АвторТема: Атлас  (Прочитано 8119 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 71
  • Страна: 00
  • Рейтинг +47/-1
Re: Атлас
« Ответ #15 : 12 Сентябрь 2019, 20:39:45 »
Цитировать
Чип Illumina™ серии HumanCoreExome, сканер illumina™ iScan, сборка генома 38
Это чип для других целей, для медицинских исследований, особенно для тканей раковых опухолей. СНИПы густо насажены в генах и особенно в экзонах генов, а в интронах их мало и в междугенном пространстве совсем мало. Варианты, не меняющие аминокислоты, также избегаются.  Поэтому перекрытие со стандартным набором СНИПов для пользовательской генеалогии незначительное, а на карте покрытия сполошные прогалы (MyHeritage пользуется импутацией, чтобы вычислисть генотипы своих маркеров по близлежащим маркерам с других чипов, но тут даже близлежащих сплошь да рядом не найдется). Кроме того, многие из СНИПов с медицинского чипа имеют клиническое значение, но встречаются так редко, что генеалогического значения не имеют (очень многие из этих вариантов найдены в раковых опухолях, а не в людях как таковых)

Этносостав, однако, по атласовским данным вычислить можно вполне надежно. А вот совпадения - с большим трудом.

Из данных производителя:
https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_human_core_exome_beadchip.pdf

В экзонах 268,631 маркера
В интронах 152,454
Стоп кодоны 15,040
Замены аминокислот 219,228
Инсерции и делеции 12,451
Соматические мутации из раковых опухолей 394,900
Всего в генах и регуляторных последовательностях 416,691

Оффлайн okolobaxaАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: pl
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: J-Y111069
  • мтДНК: W1i+T16223C+T7080C
Re: Атлас
« Ответ #16 : 12 Сентябрь 2019, 21:21:18 »
Спасибо! Теперь всё встало на свои места.

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 465
  • Страна: 00
  • Рейтинг +179/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4 (FT13434 - E-FGC62615); жжм (отец бабушки)-J1-L816
  • мтДНК: V7b1
Re: Атлас
« Ответ #17 : 06 Декабрь 2019, 19:11:57 »
Атлас - самый лучший из российских сайтов
Плюсом они дают еще и тест на здоровье, причем не только на вероятности, но и проверяют на обширный список моногенных болезней.
По Y-хромосоме и митоднк они дают достаточно высокое разрешение (единственно, думаю они не проверяют по STR, а только по SNP и поэтому  по Y-хромосоме их тест уступает FTDNA Y-500, Y-700). Кроме того, из "минусов":
- они не ищут родственников;
- этот тест и плохо конвертируются в другие системы (не совмещается с FTDNA  и др.).
В остальном этот тест  для жителей России наиболее удобен, т.к. они дают расклад по аутосомам  для популяций России (русские, адыгейцы и др.), в других тестах русские предки могут быть указаны как прибалты, т.к. России у них вообще нет.
Со скидкой он дешевле и прочих тестов (например MyHeritage c доставкой и со скидкой стоит в России почти столько же + необходимо таможенное оформление - посылают через UPS.

Оффлайн genedee

  • Homo sapiens sapiens
  • Сообщений: 16
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-29
  • Человек человеку человек
Re: Атлас
« Ответ #18 : 10 Февраль 2020, 11:54:35 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.

НО! Мой тест в гедматче есть уже загруженый. Я его каким то образом загружал, несколько лет назад и не помню как это сделал;D
У старого теста в Source написано Migration - F2 - Z

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Атлас
« Ответ #19 : 10 Февраль 2020, 12:39:34 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.
В gedmatch постепенно вводится защита от третьесторонних файлов, сейчас могут быть любые проблемы при залитии не от основных лабораторий.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Атлас
« Ответ #20 : 10 Февраль 2020, 16:53:19 »
Извините что поднимаю старую тему, но как все таки сконвертировать данные Atlas для загрузки в Gedmatch?
Есть пара новых тестов родственников - все помечены как невалидные (при загрузке выбирал вариант Atlas).
Мой тест 2015 года тоже сейчас при загрузке помечается как не валидный.
В gedmatch постепенно вводится защита от третьесторонних файлов, сейчас могут быть любые проблемы при залитии не от основных лабораторий.
Но Атлас у них в списке есть.

Оффлайн genedee

  • Homo sapiens sapiens
  • Сообщений: 16
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-29
  • Человек человеку человек
Re: Атлас
« Ответ #21 : 13 Февраль 2020, 21:36:11 »
Буду пробовать выбирать все варианты подряд. Может какой и загрузится

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6336
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Атлас
« Ответ #22 : 29 Июль 2020, 11:37:20 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 465
  • Страна: 00
  • Рейтинг +179/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4 (FT13434 - E-FGC62615); жжм (отец бабушки)-J1-L816
  • мтДНК: V7b1
Re: Атлас
« Ответ #23 : 29 Июль 2020, 12:06:44 »
Мне выдал файл, который возможно разместить на Gedmatch и других ресурсах.
Другой вопрос, что при размещении в  MyAncestry этот файл показал большее расстояние до популяций, чем другие тесты (Например MyHeritage)

Оффлайн Odnodvorec

  • Сообщений: 51
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • R-M269 (R-FT156653)
Re: Атлас
« Ответ #24 : 29 Июль 2020, 16:30:40 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Да, тоже интересуют исходные данные. На Yfull и FTDNA их можно загрузить?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6336
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Атлас
« Ответ #25 : 30 Июль 2020, 08:35:21 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Да, тоже интересуют исходные данные. На Yfull и FTDNA их можно загрузить?

Если это BAM, то ничто этому не препятствует, на мой взгляд. Это универсальный формат. Разумеется, если внутри полный сиквенс.
А то, о чем пишет уважаемый kapustin, вряд ли полный сиквенс. Раз он загружал это на Gedmatch и другие аналогичные ресурсы, то там аутосомная панель. Возможно по структуре слегка отличающаяся от FF FTDNA и RF 23&Me

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #26 : 30 Июль 2020, 23:07:39 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Атлас
« Ответ #27 : 31 Июль 2020, 15:21:07 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Оффлайн Nikita M.

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N-L550
Re: Атлас
« Ответ #28 : 31 Июль 2020, 20:35:15 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.

 

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Атлас
« Ответ #29 : 01 Август 2020, 00:39:09 »
Выдает ли Атлас BAM-файл клиенту? И, наоборот, если есть полный сиквенс - есть ли возможность его помещения в базу Атласа и анализа?
Кто-то сталкивался с этим?

Вопросы по мотивам обсуждения здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,12875.msg496715.html#msg496715

Здравствуйте, выдаем VCF (38 билд) и FASTQ данные.
Добрый день!
Мне году в 2017-м делали у Вас тест через GLMed. Тогда удалось выпросить только аутосомный файл.
Можно получить ешё VCF и FASTQ?

Здравствуйте. В 2017 году мы делали тесты только на чипах (microarray). Полный геном мы не делали.
Ответ про VCF и FASTQ относится к полногеномным тестам.
Свои данные теста (если использовался чип) можно скачать в личном кабинете. В файле будут rsID, координаты (по 38 билду) и генотип.
Ясно.
А можно мне как-то получить доступ в личный кабинет, если ничего не знаю, так как делал через стороннюю организацию?
В наличии только файл 3626-2647.txt. Ну и книжка по здоровью где-то есть.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.