Перевод сантиморганид в родство

[Gregor]

Уважаемые коллеги! Помогите сопоставить данные ФТДНА с реальным родством. Итак есть двоюродные сестры. На ФТДНА появился их совпаденец. У одной он значится как 2th-4th cousin. 65 shared 21 longest, у другой 5th-remote, 81 shared, 9 longest. Фамилия его (редкая) совпадает с фамилией отца одной сестры и с девичьей фамилией матери другой сестры. Эти их родители естественно родные брат и сестра. Кем совпаденец скорее всего приходится сестрам? Письмо конечно уже написано, но ответа пока нет.

[Celena]

Лихо закрутили. Это же получилось, что дедушка двоюродных сестер имеет родство с совпаденцем. Тут может быть какой-нибудь родственник со стороны, например, брата/отца дедушки (по мужской линии, раз фамилия осталась). Но времени прошло много, надеюсь вам ответил совпаденец.

[dima75]

5th-remote выглядит реально. От 9 до 21 сМ - это очень мало для самого большого блока. У меня с двоюродным дядей 90 сМ.

[Turan]

5th-remote выглядит реально. От 9 до 21 сМ - это очень мало для самого большого блока. У меня с двоюродным дядей 90 сМ.

58-60 см это какой уровень родства?

[NathanS]

58-60 см это какой уровень родства?

Смотрите здесь http://forum.molgen.org/index.php/topic,10118.0.html
Или смотрите здесь https://dnapainter.com/tools/sharedcmv4

[Bald]

Если кому вдруг пригодится для калибровки:
Троюродные братья по прямой мужской линии: 346 shared / 91 longest
Внук (сын дочери) одного из этих братьев с другим братом, квази-четвероюродное родство: 108 shared / 43 longest. 

Кстати, рекомбинация при наследовании по женской линии идет почти вдвое интенсивнее, чем по мужской, поэтому и максимальные длины сегментов убывать будут интенсивнее.

[19986]

Кстати, рекомбинация при наследовании по женской линии идет почти вдвое интенсивнее, чем по мужской, поэтому и максимальные длины сегментов убывать будут интенсивнее.

Это так, но рекомбинация уже даёт очень случайные размеры сегментов. К тому же надо учесть, что этот эффект всё-таки заметно сглажен - потому что даже если ДНК отца в два (точнее, в 1,7) раза реже рекомбинировало, всё равно оно примерно наполовину состоит из ДНК его матери, которое рекомбинировало чаще. Так же ДНК отца отца (деда по мужской линии) - наполовину ДНК его матери (прабабушки). С практической точки зрения для домашней генеалогии это можно игнорировать.

PS: Нашёл иллюстрацию. Распределение общего ДНК между двумя двоюродными детьми в зависимости от того, родились они от двух братьев (синяя линия) или двух сестёр (красная). Видно, что из-за более редкой рекомбинации в случаев братьев больший разброс, но в целом можно игнорировать, потому что распределения уже широкие и без этого.

[Bald]

PS: Нашёл иллюстрацию.

Здоровская иллюстрация, вот только она немного про другое - про дисперсию shared dna.
А речь шла про другую метрику - longest segment.
Немного утрируем. Я составляю хромосому из переломанных вчетверо частей двух хромосом, а вы - из переломанных вдвое.
У вас 4 варианта со средним отклонением 0.25 (4/16)
У меня 16 вариантов, 6 из которых центральные, 8 с отклонением 0.25, 2 с отклонением 0.5, итого мое среднее отклонение - 3/16.
Разница не очень большая, всего 1/16.
Но разница в длине максимального сегмента будет вдвое, что весьма значительно.

[Bald]

К предыдущему посту.
Нет, конечно не вдвое.
Средняя длина максимального сегмента в случае "ломания пополам" будет 1/2
В случае "ломания вчетверо" - 27/64, на 8% меньше.
Пожалуй, соглашусь, что хотя и убывает быстрее предыдущего значения, но все же на генеалогической глубине дает небольшую разницу.

[19986]

А речь шла про другую метрику - longest segment.
...
Но разница в длине максимального сегмента будет вдвое, что весьма значительно.

Пожалуй, соглашусь, что хотя и убывает быстрее предыдущего значения, но все же на генеалогической глубине дает небольшую разницу.

Вы правы, что некоторая разница будет, с этим я не спорю. Я говорю, что с практической точки зрения проще это игнорировать. Под практической т.з. я подразумеваю ситуацию - зная длину общих сегментов и примерный уровень родства, определить, по мужской или женской линии идёт родственная связь.

Если говорить о длинах общих сегментов (и длине наибольшего общего сегмента) для кузенов, когда родство идёт от двух братьев или от двух сестёр (или смешанно - через брата и сестру), то картина будет такая (на основе 200 симуляций для каждого случая):




Видно, что да, в случае сестёр длина сегментов в целом меньше, а в случае братьев - в целом больше. Но картина очень размытая из-за случайной природы кроссовера хромосом. Если взять аномально длинные сегменты (90 сМ и больше - в Вашем случае 91 сМ сегмент аномально большой, тем более для троюродных братьев), то там будет сильный перекос в сторону сценария "2 брата" (55%), но 2 сестры и смешанный сценарий всё равно дают нам 45%, так что даже тут примерно 50 на 50.

[kardes]

https://thegeneticgenealogist.com/wp-content/uploads/2020/03/Shared-cM-Project-Relationship-Chart.png