АвторТема: Атлас  (Прочитано 8617 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1336/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Атлас
« Ответ #30 : 01 Август 2020, 16:53:36 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"? 



Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #31 : 03 Август 2020, 11:16:23 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.
Ясно.
А можно мне как-то получить доступ в личный кабинет, если ничего не знаю, так как делал через стороннюю организацию?
В наличии только файл 3626-2647.txt. Ну и книжка по здоровью где-то есть.

Здравствуйте. Насчет доступа в личный кабинет, напишите пожалуста в поддержку.
В вашем файле (3626-2647.txt) есть rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #32 : 03 Август 2020, 11:29:32 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 6047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4289/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Атлас
« Ответ #33 : 03 Август 2020, 11:52:01 »
Приятно узнать, что в России есть лаборатория, предлагающая по вполне приемлемой цене полногеномное севенирование.
Для загрузки в YFull оптимальным было бы предоставление своим пользователям возможности скачать не только полный файл BAM, но и BAM содержащий только Y+mtDNA. Как делают YSEQ (Германия) и DanteLabs (Италия).
Но в принципе подойдет и полный BAM. Номер билда референса не важен.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Атлас
« Ответ #34 : 03 Август 2020, 11:59:45 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

А вы сотрудничаете с какими-нибудь банками по картам рассрочек? Халва, Совесть, Альфабанк? Если бы была такая возможность, то это бы подстегнуло владельцев приобретать у вас тесты.

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #35 : 03 Август 2020, 16:18:55 »
@Nikita M.

Рады, что Атлас представил на рынке вполне достойный по цене/качеству продукт по полногеномному секвенированию. Но, с учетом цены, для российского рынка это продукт всё-таки элитарный. Хотя своего покупателя и он найдет.
Увы, я не Ваш клиент, так как задолго до этого сделал и полный игрек-сиквенс в Full Genomes и полный геном в Dante Lab. Поэтому рассматривайте мое мнение как мнение незаинтересованного, но благожелательно настроенного наблюдателя.

Хотя рынок мед генетики выглядит во всех смыслах перспективнее, генеалогия имеет свой круг интересантов, которые достаточно активны и могли бы быть интересной точкой входа для сервиса, который увидит их интересы и сумеет их учесть.
Многие генеалогические сервисы вполне успешно предлагают продукты по мед генетике своей аудитории, а 23@Me изначально совмещали эти два направления.
Вопросы:
1. планирует ли Атлас сделать удобную интеграцию с YFull? FASTQ, конечно здорово, но они не работают с этим форматом. На мой взгляд, было бы здорово, если клиент с полным сиквенсом, получил бы возможность в один клик отправить файл на анализ в YFull, а данные анализа (и все регулярные апдейты, касающиеся позиционирования на YTree отображались бы в кабинете клиента).
2. планирует ли Атлас сделать массовый продукт, ориентированный на генеалогическое сообщество, по типу "полный игрек-мито"?
Здравствуйте,
1. Планов плотной интеграции нет. Возможно будем давать BAM файл пользователям, которые сделали полный геном, но этот BAM файл будет по 38 билду. Пользователям чипа будем предоставлять VCF. Но сроков дать не можем.
2.Таких планов нет, насколько я знаю.

А вы сотрудничаете с какими-нибудь банками по картам рассрочек? Халва, Совесть, Альфабанк? Если бы была такая возможность, то это бы подстегнуло владельцев приобретать у вас тесты.

Здравствуйте, нет.
Если Вы клиент Сбербанка, можно купить в рассрочку: https://beru.ru/catalog/diagnosticheskie-testy/82935/list?cvredirect=3&text=atlas&hid=90540&glfilter=7893318%3A17537103

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 51
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • R-M269 (R-FT156653)
Re: Атлас
« Ответ #36 : 05 Август 2020, 15:07:39 »
По безналу работаете с ЮЛ? Цена та же?
Можете дать ссылки на примеры секвенирования полного генома у вас и интерпретации данных? Есть ли ссылки на киты на  ftdna и yfull, куда были загружены ваши данные секвенирования полного генома?

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #37 : 05 Август 2020, 19:30:10 »
По безналу работаете с ЮЛ? Цена та же?
Можете дать ссылки на примеры секвенирования полного генома у вас и интерпретации данных? Есть ли ссылки на киты на  ftdna и yfull, куда были загружены ваши данные секвенирования полного генома?
Здравствуйте, насчет работы с юридическими лицами можно связаться: телефон 8 (495) 212-06-88 и\или почта partners@atlas.ru. Попросите предоставить вам демо-кабинет.
Ссылок на  ftdna и yfull нет.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1336/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Атлас
« Ответ #38 : 29 Сентябрь 2020, 18:47:45 »
Вопрос к представителям Атласа (если они заходят на форум) или к кому-то из протестированных.
Можно ли увидеть - какие снипы по каждой из гаплогрупп входят в панель тестирования? Что конкретно по игреку?

Помогаю человеку, которому определили Q2 (L275+) и утверждают, что он Q2*. Выбираем компанию для перепроверки.

Оффлайн old_homeless

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +8/-0
Re: Атлас
« Ответ #39 : 01 Апрель 2021, 23:39:46 »
как успехи? получилось? чем конвертировали?

Оффлайн Юрий Караваев

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
  • Y ДНК: N-FT68246
Re: Атлас
« Ответ #40 : 03 Апрель 2021, 17:03:24 »
Сдалал полногеномный тест в Атласе, получил 2 файла VCF и FASTQ. Попытка загрузить в Yfull не удалась: формат VCF они берут только от FTDNA. Рекомендуют склонить Атлас к выдаче мне данных в формате ВАМ. Атлас ни в какую не согласен, поскольку не готов "на всех этапах секвенирования хранить терабайт информации для каждого заказа". Объясняю тем и другим, что я клиент покладистый, и если уж решился на полный геном, то готов инвестировать в дополнительные работы.
Пока ситуация не исчерпана, буду держать в курсе. Всем россиянам сообщаю: мы долго еще будем лаптем щи хлебать!

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Атлас
« Ответ #41 : 03 Апрель 2021, 17:08:52 »
Сдалал полногеномный тест в Атласе, получил 2 файла VCF и FASTQ. Попытка загрузить в Yfull не удалась: формат VCF они берут только от FTDNA. Рекомендуют склонить Атлас к выдаче мне данных в формате ВАМ. Атлас ни в какую не согласен, поскольку не готов "на всех этапах секвенирования хранить терабайт информации для каждого заказа". Объясняю тем и другим, что я клиент покладистый, и если уж решился на полный геном, то готов инвестировать в дополнительные работы.
Пока ситуация не исчерпана, буду держать в курсе. Всем россиянам сообщаю: мы долго еще будем лаптем щи хлебать!
вам ведь выдали fastq сделайте bam из него

Оффлайн Юрий Караваев

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
  • Y ДНК: N-FT68246
Re: Атлас
« Ответ #42 : 06 Апрель 2021, 17:00:31 »
В итоге, Yfull пошли навстречу и, "в порядке поддержки отечественных технологий" взяли для анализа мой файл FASTQ, за что я благодарен команде проекта. Что касается общего положения клиентов Атласа, моя ситуация будет повторятся, поскольку мало кто вооружен специальными знаниями в области форматов биологических и генеалогических данных и способов их интепретации.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1205/-2
Re: Атлас
« Ответ #43 : 06 Апрель 2021, 21:48:08 »
В итоге, Yfull пошли навстречу и, "в порядке поддержки отечественных технологий" взяли для анализа мой файл FASTQ, за что я благодарен команде проекта. Что касается общего положения клиентов Атласа, моя ситуация будет повторятся, поскольку мало кто вооружен специальными знаниями в области форматов биологических и генеалогических данных и способов их интепретации.

Хм, как-то отечественным технологиям надо себя самим немного поддержать. 94 500 руб соответствуют 1 225 долларов. Тут можно заказать 4 полных генома в Небуле, а со скидочным кодом еще и деньги останутся. А уж в Данте можно и 6 полных геномов заказать... Полный геном от Атласа конечно похвальная инициатива, но насколько это рационально с точки зрения использования денег...

Самостоятельно знаниями не обязательно владеть, но если не хочется идти к буржуям, то вот так уж. Научиться выравнивать данные самостоятельно немного сложно, но даже в Facebook есть руководства. Если покопаться в руководствах, то можно и самостоятельно научиться, даже не обладая знаниями в области генеалогии.

Да и Атласу надо бы быть более гибкими и лояльными к своим клиентам, которые в 4 раза переплачивают за тесты. Могли бы сделать BAM и выдать для скачивания, деньги то не такие маленькие - можно спокойно заказать в очень серьезных фирмах и выставлять свои требования. Даже в YSEQ было бы дешевле и никаких дополнительных проблем с выдачей файлов. Советский подход, типа или берите или чо вы тут спрашивате, к сожалению, все еще жив.

Оффлайн old_homeless

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +8/-0
Re: Атлас
« Ответ #44 : 30 Август 2021, 08:32:48 »
на днях из Atlas написали
Цитировать
Александр, добрый день!

Ранее вы обращались к нам с запросом на конвертацию исходных данных для загрузки в сторонние сервисы.

У нас есть хорошая новость для вас – теперь мы можем конвертировать исходные данные под последнюю версию чипа 23andMe V5. Это означает, что вы сможете загрузить свои данные на сервисы MyHeritage, FamilytreeDNA и другие.

Если вам нужен файл для дополнительной интерпретации, пожалуйста, дайте нам знать.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.