FTDNA

[rmk]

На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868

Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

[Daemon2017]

На форуме FTDNA один пользователь выложил свой raw file в новом формате https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip?p=324868#post324868

Сравнил данный файл с файлами оригинального и нового формата (появившегося в январе).

Всего снипов в данном файле - 630 074.

Общих снипов с файлом оригинального формата - 217 166 (уникальных 412 908).

Общих снипов с файлом нового формата - 210 626 (уникальных 419 448).

У GSA есть пространство в 50к настраиваемых маркеров: похоже, что ФТДНА настроило их на максимальную обратную совместимость со старыми чипами - потому перекрытие не 135к, а больше.

[ochkas]

Кто-нибудь пробовал уже вытащить данные по Y и mito из нового GSA файла?

[Панк]

Посмотрел в Экселе - там есть 571 снип для хромосомы, обозначенной как XY и 194 снипов MT

А как вытащить данные по У ??

В Экселе нашел снипы гг  А, J  (судя по всему отрицательные)
Искал снипы R1a-M198 и одноуровневые - не нашел (( проверял в результатах ФФ у кого сделан У-12 (R1a-M198)

[piccolodrago]

А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

[rmk]

А как понять, на каком чипе делались последние тесты?

Посмотреть файл с исходными данными. Выложенный выше файл от нового чипа начинается со снипов, начинающихся на ".RS" (ранее не было снипов, начинающихся с точки). Также в нем много других снипов с необычными именами.

Примеры:

Код: [Выделить]

C8ORF37_c.545A>G_F,8,96259924
CD59_c.266G>A_F,11,33731793
CDH1-chr16-68842443,16,68842439
CDKN2A-chr9-21974679,9,21974679
CERKL_c.238+1G>A_F,2,182521495

[Mich Glitch]

Можно загрузиться в ГедМатч и сравнить пересечения с заведомо старым чипом от ФТДНА.

[rmk]

Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

[NathanS]

Сделал сводную таблицу по снипам для старого и нового чипа. Для старого чипа использован файл нового (январского) формата. Для нового чипа взят файл с предыдущей страницы.

23andme и LivingDNA тоже используют чип GSA. В моих результатаг от 23andme имеется 3733 снипа в Y хромосоме. LivingDNA выдает положительные снипы отдельным файлом. Обе выдали мне группу R-Z92, что существенно лучше R-M198 с Y-111. Y видимо сознательно вырезаны из файла, чтобы не создавать конкуренции Y-STR тестам.

Также подозрительно мало снипов в мито - 23andme сообщает 4318 мито снипов. Определение моей митогруппы оказалось насколько же точным как и mtFULL в FTDNA.

[Daemon2017]

Написал FTNDA письмо. Извиняюсь за мой эльфийский:

Hello!

I heared, that FTDNA started using a new FF chip, "Infinium GSA-24" (665k SNPs), istead of old "Infinium OE-24" (713k SNPs). As I see in documentation, they are overlaping for 135k of SNPs, so my 5 years old FF test will overlap with newcomers tests for only 20-25%.

Is it possible for me to pay for a FF upgrade? I want to receive "BigFF" (713+(665-135)=1234k SNPs) to have a possibility of high-quality matching both with new and old FF's tested.

With respect,
Dmitrij

В прошлый раз на схожий околотехнический вопрос ответили на следующий день - надеюсь, что и в этот раз не подведут

[rmk]

Y видимо сознательно вырезаны из файла, чтобы не создавать конкуренции Y-STR тестам.

Также подозрительно мало снипов в мито - 23andme сообщает 4318 мито снипов.

Да, не секрет, что FTDNA занимается вырезанием данных из результатов разных тестов (в том числе из Big Y вырезается мтДНК). На предыдущем чипе то же самое делали. Еще на предыдущем чипе удалялись результаты для множества медицинских снипов (ставились для них "no-call"). Теперь, похоже, с медицинскими снипами нормальная ситуация будет - проверил ряд интересных - большинство на месте и не "no-call".

[ochkas]

Прогнал новый FF через предиктор митогаплогрупп http://vps1.jameslick.com/dna/mthap/.
Показывает что испытуемый (из Украины) вероятно H2a2a1.
Значит Мито вытащить всё таки можно.

[Oxon]

Это дефолтная H2a2a1

[rmk]

Значит Мито вытащить всё таки можно.

Всего 194 снипа, см. таблицу выше.

[R1a-Stolin]

Показывает что испытуемый (из Украины) вероятно H2a2a1.
Значит Мито вытащить всё таки можно.

К сожалению нет, H2a2a1 это Кембриджская эталонная последовательность