АвторТема: Компания Nebula Genomics  (Прочитано 7877 раз)

Oleg V. и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 267
  • Страна: kz
  • Рейтинг +122/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-ZQ651], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #135 : 31 Декабрь 2020, 12:38:28 »
если fastq тоже дают бесплатно, качайте, мало ли они что-то криво собрали, сами пересоберете бам, если будет потребность
Пересобрал разными способами. Оригинальный Bam почти один в один с собранным через BWA-MEM.

Тоже самое у меня, разницы почти нет между CRAM от Nebula и самопальной сборкой через BWA-MEM. Последняя имеет среднее покрытие 18.19 против 18.18, и Длина покрытия на 5bp больше, плюс 1 STR прочитался больше и все ;)
Str каким способом посчитаны? Все что использовал дают очень плохие результаты

Это по статистике от YFull. Непрочитанных STR на 1 меньше.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5623
  • Страна: 00
  • Рейтинг +524/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #136 : 31 Декабрь 2020, 14:19:25 »
Пересобрал разными способами. Оригинальный Bam почти один в один с собранным через BWA-MEM.

посмотрите в заголовке их бама, какой командой он собран - скорее всего точно так же ))

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5491
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2963/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #137 : 31 Декабрь 2020, 15:39:41 »
Пересобрал разными способами. Оригинальный Bam почти один в один с собранным через BWA-MEM.

посмотрите в заголовке их бама, какой командой он собран - скорее всего точно так же ))
Валер, ты хорошо думаешь о людях. А вот некоторые, не буду показывать пальцем, подтирают все теги @PG за собой ;)
PS Не про Небулу и Данте.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5623
  • Страна: 00
  • Рейтинг +524/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #138 : 31 Декабрь 2020, 16:00:28 »
я тже тру когда есть что скрывать  ;D
им особо нечего, ибо субтотальное совпадение результатов говорит о дефолтных опциях сборки

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5623
  • Страна: 00
  • Рейтинг +524/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #139 : 31 Декабрь 2020, 16:01:10 »
PS Не про Небулу и Данте.

а. пардон, я как раз про сабж

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 190
  • Страна: ru
  • Рейтинг +84/-1
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #140 : 31 Декабрь 2020, 17:08:56 »
Пересобрал разными способами. Оригинальный Bam почти один в один с собранным через BWA-MEM.

посмотрите в заголовке их бама, какой командой он собран - скорее всего точно так же ))
Смотрел, там у них GATK итд, явно сложнее чем мой просто BWA - MEM команда

bwa mem -t 6 -K 100000000 -Y -R "@RG\tID:1\tSM:R37\tLB:1\tPL:ILLUMINA" /mnt/e/hs37d5.fa.gz /mnt/c/NB7FB447_1.fq.gz /mnt/c/NB7FB447_2.fq.gz | samblaster | samtools sort -@6 --no-PG -o /mnt/d/R37.bam && samtools index -@8 /mnt/d/R38.bam

Пересобирал hg19 чтобы аутосомы загрузить на GD, MH, и FTDNA. Разницы почти никакой с 38 референсом нет.

Онлайн Oleg V.

  • Сообщений: 14
  • Страна: ru
  • Рейтинг +183/-0
  • GEDmatch: T159830; FTDNA: 543061
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #141 : 15 Январь 2021, 11:39:52 »
Наконец-то получил свой набор, он ещё с 4 января ждал меня на почте, т.е. чуть больше месяца из США в Москву. Зарегистрировал без труда. Осталось взять образец и отправить в Джорджию в Peachtree Corners согласно инструкции.

Оффлайн ETOBOG

  • Сообщений: 48
  • Страна: ru
  • Рейтинг +15/-1
  • Y-ДНК: R-Y1 (R1a1a1b2a1a1a1f1), мтДНК: J1c2c2a
Re: Компания Nebula Genomics
« Ответ #142 : 15 Январь 2021, 19:31:40 »
Наконец-то получил свой кит от Небулы на 30х, оказывается, он уже месяц ждал меня на почте, но в Индии ФЕДЕКС работает очень плохо, сам поехал и забрал у них. В тесте оказалась всего одна палочка вместо двух (второй конверт с палочкой просто был пустой), но в поддержке сказали, что и одного хватит, если хорошенько потереть щёки изнутри. Также удивило, что не нужно отламывать ватную палочку, хотя на ней есть засечка для отлома, а нужно её просто помакать в воду и вытащить. Надеюсь, у них всё получится, на днях отправлю в США и буду ждать :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100