FTDNA

[Tora_sama]

https://discover.familytreedna.com/y-dna/E-L241/story
Обновили интерфейс в новом сервисе, может ещё чего нового добавили.

[voyt]

Здравствуйте, скажите, можно ли из Nebula (Deep Whole Genome Sequencing) выгрузить данные в FTDNA и какие данные?
Аутосомный (FF)? Y (Y-700)? mtDNA?

Берет ли FTDNA за это деньги (если загрузка данных возможна)?

[Farroukh]

Можно, но только аутосомы в таких форматах:
https://www.familytreedna.com/autosomal-transfer

[voyt]

Как вы полагаете, какова вероятность в обозримом будущем, что FDNA начнет выполнять WGS-тесты? Понятно, что это вопрос чисто умозрительный, но судя по логике развития технологий (да и самих продуктов, которые предлагает FTDNA), к этому все идет.
В этой связи еще вопрос: смогут ли они выполнять WGS тесты c образцов материала, по которым уже выполнялись тесты на чипе? Правильно ли я понимаю, что потребуется "с нуля" работать с имеющимся био-материалом? Где-то я встречал информацию, что они хранят биоматериал 25 лет, это так?

[Val_Metov]

Аппараты на которых делают BigY пригодны и для WGS. У них illumina novaseq 6000 если не ошибаюсь. Вопрос в цене. BigY явно более маржинальный.
Однако в дополнение они делают y111 тест э. Это тоже затраты. Вряд ли они откажутся от такого теста, ведь база маркеров их самая рекламируемая фишка.
Хотя можно выделять маркеры из bam и по не прочитанным отдельно проходится. В теории это возможно.
Пол года назад выкладывали информацию, что в 22 году ftdna могут запустить WGS тесты, но оказалось это были чьи то пожелания.

[voyt]

Аппараты на которых делают BigY пригодны и для WGS. У них illumina novaseq 6000 если не ошибаюсь. Вопрос в цене. BigY явно более маржинальный.
Однако в дополнение они делают y111 тест э. Это тоже затраты. Вряд ли они откажутся от такого теста, ведь база маркеров их самая рекламируемая фишка.
Хотя можно выделять маркеры из bam и по не прочитанным отдельно проходится. В теории это возможно.
Пол года назад выкладывали информацию, что в 22 году ftdna могут запустить WGS тесты, но оказалось это были чьи то пожелания.

У меня сложилось похожее впечатление (если говорить об их бизнес-модели). Конечно, маржинальность будет играть значительную роль в ответе на поставленный вопрос. До тех пор пока рынок не начнет капитально "поджимать" (хотя бы та же Небула с ее условными 200 долларами), то никакого WGS не будет. Я единственное не понимал технические возможности обновления данных до уровня WGS - нужно ли заново работать с био-материалом или нет и, если работать, то как.

[Val_Metov]

Аппараты на которых делают BigY пригодны и для WGS. У них illumina novaseq 6000 если не ошибаюсь. Вопрос в цене. BigY явно более маржинальный.
Однако в дополнение они делают y111 тест э. Это тоже затраты. Вряд ли они откажутся от такого теста, ведь база маркеров их самая рекламируемая фишка.
Хотя можно выделять маркеры из bam и по не прочитанным отдельно проходится. В теории это возможно.
Пол года назад выкладывали информацию, что в 22 году ftdna могут запустить WGS тесты, но оказалось это были чьи то пожелания.

У меня сложилось похожее впечатление (если говорить об их бизнес-модели). Конечно, маржинальность будет играть значительную роль в ответе на поставленный вопрос. До тех пор пока рынок не начнет капитально "поджимать" (хотя бы та же Небула с ее условными 200 долларами), то никакого WGS не будет. Я единственное не понимал технические возможности обновления данных до уровня WGS - нужно ли заново работать с био-материалом или нет и, если работать, то как.

Новое секвенирование делать конечно придется и тут встанет вопрос количества и качества биоматериала. Для WGS теста требования намного более жесткие, соответственно даже если они и введут такой продукт, придется заново отправлять материал.

[Farroukh]

Веду несколько китов, у которых после FF стал невозможен BigY, так что материал многим придётся пересдать.

[voyt]

Веду несколько китов, у которых после FF стал невозможен BigY, так что материал мнооим придётся пересдать.

И при этом они не успели сделать никакой анализ по Y (например, Y-12) одновременно с FF?

[Farroukh]

Успели. Я всегда начинаю с Y12, потом FF и в конце уже BigY. Поступать более рационально, начав сразу с бига, увы, не получалось по финансовым соображениям.

[Tora_sama]

Интересно а мне хватит, 37+фф, потом апгрейд до 111 и ещё одиночный снип....

[Val_Metov]

Интересно а мне хватит, 37+фф, потом апгрейд до 111 и ещё одиночный снип....

Это все индивидуально. Есть примеры и в ту и в другую сторону. По запросу в техподдержку можно предварительно выяснить, хватит или нет.

[Val_Metov]

Лучше накопить средств и сразу сделать всё один раз.
С первого раза бывает не проходит.
Техподдержка никогда не скажет хватит или не хватит материала.

Я тоже так думал, но некоторые люди утверждают, что предварительно уточняли у поддержки, до апгрейда

[voyt]

Летние скидки начались
FF-49$ mtdna-139$

У них бывают скидки на Big Y Raw Data файл (BAM)?

[mefo]

Летние скидки начались
FF-49$ mtdna-139$

У них бывают скидки на Big Y Raw Data файл (BAM)?

Иногда некоторые купоны на 10$ применимы и к заказу BAM.