FTDNA

[Ankor]

Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf

Так у OmniExpress тоже есть снипы Y и мтДНК судя по спецификации https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/infinium-omni-express.html

[NathanS]

Это получается что общими являются 135000 СНИПов?

Именно так. По моим старым записям если смотреть FTDNA, Ancestry, MyHeritage, LivingDNA, 23andme v5 и предыдушие версии , то у всех тестов около 115 000 общих SNPs. OmniExpress и GSA должны быть в районе 140 000 SNPs.
Качество совпадений с новым чипом будет хуже, но возможно FTDNA предложат апгрейд. Жаль. На мой вопрос более года назад о переходе на GSA FTDNA не ответила.
Всё-таки полногеномное тестирование является более комплексным решением независящим от чипа, но пока никто не соглашается или не умеет обрабатывать такие результаты.
Ну и камень в сторону FTDNA - почему пользователи узнают об изменении пользовательского соглашения  или чипа для тестов из прессы, а не напрямую от компании? Можно было бы и послать мэйл с новостями и информацией об апгейде старых тестов.

[Evgeny Kolchugin]

FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

[DmitroR-2]

FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?

[rmk]

А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Если речь о данных 23andMe и AncestryDNA, полученных на новом чипе (ранее ими тоже использовался OmniExpress), то сравниваются только перекрывающиеся (общие) снипы (см. столбец "Overlap" в GEDmatch Genesis), отчего сильно страдает качество сравнения.

[NathanS]

FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.

А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?

Да, в GEDmatch только по общим СНИПам.
Так, на заметку - кто не сгрузил, сгрузите данные анализа с FTDNA - может пригодятся позже на GEDmatch или где еще. А то может начнется перетестирование по новому чипу и старые результаты будут недоступны...

[Ankor]

Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?

Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма 
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf

На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

[rmk]

На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868

Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

[Daemon2017]

На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868

Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

[ochkas]

Кто-нибудь пробовал уже вытащить данные по Y и mito из нового GSA файла?

[Панк]

Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

А как вытащить данные по У ??

В Экселе нашел снипы гг  А, J  (судя по всему отрицательные)
Искал снипы R1a-M198 и одноуровневые - не нашел (( проверял в результатах ФФ у кого сделан У-12 (R1a-M198)

[piccolodrago]

А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

[rmk]

А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

Посмотреть файл с исходными данными. Выложенный выше файл от нового чипа начинается со снипов, начинающихся на ".RS" (ранее не было снипов, начинающихся с точки). Также в нем много других снипов с необычными именами.

Примеры:

Код: [Выделить]

C8ORF37_c.545A>G_F,8,96259924
CD59_c.266G>A_F,11,33731793
CDH1-chr16-68842443,16,68842439
CDKN2A-chr9-21974679,9,21974679
CERKL_c.238+1G>A_F,2,182521495

[Mich Glitch]

Можно загрузиться в ГедМатч и сравнить пересечения с заведомо старым чипом от ФТДНА.

[rmk]

Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.