Целесообразность BigY для близких родственников

[varang]

Лучше обоим)).
Что-то я пока не слышал историй, что по "правилу трех" более старший становился на дереве более младшим.

[Farroukh]

Нас ждёт ещё много открытий впереди, особенно когда полный игрек будет стоить 100 рублей вместе с бамом и расшифровкой

[Farroukh]

Господа, Вы приводите нетипичные случаи в качестве обычного явления.
В 99,95% случаев Биг700 может вообще не отличить снипы деда от внука, не знай мы об этом заранее. При нехватке ДНК на Биг ФТДНА берёт сыновний материал.

[varang]

Господа, Вы приводите нетипичные случаи в качестве обычного явления.
В 99,95% случаев Биг700 может вообще не отличить снипы деда от внука, не знай мы об этом заранее. При нехватке ДНК на Биг ФТДНА берёт сыновний материал.

Значит, я в проекте столкнулся со случаем "отец-сын", который входит в 0,05%. У сына 1 приватный снип.
Других случаев отец-сын пока не видел.

Вы точно эти цифры на полном серьезе приводите? Или для красного словца?

[Kote]

У меня есть точно такой же случай.) Разница в возрасте между отцом и сыном около 25 лет. Так же один снип в зоне combBED. Отцу на момент зачатия было менее 30 лет.

[Farroukh]

Мужики, взгляните на алгоритм подсчёта возрастов по снипам.
1 снип эквивалентен чуть ли не 150 годам. Как тогда быть?

[varang]

Речь не о скорости мутации, а о том, что тест деда хуже теста внука. Хочу знать практические примеры, когда дедовский тест на Y-хромосому оказался проблемой в дереве и ограничением в исследованиях. Просим поделиться опытом. )))

[Farroukh]

Дело как раз в снипах и больше ни в чём.
Зачем тратить 600$ за биг деду, если дешевле апдейтнуть внука?

[varang]

Дело как раз в снипах и больше ни в чём.
Зачем тратить 600$ за биг деду, если дешевле апдейтнуть внука?

если есть какие-то экономические причины, это совсем другое. просто я читаю в этой теме совсем иную аргументацию третий день. совсем непонятную. про то, какие некачественные снипы у стариков и их детей. как-будто у терминальных снипов бывает обратная мутация?

[Farroukh]

Если денег некуда девать, то прошу спонсоров в мой проект
Если цели генеалогические, то нет смысла плодить сущности.
А так, если денег много, то можно тестить и деда, и бабку, и Мурку с Жучкой

[varang]

я изначально понял- какой лучший выбор при прочих равных условиях.

[NathanS]

Господа, Вы приводите нетипичные случаи в качестве обычного явления.
В 99,95% случаев Биг700 может вообще не отличить снипы деда от внука, не знай мы об этом заранее.

Сложно сказать, насколько они нетипичные. Пока не достает открытых данных по трио дед-сын-внук. В своем примере выше Вы обосновывали предпочтительность теста внука именно двумя дополнительными вероятными мутациями.

При нехватке ДНК на Биг ФТДНА берёт сыновний материал.

Но это только по согласованию. И тест переносится на аккаунт сына.

Мужики, взгляните на алгоритм подсчёта возрастов по снипам.
1 снип эквивалентен чуть ли не 150 годам. Как тогда быть?

Здесь противоречия нет, общепринято, что мутации случаются неравномерно. Не исключен вариант, при котором внук получит несколько мутаций "вне очереди", а ряду поколений после него не достанется ни одной.

При том по мере расширения зоны combBED, будет увеличиваться и скорость мутаций в этой зоне. Но и в прочих областях хотелось бы отделить потенциально древние снипы деда от новоявленных внука.

Зачем тратить 600$ за биг деду, если дешевле апдейтнуть внука?

Здесь речь все же не о частных случаях. Но в любом случае лучше сделать деду WGS от Dante Labs за 160 евро, на мой взгляд. Все-таки Big Y-700 по-прежнему несовершенный тест. Несколько дней назад на фейсбуке был описан случай, когда в WGS от Dante Labs внука было выявлено 5 дополнительных приватных снипов по сравнению с Big Y-700 покойного деда. При этом в тесте деда все эти позиции без вызова, так что уже будет не узнать, были ли у деда эти мутации.

Полностью согласен с комментариями и рекомендациями rmk

[Kote]

"Здесь противоречия нет, общепринято, что мутации случаются неравномерно. Не исключен вариант, при котором внук получит несколько мутаций "вне очереди", а ряду поколений после него не достанется ни одной."

Тогда как понять, почему у членов одного субклада количество частных вариантов варьируется от 4 до 15 штук участвующих в подсчёте tmrca? Преполагаемое время образования субклада 500г.нэ.
Я не понимаю, чем обусловлено увеличение количества мутаций между участниками одного субклада? ))

[Farroukh]

Полагаю, мы в очередной раз окончательно заморочили голову человеку, рискнувшему задать простой вопрос
Свою точку зрения я озвучил, Артур решение принял, воду в ступе, думаю, можно не толочь.
Для обстирывания скоростей мутаций (а именно они и имеются в виду) есть отдельный раздел форума.

[Таракан]

Тогда как понять, почему у членов одного субклада количество частных вариантов варьируется от 4 до 15 штук участвующих в подсчёте tmrca? Преполагаемое время образования субклада 500г.нэ.
Я не понимаю, чем обусловлено увеличение количества мутаций между участниками одного субклада? ))

Так это же не близкие родственники (с таким количеством частных вариантов). Они временно являются участниками одного субклада, пока у них не появятся более близкие родственники, совместно с которыми они разойдутся по параллельным субкладам.

То, что они разойдутся, никак не отменяет того, что у одного 4 приватных снипа, а у другого, грубо говоря, 15. Не прибавится сгипов у первого, при расхождении.