Атлас

[iliakan]

Мне в Генотеке и в Атласе написали, что я могу у них сделать и загрузить в FTDNA, и это почти то же самое.

Чип Атлас:
-  Illumina™ серии HumanCoreExome, сканер illumina™ iScan, сборка генома 38
Генотек:
- global screening array v3

Сделал в Атлас, загрузил в FTDNA как FF.

Это, выходит, сильно хуже? Почему?

P.S. Замечу, что одну родственницу я таким образом нашел (четвероюродная тетя). И да, я мужчина.

[NathanS]

Мне в Генотеке и в Атласе написали, что я могу у них сделать и загрузить в FTDNA, и это почти то же самое.
...
Это, выходит, сильно хуже? Почему?

P.S. Замечу, что одну родственницу я таким образом нашел (четвероюродная тетя). И да, я мужчина.

Если хотите научиться на собственном примере, то вперед.

По цене Генетического теста в Атласе вы можете сделать 3-4 аутосомных теста FamilyFinder в FTDNA. Про необходимость импутации было написано выше. Импутация сильно снижает качество совпадений по ДНК (доля ложных совпаденцев выше).
Для более глубокого исследования мужской линии нужен или BigY-700 или полный геном WGS/NGS. По цене полного генома в Атласе вы можете сделать 4 полных генома (почти на 5 хватит если со скидкой) в Nebula. Для мужчин полный геном даст и Y-гаплогруппу, и мито-гаплогруппу.
Если вы интресуетесь здоровьем, то тоже надо делать полный геном, а не чиповые тесты (т.к. большой процент ошибок и малое покрытие мутаций, отвечающих за здоровье или болезни).

[iliakan]

Интересно было бы узнать отличия в raw-результатах тестирования Atlas/Генотек/FTDNA.

Пока что вот - в прошлом году на черной пятнице купил по большим скидкам Атлас и Генотек, сделал тесты и экспортнул raw data.

Дальше сравнил их при помощи https://vcftools.github.io/.

Из Генотек в VCF, а из Атласа прислали сразу несколько разных форматов. Уж не знаю, правильный ли я выбрал для сравнения =)

Вот такая команда была запущена:
> ./vcftools --vcf hg4092.vcf --diff 8908-9150.sorted.GRCh37.vcf --diff-site-discordance

А вот результат:
> Found 613423 sites common to both files.
> Found 22008 sites only in main file.
> Found 43460 sites only in second file.

То есть, выходит в Генотеке в общем больше снипов, причем 43 тысячи чисто свои? А в атласе 22 тысячи чисто свои?

P.S. Чукча программист, не генетик, мог неправильно запустить команду, сравнить неправильные экспорты, и ваще что угодно, просьба тапки не бросать, а объяснить.

[iliakan]

Некоторая предыстория - в том, что я загрузил данные из Атлас в FTDNA.

После чего в другой теме этого форума прочитал, что чип в Атлас больше заточен на медицину, и по считываемым raw-данным сильно отличается от чипа FTDNA, поэтому для поисков родственников подходит хуже, чем тест в самом FTDNA.

Вместе с тем, в поддержке Атлас меня уверили, что разницы почти нет. В Генотек мне сказали то же самое об их тесте.

Решил сравнить, проверить, насколько реально результаты различаются.

[Шад]

Загрузил полный геном (Dante Lab) на Атлас для интерпретации. Впечатление, в целом, приятное.
Про здоровье - читаю. Красиво, добротно, на русском языке, в основном -  дублирование имеющихся интерпретаций от Sequencing.com и Dante Lab, но ради этого вполне value for money. Понравилось про микроэлементы, питание.
Происхождение - не впечатлило. Подчеркнуто политкорректно сделано - вообще выдает некий микст современных популяций. Ни о чем. Родственники не нашлись:) Или процесс идет - пока пусто.
Итог: читать отчет, изучать новый сервис в развитии.