компаниями?
Не сотрудничал, но по отзывам в интернете.
Nebula - именно та компания, которая пару лет назад обещала бесплатный 4x WGS, а кто выиграет (? или подойдёт по какому-то критерию, не вникал) - 30х тоже бесплатно.
В итоге всё закончилось 0.4x (4 десятых) за 99$ + их стандартная подписка за возможность получить данные, причём подписка начиналась гораздо раньше получения результатов.

Это новый продукт у них, такого не было еще.
Но. Анонсированная лаборатория BGI - именно та самая BGI, которая делала анализы для Dante Labs до сентября 2019 года (правда, длина чтения 100 была, но результат превосходный, реальное покрытие 60-100х, только вот многие всё еще ждут результатов с 2018 года  ;D )
По отзывам на facebook - Full Genome (Y Elite) тоже использовал BGI, и тоже сталкивался с проблемами. Но начальство Nebula говорит, что проблем не будет. :)

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 79
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #5 : 24 Февраль 2020, 21:56:37 »
Запросил фичу, посмотрим как реагирует саппорт.
Цитировать
Feature - Precise numbers in case of 99th percentile.

Please, add precise numbers in case of 99th percentile.

0.00432 would mean selection against such genotype is probable.
0.00987 would mean selection against such genotype is less probable.

Rare means more pathogenic, then when almost 1% of population living well with such variants orchestration.
UPDATE: сегодня же суппорт уточняющие вопросы задал.
« Последнее редактирование: 25 Февраль 2020, 02:16:23 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #6 : 25 Февраль 2020, 05:20:15 »
Звучит обнадеживающе. Посмотрим, что выйдет.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #7 : 26 Февраль 2020, 00:54:49 »
Эх.
Протестировать бы кого.
Какого-нибудь документированного потомка предкового дворянского рода...


::)

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #8 : 28 Февраль 2020, 20:15:13 »
Кто хочет рискнуть с Nebula - код 10% скидки: ISOGG 10 (без пробела).
Код действует до 5 марта 11:59pm PT.

Для его официального использования лучше стать членом ISOGG, это делается просто заполнением анкеты.

Их взаимодействие с FTDNA:
1) Некоторые возможности - бесплатно.
2) Дополнительные - за отдельную плату со стороны FTDNA.

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #9 : 29 Февраль 2020, 06:13:49 »
заявленная платформа у Небулы MGI DNBSEQ-T7
"What sequencing platform do you use?
We do 150 bp paired-end read sequencing using high-throughput MGI DNBSEQ-T7 DNA sequencing machines."
https://nebula.org/faqs/

интересный вопрос перейдут ли она на DNBSeq Tx который вроде как должны начать поставлять уже с Апреля в штатах.
Цена расходников в $100 обнадеживает конечно, но и 100% нагрузить такого монстра будет непросто - производительность 100 000 WGS 30x сэмплов  в год  :o
https://www.genomeweb.com/sequencing/mgi-unveils-extreme-throughput-sequencing-platform-agbt-enable-100-human-genome#.XlnTMahKh3g

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 79
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #10 : 14 Март 2020, 00:11:49 »
без пробела).
Спасибо, пригодилось.
На хьюстонском пакете ФТДНА значится в качестве отправителя.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14927
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #11 : 14 Март 2020, 22:03:35 »
Нам, безбилетникам, остаётся пожелать удачи тем молгеновцам-пионерам, что рискнули попробовать нечто новое! Будем надеяться, чтобы Небула не скатилась в Наибулу.
Удачи, друзья!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #12 : 14 Март 2020, 22:05:32 »
Проблема с кандидатами. У меня, во всяком случае.    :(

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14927
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #13 : 14 Март 2020, 22:10:49 »
Михаил, очертите критерии отбора кандидатуры. Кто знает, может, найдётся нужный субъект.
Речь, как я понимаю, об аристократических родах. Каковы цензорные критерии?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #14 : 14 Март 2020, 22:17:52 »
Михаил, очертите критерии отбора кандидатуры. Кто знает, может, найдётся нужный субъект.
Речь, как я понимаю, об аристократических родах. Каковы цензорные критерии?

Должно быть родословие.
Рода следующие:

1. Потомки Лариных вот из этого дерева (мой прадед, выделенный красным, - не в счёт):


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.