Еще надежнее будет подход на основе акцентуации, т.к. она почти не меняется и, вроде бы,никогда не заимствуется.
По существующей теории праславянского ударения требуется одновременная ортогональная маркировка по долготе, силовому ударению и тонам [Дыбо В. А., Замятина Г. И., Николаев С. Л. Основы славянской акцентологии / отв. ред. Р. В. Булатова. М.: "Наука", 1990. – С. 12], причём привязанная не к гласным или слогам, а к морфемам [Дыбо В. А. Морфонологизованные парадигматические акцентные системы: Типология и
генезис. Том I. М.: "Языки русской культуры", 2000. – С. 12]). Что можно сразу сказать по такой теории - ударение в существительных типа ToRT-/TeRT- определяется не морфемами, а типом склонения.
# a/b берЁста/берестА f, но c/a бЕрест/берЁст m
# a волОха f, но a/c вОлОх m
# a ворОба f, но c вОроб m
# a ворОна f, но c вОрон m
# a горОда f, но c гОрод m
# a жерЁха f, но c жЕрех m
# a колОда f, но c кОлод m
# a колОта f, но c кОлот m
# a корОба f, но c кОроб m
# a корОста f, но c кОрост m
# a/b молОдА f, но c мОлод m
# a морОка f, но c мОрок m
# a порОха f, но c пОрох m
# a/b/c сЕрЕдА f, но c сЕред m
# a солОда f, но c сОлод m
# a сорОка f, но c сОрок m
# a сторОжа f, но c стОрож m
# a терёба f, но b/c тЕреб/терёб m
# a/b толОкА f, но c/a тОлок m
# a торОка f, но c тОрок m
# a торОпа f, но c/a? тОрОп m
Полный список - более 100 слов: http://орфография.орг/вики/Ударение_в_полногласии
Это только одно возражение против акцентной теории Дыбо, реально их много.
Например, на поведение конкретно суффикса -н в отымённых и отглагольных образованиях см. А. А. Зализняк "От праславянской акцентуации к русской", с. 93. Обратите внимание, что для сохранения базисного принципа приходится постулировать кроме ударных, правоударных и левоударных(!) морфем ещё и доминантные ударные, правоударные и левоударные (с. 36, причём при присоединении суффиксов влияет также
количество слогов!), и это всё равно не спасает базисное правило в случае отглагольных образований (где происходит "перемаркировка" цепочки морфем - с. 38). Если убрать базисное правило и оставить только правило об изменении акцентовки при присоединении морфем, то эти сложности бы не потребовались.
Кардинальному принципу не подчиняются безударное вы- в глаголах несовершенного вида. Ему противоречат слова, образованные одновременным присоединением приставки и постфикса (приставка-корень-а - ударение на корень, приставка-корень-ь и приставка-корень-ть - ударение на приставку). Ему противоречат случаи, когда при равенстве морфеного состава слов ударение различается в зависимости от происхождения слова: прикАзный (от "приказ") и приказнОй (от "приказать"), запАсный (от "запас") и запаснОй (от "запасать"), разные ударения в глаголах совершенного и несовершенного вида: попАдать и попадАть и т.п.
Кроме того, у меня есть неопубликованный материал на несоответствие маркировок в именах и соответствующих им i-глаголах (где учтены все глаголы из частотного словаря Шарова), с ним ещё надо провести много работы, чтобы вывести хоть какое-то работающее правило (похоже, что соответствие зависит от направления образования - имя от глагола или наоборот).
Даже у самого В. А. Дыбо можно найти множество исключений из кардинального принципа: полуотметность, вокатив o- и a=-основ а.п. b, номинатив-аккузатив имён а.п. d (Дыбо В. А. Морфонологизованные парадигматические акцентные системы: Типология и генезис. Том I. М.: "Языки русской культуры", 2000. - с. 16).
В реальности, скорее всего, акцентная кривая производного слова порождалась из акцентной кривой производящего по закону, связанному с соответствующей словообразовательной моделью. Типовых вариантов для
суффиксов было три: не сдвигать ударение, при отсутствии ударения ставить ударение на суффикс или при отсутствии ударения ставить ударение на окончание (в русском языке наблюдаются и варианты всегда
ставить ударение на суффикс или всегда перед ним - их древность исследовать трудно из-за сильного влияния церковнославянского на старописьменные тексты). Для приставок типовые варианты были
аналогичные: либо не сдвигать ударение, либо ставить ударение на приставку. Поскольку обычно словообразование происходило присоединением суффикса, то это, конечно, могло дать иллюзию, будто бы к этому суффиксу привязан некий "тон". Но особые ударения в словах, образованных одновременным присоединением приставки и суффикса (приставка-корень-ь, приставка-корень-ть), говорят, что это не так.
Прагерманское ударение ставится ad hoc для объяснения нерегулярности соответствия согласных (закон Вернера).
Балтское ударение исследовать затруднительно из-за отражения разнообразнейших вариантов в одном слове (см. словарь Дерксена), вообще не сохранилось ни одного чистого балтского языка, везде пруссизмы, куронизмы и смеси диалектов для получения литературного языка. Наиболее ценна прерывистая интонация в латышском.
Основные механизмы образования ударения – стяжение, долгота и аналогия (например, слова на -да, -на дают исключение к общему правилу для CoRCa, а группы слов на -аж, -ами сменили ударение всего за одну сотню лет).
Короче, всё это шум.
Что касается дерева Касьяна, он сам приводил варианты с внесением и убиранием отдельных языков - при убирании корень "молодеет". Это говорит о несовершенстве метода. Если убрать германский, албанский и армянский, оставшийся узкий ПИЕ резко помолодеет, для такого узкого ПИЕ есть длинные списки слов, отражённых в КАЖДОЙ оставшейся группе (балтославянской, индоиранской, кельто-италийской и греческой):
http://alonecoder.nedopc.com/ling/PIE/PIE.zipЭто не то решето, к которому все привыкли, это реальный "узкий ПИЕ" - общий предок 4 главных групп. Была ещё куча периферийных языков, близких к нему в той или иной мере, но наличие общего предка для них технически не доказано (хотя и не исключено).