- Необходимо учитывать неравновесное сцепление генов, при панелях более 30 000 снипов, особенно в некоторых популяциях. В цитированной статье отмечается, что особенно для финнов высока вероятность ложных совпадений – включение совпаденца при отсутствии близкого/ожидаемого родства.
- Вычисленные сегменты в 1-2 сМ на самом деле результат слияния мелких сегментов от 0,2 сМ и более.
- Ancestry показала, что и более длинные сегменты, даже до 50 сМ, могут наследоваться от общей популяции.
- Ancestry показала, что вычисленные сегменты в тройках мать-отец-ребенок могут не совпадать до 30 сМ, несовпадение с вероятностью 50% при длине 6 сМ.
- Теоретическая вероятность несовпадения ДНК для четвероюродных братьев и сестер – 2%, для пятиюродных – 30%. На практике – из анализа данных в 23andme удалось определить 90% четвероюродных и 46% пятиюродных.
- Использование полногеномного секвенирования может улучшить предсказания степени родства. Возможно увеличение на 5-15% в определении дальних роственников. Девятиюродные и десятиюродные родственники могут быть определены по редким генетическим вариантам, снипам, в результатах полногогеномного секвенирования.
- Предсказание степени родства осложняется эндогамией и редукцей предков. Все европецы связаны между собой в пределах 1000 лет. Два европейца из близких популяций разделяют от 2 до 12 генетических предков за последние 1500 лет и более 100 генетических предков за последнюю 1000 лет, с существенными региональными отличиями в степении разделения. Для единичного сегмента в 10 сМ сложно оценить возраст и определить степень родства. У евреев-ашкенази существенное разделение сегментов более 3 сМ и 5 сМ. Высокая степень разделения сегментов была обнаружена и у якутов.
https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4973(21)00013-2/fulltext#secsect0010
Тема: Степень родства и общие сегменты (Прочитано 11604 раз)