Понял, Вы про V1a AY495325 а не про H6 к тому же буквой ошиблись - и я полез за другим аксешном AJ вместо AY.
Там совпаденцев 5
HQ405767
AY495325
AY339436
AY339435
AY339434
Неприятность в том что это базовый тип V1a и таких сиквенсов скоро будет опубликовано не 5 а 225. Посудите сами: есть Ваш тип, самый частый, немутировавший, есть еще какие-то немного мутировавшие, есть наконец V1a1 и V1a2. Все эти Ваши совпаденцы могли отделиться от Вас в любое время существования V1a - а это больше возрастов V1a1 и V1a2, это тысячи лет. Поэтому толку от результата мало. Собственно, на что Вы надеялись, если у Вас древний, немутировавший тип, который к тому же и самый частый в кластере? Будь у Вас хоть что-то специфическое - другое дело тогда.
C H6 и F1b1 ситуация получше, там более редкие ветви.