АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 9413 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rmkАвтор темы

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Компания Nebula Genomics
« : 19 Февраль 2020, 01:39:44 »
Nebula Genomics в партнерстве с FTDNA предлагает серьезную альтернативу Dante Labs. По обычной, неакционной цене в 299 $ (плюс обязательная подписка Nebula Explore хотя бы на месяц за 19,99 $) прямо сейчас можно заказать тест WGS 30x. Тесты делаются компанией BGI в Гонконге на машинах MGI DNBSEQ-T7 (150 п. н., парноконцевое секвенирование). В скором времени обещается подключение североамериканских и европейских лабораторий. Данные выравниваются на референсный геном hg38 при помощи рабочего процесса GATK (наверно, лучший доступный вариант). Все исходные данные доступны для загрузки. Во втором квартале обещается возможность прямого экспорта данных по Y-хромосоме и мтДНК в соответствующие базы FTDNA.

Также у Nebula бывают и акции (по крайней мере, бывали в прошлом).

Подробности:
https://nebula.org/faqs/

Оффлайн rmkАвтор темы

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #1 : 19 Февраль 2020, 04:34:31 »
Опять только по США бесплатная почта, остальным странам  за свой счёт? Принимают не только свои тестовые ватные щётки?
Доставка тестового набора (щечный мазок) бесплатная для всех стран, с которыми они работают (практически все). Обратная доставка предоплачена только для США. Насчет своего тестового набора, если только попытаться договориться в частном порядке. Обычно тестирующие компании это не практикуют.

Первый платеж за подписку Nebula Explore списывается, когда секвенирование закончено. Ее можно сразу отменить, но за первый платеж деньги не возвращаются. Как я понял, для экспорта данных в FTDNA подписка должна быть активна. Возможность скачать данные остается и без подписки.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #2 : 21 Февраль 2020, 02:38:40 »
Не очень понимаю смысл подписки.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы тест заказать. Ну, а кроме этого?

???

Оффлайн rmkАвтор темы

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #3 : 21 Февраль 2020, 05:13:44 »
По подписке заявлены еженедельные обновления персональных отчетов, а также доступ к инструментам анализа.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 66
  • Страна: ru
  • Рейтинг +22/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #4 : 22 Февраль 2020, 22:56:15 »
Не очень понимаю смысл подписки.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы тест заказать.
Не очень понимаю смысл заказа теста.
Для чего? Зачем?

Нет, понятно, чтобы подписаться... )

Подписался на 14-дневный триал еженедельных обновлений персональных отчетов, экспортировав сырые данные в формате 23andMeV3 и V5. Проверяю какие прилетят обновления за 2 недели. Большинство статей в сегодняшнем отчёте свежие. Сравниваю с ЛК Генотека, например, где тоже полигенные риски. Прошлогодних 61 статья:
grep /20 Library-NebulaGenomics.txt|awk -F/ '{print $NF}'|sort|uniq -c
      1 2008
      4 2009
      4 2010
      7 2011
      7 2012
      8 2013
     10 2014
      7 2015
     12 2016
     14 2017
      8 2018
     61 2019
     13 2020
Кандидат на нобелевку https://en.wikipedia.org/wiki/George_Church_(geneticist)#Genome_sequencing_and_interpretation_technologies стоит за компанией и отчётами уже. А специалисты BGI ещё когда вернутся из Уханя.
Building B2, No.666, Gaoxin Road
Wuhan East lake
Hi-tech Development zone
Wuhan, China
Лаборатория была запущена примерно через неделю. 5 февраля лаборатория по обнаружению чрезвычайных ситуаций площадью 2000 кв. М, управляемая BGI и предназначенная для обработки 10 000 проб в день для обнаружения 2019 нКоВ, официально начала пробную эксплуатацию в Ухани.

Теперь, с помощью диагностической лаборатории, «BGI обеспечит технологическую и кадровую поддержку для обеспечения формирования этих масштабных возможностей тестирования», - отметил Шида Чжу, главный координатор BGI в Ухани.

Сотрудники BGI в недавно построенной лаборатории Huo-Yan в Ухани.
«Люди в BGI подвергли себя огромному риску для своего здоровья», - отмечает Лори Гудман, доктор философии, главный редактор Gigascience (который совместно публикуется BGI и Oxford University Press). Она рассказала GEN, что команда в Ухане «закрыла все планы отпуска и отвлекла ресурсы от других исследовательских проектов, чтобы иметь возможность взять на себя огромную и дорогостоящую задачу помощи во время вспышки». Более того, Гудман утверждал, что глава BGI Ван Цзянь, который «сам по себе богат», возглавляет команду в Ухани. ...
BGI имеет одну из своих основных производственных баз в Ухане, которая дает ему географическое преимущество в том, что она позволяет быстро и в больших масштабах поставлять продукцию в Ухань и провинцию Хубэй. Испытательные комплекты производятся на заводе BGI в Ухани, куда они отправляют сырье для комплектов по каналу экстренной логистики, утвержденному правительством.

BGI объявила о пожертвовании наборов для 20 000 пациентов и пообещала сотрудничать с другими компаниями и благотворительными организациями, чтобы пожертвовать наборы для еще 100 000 тестов.
« Последнее редактирование: 22 Февраль 2020, 23:18:31 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 831
  • Страна: ru
  • Рейтинг +514/-23
  • Y-ДНК: r1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #5 : 23 Февраль 2020, 00:24:24 »
У кого нибудь уже есть опыт сотрудничества с этой небулой? Интересно есть ли в YFull их исследованные результаты и насколько они состоятельны в сравнении с другими компаниями? 

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #6 : 23 Февраль 2020, 23:30:41 »
У кого нибудь уже есть опыт сотрудничества с этой небулой? Интересно есть ли в YFull их исследованные результаты и насколько они состоятельны в сравнении с другими компаниями?
Не сотрудничал, но по отзывам в интернете.
Nebula - именно та компания, которая пару лет назад обещала бесплатный 4x WGS, а кто выиграет (? или подойдёт по какому-то критерию, не вникал) - 30х тоже бесплатно.
В итоге всё закончилось 0.4x (4 десятых) за 99$ + их стандартная подписка за возможность получить данные, причём подписка начиналась гораздо раньше получения результатов.

Это новый продукт у них, такого не было еще.
Но. Анонсированная лаборатория BGI - именно та самая BGI, которая делала анализы для Dante Labs до сентября 2019 года (правда, длина чтения 100 была, но результат превосходный, реальное покрытие 60-100х, только вот многие всё еще ждут результатов с 2018 года  ;D )
По отзывам на facebook - Full Genome (Y Elite) тоже использовал BGI, и тоже сталкивался с проблемами. Но начальство Nebula говорит, что проблем не будет. :)

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 66
  • Страна: ru
  • Рейтинг +22/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #7 : 24 Февраль 2020, 21:56:37 »
Запросил фичу, посмотрим как реагирует саппорт.
Цитировать
Feature - Precise numbers in case of 99th percentile.

Please, add precise numbers in case of 99th percentile.

0.00432 would mean selection against such genotype is probable.
0.00987 would mean selection against such genotype is less probable.

Rare means more pathogenic, then when almost 1% of population living well with such variants orchestration.
UPDATE: сегодня же суппорт уточняющие вопросы задал.
« Последнее редактирование: 25 Февраль 2020, 02:16:23 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн rmkАвтор темы

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #8 : 25 Февраль 2020, 05:07:23 »
Приглядываюсь к Небуле. Но там больше смахивает на протокол о намерениях.
Почему? Тест здесь и сейчас доступен для заказа. Их представитель (с русским именем и фамилией) написал на фейсбуке, что у BGI под них выделены отдельные машины для секвенирования, а также отдельная полоса пропускания для передачи данных.

Представитель FTDNA так же подтвердил сотрудничество:
Цитировать
Here is how I expect it to work (though no guarantees from my side!)

You order a test from Nebula and you can choose to go with the one month minimum subscription for $19. When your results are ready your subscription starts ticking. You can check out your reports and if you like them and want to keep getting updates you can keep the subscription, otherwise you can cancel.
You can download your raw data (FASTQs, hg38 BAM and GATK gVCF from what I understand).

In Q2 there will also be an option to transfer your results to FTDNA, similar to MyHeritage and Genographics transfers which are performed lab-to-lab, with no data downloads, BAM conversions or uploads required (this also protects against raw data tampering).

I assume that you will be able to transfer to an existing kit or a new kit at FTDNA, depending on whether the person has tested with FTDNA before.

Some features will be free and some will be unlock features, just like with transfers from other companies. The details and pricing will be announced at some point in the future.


Google Translate:
Вот как я ожидаю, что это сработает (хотя никаких гарантий с моей стороны!)

Вы заказываете тестирование в Nebula и можете выбрать минимальную месячную подписку за 19 долларов. Когда ваши результаты будут готовы, ваша подписка начнет действовать. Вы можете проверить свои отчеты, и если они вам нравятся и вы хотите получать обновления, вы можете сохранить подписку, в противном случае вы можете отменить.
Вы можете загрузить ваши необработанные данные (FASTQ, hg38 BAM и GATK gVCF из того, что я понимаю).

Во втором квартале также будет возможность перенести ваши результаты в FTDNA, аналогично переносам из MyHeritage и Genographics, которые выполняются из лаборатории в лабораторию, без необходимости загрузки данных, преобразования BAM или загрузки (это также защищает от фальсификации необработанных данных).

Я предполагаю, что вы сможете перейти на существующий комплект или новый комплект в FTDNA, в зависимости от того, тестировал ли человек ранее с FTDNA.

Некоторые функции будут бесплатными, а некоторые будут разблокировать функции, как при передаче из других компаний. Подробности и цены будут объявлены в будущем.

Также он отметил, что они доверяют Nebula, поэтому готовы импортировать от них данные. Кроме того, он обратил внимание, что вряд ли в ближайшем будущем они еще с кем-то станут сотрудничать в таком ключе:
Цитировать
There are many requirements for lab to lab transfers, including trust between the companies, compatibility and sustainability in business models, lab accreditations, track record of high quality deliveries and professionalism, technical integrations for secure and verified data transfers, etc.
I doubt that we will see any other partnerships like this in the near future, but you never know!

Google Translate:
Существует множество требований к передаче между лабораториями, включая доверие между компаниями, совместимость и устойчивость в бизнес-моделях, аккредитацию лабораторий, достижения в области высококачественных поставок и профессионализм, технические интеграции для безопасной и проверенной передачи данных и т. Д.
Я сомневаюсь, что мы увидим какие-либо другие подобные партнерства в ближайшем будущем, но вы никогда не узнаете!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #9 : 25 Февраль 2020, 05:20:15 »
Звучит обнадеживающе. Посмотрим, что выйдет.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3691/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #10 : 26 Февраль 2020, 00:54:49 »
Эх.
Протестировать бы кого.
Какого-нибудь документированного потомка предкового дворянского рода...


::)

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #11 : 28 Февраль 2020, 20:15:13 »
Кто хочет рискнуть с Nebula - код 10% скидки: ISOGG 10 (без пробела).
Код действует до 5 марта 11:59pm PT.

Для его официального использования лучше стать членом ISOGG, это делается просто заполнением анкеты.

Их взаимодействие с FTDNA:
1) Некоторые возможности - бесплатно.
2) Дополнительные - за отдельную плату со стороны FTDNA.

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #12 : 29 Февраль 2020, 06:13:49 »
заявленная платформа у Небулы MGI DNBSEQ-T7
"What sequencing platform do you use?
We do 150 bp paired-end read sequencing using high-throughput MGI DNBSEQ-T7 DNA sequencing machines."
https://nebula.org/faqs/

интересный вопрос перейдут ли она на DNBSeq Tx который вроде как должны начать поставлять уже с Апреля в штатах.
Цена расходников в $100 обнадеживает конечно, но и 100% нагрузить такого монстра будет непросто - производительность 100 000 WGS 30x сэмплов  в год  :o
https://www.genomeweb.com/sequencing/mgi-unveils-extreme-throughput-sequencing-platform-agbt-enable-100-human-genome#.XlnTMahKh3g

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 66
  • Страна: ru
  • Рейтинг +22/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #13 : 14 Март 2020, 00:11:49 »
без пробела).
Спасибо, пригодилось.
На хьюстонском пакете ФТДНА значится в качестве отправителя.

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 13001
  • Страна: az
  • Рейтинг +2990/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #14 : 14 Март 2020, 22:03:35 »
Нам, безбилетникам, остаётся пожелать удачи тем молгеновцам-пионерам, что рискнули попробовать нечто новое! Будем надеяться, чтобы Небула не скатилась в Наибулу.
Удачи, друзья!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100