АвторТема: FTDNA  (Прочитано 1314722 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Leilamrf

  • Сообщений: 484
  • Страна: ru
  • Рейтинг +83/-0
  • mtDna H23 (Прабабушка Хадича FTDNA kit #284052)
  • мтДНК: H23
Re: FTDNA
« Ответ #12600 : 08 Январь 2022, 18:02:50 »
Погуглила Т2Т ничего не нашла. Расскажите, что означает аббревиатура?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #12601 : 08 Январь 2022, 18:36:46 »
Погуглила Т2Т ничего не нашла. Расскажите, что означает аббревиатура?

T2T = Telomere to Telomere, От теломера (конца хромосомы) до теломера, вроде ОТИДО. Полностью прочитанный геном без лакун/пропусков.
По части Y-хромосомы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_020881995.1/ инфа есть на YSEQ. который уже предложил выравнивание, но пока без дополнительной интерпретации.

https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=29_32&products_id=250477
Цитировать
CP086569.1 is the first released Telomere-To-Telomere (T2T) sequence of a complete Y chromosome from a male human cell line. It might be possible that it contains regions which are not included in the GRCh38 / hg38 official reference sequence that is normally used. ...

Is the CP086569.1 reference better than hg38?
In most cases not. It contains significantly more single base errors than the hg38 reference and the assembly structure is not clearly proven. .... A re-mapping of the FASTQ reads from enriched Y chromosome sequencing (e.g. Y Elite or BigY) can be technically done, but we don't recommend it because it's unlikely that the selected reads will map to the new, unexplored regions of the CP086569.1 reference.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 6025
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4240/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: FTDNA
« Ответ #12602 : 08 Январь 2022, 19:35:17 »
Погуглила Т2Т ничего не нашла. Расскажите, что означает аббревиатура?

T2T = Telomere to Telomere, От теломера (конца хромосомы) до теломера, вроде ОТИДО. Полностью прочитанный геном без лакун/пропусков.
По части Y-хромосомы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_020881995.1/ инфа есть на YSEQ. который уже предложил выравнивание, но пока без дополнительной интерпретации.

https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=29_32&products_id=250477
Цитировать
CP086569.1 is the first released Telomere-To-Telomere (T2T) sequence of a complete Y chromosome from a male human cell line. It might be possible that it contains regions which are not included in the GRCh38 / hg38 official reference sequence that is normally used. ...

Is the CP086569.1 reference better than hg38?
In most cases not. It contains significantly more single base errors than the hg38 reference and the assembly structure is not clearly proven. .... A re-mapping of the FASTQ reads from enriched Y chromosome sequencing (e.g. Y Elite or BigY) can be technically done, but we don't recommend it because it's unlikely that the selected reads will map to the new, unexplored regions of the CP086569.1 reference.
Все просто. Сейчас T2T это некий хайп. Основная проблема в том, что этот референс в данный момент является черновым и релиз выйдет не раньше весны 2022 года. Это я знаю непосредственно от разработчиков этого референса. Навскидку разница между hg38 и T2T, а вернее CP086569.1, так как T2T не содержит Y-хромосомы и является сиквенсом женщины небольшая. Возможно это будет похоже на разницу между hg19 и hg38, то есть несколько дополнительных снипов.

Проблема в том, что если вам сделают выравнивание по CP086569.1, а через 3 месяца выйдет CP086569.2, то скорее-всего они будут не совместимы в некоторых местах по позициям.

Дополнительная проблема создается для людей с J2, так как CP086569.1 создан по сиквенсу человека с гг J2, а hg38 был создан по сквенсу человека с R1b со вставками сиквенса G.

Ну и перевод своего сиквенса WGS в T2T не составит особых проблем. Свой я перевел за 20-30 минут. С переводом BigY сложнее, так как нужны исходники, которые обрезанными выдаются за $100.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: FTDNA
« Ответ #12603 : 08 Январь 2022, 21:40:30 »
Так это будет по типу hg19->hg38 типо BigY->BigY500 или же новый вид теста, как BigY 700? Т.е. заново платить за новый сиквенс?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +922/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: FTDNA
« Ответ #12604 : 09 Январь 2022, 00:24:11 »
Погуглила Т2Т ничего не нашла. Расскажите, что означает аббревиатура?

T2T = Telomere to Telomere, От теломера (конца хромосомы) до теломера, вроде ОТИДО. Полностью прочитанный геном без лакун/пропусков.
По части Y-хромосомы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_020881995.1/ инфа есть на YSEQ. который уже предложил выравнивание, но пока без дополнительной интерпретации.

https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=29_32&products_id=250477
Цитировать
CP086569.1 is the first released Telomere-To-Telomere (T2T) sequence of a complete Y chromosome from a male human cell line. It might be possible that it contains regions which are not included in the GRCh38 / hg38 official reference sequence that is normally used. ...

Is the CP086569.1 reference better than hg38?
In most cases not. It contains significantly more single base errors than the hg38 reference and the assembly structure is not clearly proven. .... A re-mapping of the FASTQ reads from enriched Y chromosome sequencing (e.g. Y Elite or BigY) can be technically done, but we don't recommend it because it's unlikely that the selected reads will map to the new, unexplored regions of the CP086569.1 reference.
Все просто. Сейчас T2T это некий хайп. Основная проблема в том, что этот референс в данный момент является черновым и релиз выйдет не раньше весны 2022 года. Это я знаю непосредственно от разработчиков этого референса. Навскидку разница между hg38 и T2T, а вернее CP086569.1, так как T2T не содержит Y-хромосомы и является сиквенсом женщины небольшая. Возможно это будет похоже на разницу между hg19 и hg38, то есть несколько дополнительных снипов.

Проблема в том, что если вам сделают выравнивание по CP086569.1, а через 3 месяца выйдет CP086569.2, то скорее-всего они будут не совместимы в некоторых местах по позициям.

Дополнительная проблема создается для людей с J2, так как CP086569.1 создан по сиквенсу человека с гг J2, а hg38 был создан по сквенсу человека с R1b со вставками сиквенса G.

Ну и перевод своего сиквенса WGS в T2T не составит особых проблем. Свой я перевел за 20-30 минут. С переводом BigY сложнее, так как нужны исходники, которые обрезанными выдаются за $100.
Вроде J1 же а не J2.

Я заказал у YSEQ CP086569.1 для J2 Z387. Томас предоставил J2b. Просмотрел области из нормальных зон (не PAR, CEN, DYZ19) и выделил те которые только у J2 Z387 есть.
И что теперь с этими "снипами" делать?)

Оффлайн Artemiy777

  • Сообщений: 41
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • E-Y5436 - E-BY67176
Re: FTDNA
« Ответ #12605 : 09 Январь 2022, 15:55:36 »
Подскажите, пожалуйста, вот в групповых проектах FTDNA в таблице тестируемых пишется известный дальний предок, годы жизни и место рождения. Эти данные откуда берутся? Автоматически вытягиваются из загруженного пользователем древа на FTDNA или указывается отдельно, пресонально?
Скриншот:
https://wampi.ru/image/Ra9KKZs

Оффлайн Leilamrf

  • Сообщений: 484
  • Страна: ru
  • Рейтинг +83/-0
  • mtDna H23 (Прабабушка Хадича FTDNA kit #284052)
  • мтДНК: H23
Re: FTDNA
« Ответ #12606 : 09 Январь 2022, 16:08:42 »
Подскажите, пожалуйста, вот в групповых проектах FTDNA в таблице тестируемых пишется известный дальний предок, годы жизни и место рождения. Эти данные откуда берутся? Автоматически вытягиваются из загруженного пользователем древа на FTDNA или указывается отдельно, пресонально?
Скриншот:
https://wampi.ru/image/Ra9KKZs

Каждый указывает по желанию или, если знает своих предков.
Это очень помогает, также, когда просматриваешь список совпаденцев.

Чтобы внести данные в своём профиле, заходите в ЛК, в верхнем правом углу, под номером набора и именем есть выпадающее меню.

Жмите Account Settings
Далее подвкладка Genealogy
и заполняете Surnames и Earliest Known Ancestors

Пишите сразу на англ.языке, чтобы могли прочитать зарубежные совпаденцы.
Желательно указывать нас.пункт или хотя бы область, откуда корни.


Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #12607 : 09 Январь 2022, 16:09:20 »
Подскажите, пожалуйста, вот в групповых проектах FTDNA в таблице тестируемых пишется известный дальний предок, годы жизни и место рождения. Эти данные откуда берутся? Автоматически вытягиваются из загруженного пользователем древа на FTDNA или указывается отдельно, пресонально?
Скриншот:
https://wampi.ru/image/Ra9KKZs
Эти данные надо заносить самостоятельно.
Зайдите в свой аккаунт, поставьте мышь на свой профиль и кликните на Account settings.
Далее кликаете на Genealogy и  Earliest Known Ancestors.
Заполняете данные, выбираете страну и отмечаетесь на карте.
Кликаете на Save для сохранения данных.


 


Заполните так же и список интересующих вас фамилий, Surnames.

Оффлайн Artemiy777

  • Сообщений: 41
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • E-Y5436 - E-BY67176
Re: FTDNA
« Ответ #12608 : 09 Январь 2022, 18:10:55 »
При заборе эпителия ёршиками сухого забора вращал изнутри щеки, вытащил, смотрю, нету ничего, думаю, мало, продолжил вращать с усердием, вытащил - ёршик весь кровью пропитался. Ничего, если там кровь то высохшая приедет с эпителием? На втором ёршике с другой щеки крови почти не было)

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 598
  • Страна: hn
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: FTDNA
« Ответ #12609 : 09 Январь 2022, 18:13:29 »
На форуме писали, что кровь на тестовой палочке это даже хорошо, лучше будет прочитана ДНК.

Оффлайн Artemiy777

  • Сообщений: 41
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • E-Y5436 - E-BY67176
Re: FTDNA
« Ответ #12610 : 09 Январь 2022, 18:18:34 »
Эти штучки на конверте жёлтом загибать через круглое отверстие?
Скриншот: https://wampi.ru/image/RaIx4ut
Ёршики в их пакетики в том же положении запихнуть, как были?

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 1120
  • Страна: ru
  • Рейтинг +419/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L550
  • мтДНК: W6a4
Re: FTDNA
« Ответ #12611 : 09 Январь 2022, 18:55:28 »
Эти штучки на конверте жёлтом загибать через круглое отверстие?
Скриншот: https://wampi.ru/image/RaIx4ut
Ёршики в их пакетики в том же положении запихнуть, как были?

Ершики высушить, положить в пакетики и заклеить пакетики, положить в желтый пакет в месте с зеленой заполненной бумажкой, закрыть желтый пакет через круглое отверстие  с помощью гибких ушек. Я желтый пакет отправляю в пластиковом почтовом пакете для надежности.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: FTDNA
« Ответ #12612 : 09 Январь 2022, 22:45:16 »
Скажите, а "мокрый набор" - это в ёмкость надо собрать слюну?

Нет, слюна собирается в наборах Ancestry и 23andme.
"Мокрые" наборы FTDNA имеют две пробирки с консервирющей жидскотью, в которые обламываются тампоны после соскребания щек. Как правило, в Россию сейчас не высылаются.

Оффлайн Nn-Astel

  • Сообщений: 15
  • Страна: se
  • Рейтинг +34/-0
Re: FTDNA
« Ответ #12613 : 14 Январь 2022, 01:00:34 »
Нужна статистика.
У кого зависли и на сколько отправления в США
и из США

С начала ноября зависли тесты в США, есть шанс что дойдут?
из США нет движения с середины октября. Повторно отправлять наборы отказываются.

Своей статистики нет, но из местной группы генеалогов.
Таможня США начала где-то с середины октября возвращать наборы, возможно и уничтожать их, если:
1. не указано имя и адрес отправителя на конверте,
2. неточная, неподписанная или отсутствующая таможенная декларация.
По выяснениям этузистов (контакты с FTDNA и таможней) - в таможенной декларации надо записывать возвращаемый набор так:
"Vials with lysis solution and cotton swabs 0.05 kg 1 USD". Ставить крестик в графе Коммерческий образец, далее дата и подпись. Форма декларации: CN22 (CN23 тоже должны принимать).

Коллеги, у кого-то появился свежий опыт по зависанию и возврату наборов?
Отправляла набор письмом в оригинальном жёлтом конверте. По трек-номеру последнее обновление 18 декабря: «Выпущено из России», больше не было обновлений.
Боюсь, что придётся ехать к родственникам и переделывать тест. Имеет ли смысл ждать возврата конверта? Или его уничтожат? :(

Ранее в прошлом году отправляла 4 набора, ни разу не было проблем.

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 802
  • Страна: ru
  • Рейтинг +378/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
  • мтДНК: H1b2g
Re: FTDNA
« Ответ #12614 : 14 Январь 2022, 01:52:24 »
Друг отправлял свой кит из Архангельска 3 декабря, потом статус обновился 12 декабря и всё посылка пропала, и только 6 января статус обновился, когда я уже замучил операторов на почте, по итогу посылку даже не сразу выдали, в самом Хьюстоне её несколько раз переадресовывали с понедельника и только сегодня уже в личном кабинете обновился статус на кит резервед и через пару часов на анализ.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.