АвторТема: FTDNA  (Прочитано 854278 раз)

0 Пользователей и 3 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +175/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10695 : 14 Апрель 2019, 23:28:12 »
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
Так у OmniExpress тоже есть снипы Y и мтДНК судя по спецификации https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/infinium-omni-express.html

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 360
  • Рейтинг +242/-2
Re: FTDNA
« Ответ #10696 : 14 Апрель 2019, 23:44:10 »
Это получается что общими являются 135000 СНИПов?
Именно так. По моим старым записям если смотреть FTDNA, Ancestry, MyHeritage, LivingDNA, 23andme v5 и предыдушие версии , то у всех тестов около 115 000 общих SNPs. OmniExpress и GSA должны быть в районе 140 000 SNPs.
Качество совпадений с новым чипом будет хуже, но возможно FTDNA предложат апгрейд. Жаль. На мой вопрос более года назад о переходе на GSA FTDNA не ответила.
Всё-таки полногеномное тестирование является более комплексным решением независящим от чипа, но пока никто не соглашается или не умеет обрабатывать такие результаты.
Ну и камень в сторону FTDNA - почему пользователи узнают об изменении пользовательского соглашения  или чипа для тестов из прессы, а не напрямую от компании? Можно было бы и послать мэйл с новостями и информацией об апгейде старых тестов.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 430
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Re: FTDNA
« Ответ #10697 : 14 Апрель 2019, 23:53:01 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 1163
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
Re: FTDNA
« Ответ #10698 : 14 Апрель 2019, 23:55:21 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10699 : 15 Апрель 2019, 00:00:45 »
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Если речь о данных 23andMe и AncestryDNA, полученных на новом чипе (ранее ими тоже использовался OmniExpress), то сравниваются только перекрывающиеся (общие) снипы (см. столбец "Overlap" в GEDmatch Genesis), отчего сильно страдает качество сравнения.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 360
  • Рейтинг +242/-2
Re: FTDNA
« Ответ #10700 : 15 Апрель 2019, 00:01:59 »
FTDNA перешли на новый чип для аутосомных тестов. Был Illumina OmniExpress, стал Illumina GSA (как у основных конкурентов). Теперь будет совместимость данных с 23andMe и AncestryDNA, но пока непонятно, насколько качественным будет сопоставление со старыми данными в базе. Возможно, появится необходимость повторять тесты Family Finder для улучшения сопоставления с новыми данными.
А как же происходило сопоставление старых данных ФТДНА с результатами 23andMe и AncestryDNA в Гедматче?
Видимо как раз по общим 1350000 СНИПов?
Да, в GEDmatch только по общим СНИПам.
Так, на заметку - кто не сгрузил, сгрузите данные анализа с FTDNA - может пригодятся позже на GEDmatch или где еще. А то может начнется перетестирование по новому чипу и старые результаты будут недоступны...

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +175/-0
Re: FTDNA
« Ответ #10701 : 15 Апрель 2019, 00:05:05 »
Интересно, если будет функционал прокачки OmniExpress->GSA, то будут ли склеиваться результаты тестов?
Без объединения результатов такой апгрейд сложно представить. Иначе разумно будет сделать новый тест в отдельном аккаунте.

Ну мало ли - всегда есть место для маразма  ;D
Кстати, глянул руководство по GSA v2.0 - он исследует 1180 маркеров мтДНК и 4964 Y:
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/datasheets/infinium-commercial-gsa-data-sheet-370-2016-016.pdf
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 04:00:40 от Ankor »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10702 : 15 Апрель 2019, 03:26:41 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1310
  • Страна: ru
  • Рейтинг +555/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: FTDNA
« Ответ #10703 : 15 Апрель 2019, 09:15:04 »
На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868
Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +169/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1 (BLR)
Re: FTDNA
« Ответ #10704 : 15 Апрель 2019, 09:35:04 »
Кто-нибудь пробовал уже вытащить данные по Y и mito из нового GSA файла?
« Последнее редактирование: 15 Апрель 2019, 09:59:36 от ochkas »

Оффлайн Панк

  • Сообщений: 1194
  • Страна: ua
  • Рейтинг +533/-1
  • Y-ДНК: R-M198 [RUS]
  • мтДНК: H [UKR]
Re: FTDNA
« Ответ #10705 : 15 Апрель 2019, 10:07:53 »

Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

А как вытащить данные по У ??

В Экселе нашел снипы гг  А, J  (судя по всему отрицательные)
Искал снипы R1a-M198 и одноуровневые - не нашел (( проверял в результатах ФФ у кого сделан У-12 (R1a-M198)

Оффлайн piccolodrago

  • Сообщений: 95
  • Страна: ru
  • Рейтинг +12/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: FTDNA
« Ответ #10706 : 15 Апрель 2019, 12:59:43 »
А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10707 : 15 Апрель 2019, 18:15:05 »
А как понять, на каком чипе делались последние тесты?
Посмотреть файл с исходными данными. Выложенный выше файл от нового чипа начинается со снипов, начинающихся на ".RS" (ранее не было снипов, начинающихся с точки). Также в нем много других снипов с необычными именами.

Примеры:
C8ORF37_c.545A>G_F,8,96259924
CD59_c.266G>A_F,11,33731793
CDH1-chr16-68842443,16,68842439
CDKN2A-chr9-21974679,9,21974679
CERKL_c.238+1G>A_F,2,182521495

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FTDNA
« Ответ #10708 : 15 Апрель 2019, 19:02:28 »
Можно загрузиться в ГедМатч и сравнить пересечения с заведомо старым чипом от ФТДНА.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: FTDNA
« Ответ #10709 : 16 Апрель 2019, 03:38:16 »
Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

« Последнее редактирование: 16 Апрель 2019, 04:09:52 от rmk »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100